JabRef 文献管理软件

JabRef 文献管理软件简明教程

 

大多只有使用LaTeX撰写科技论文的研究人员才能完全领略到JabRef的妙不可言，但随着对Word写作平台上BibTeX4Word插件的开发和便利应用，使用Word撰写文章且用JabRef推送参考文献同样令人十分愉悦。作为新生代的文献的送和管理工具（2005年开发），不仅功能齐全、各种操作也考虑周到，实现科技研究人员在跨操作平台和不同写作环境下终身使用一个“自己的文献库”不再是一个奢望。

JabRef主页和下载地址：http://jabref.sourceforge.net/

1） 免费开源软件，使用Java语言编写，支持Windows、Linux、Mac等多个平台。可以选择安装版本或是免安装的JAR版本（前提是电脑已有Java环境支持）。

2） 支持在线抓取和更新题录。最新的JabRef 2.6版本已支持如下图所示的，CiteSeer、JSTOR、SPIRES、IEEEXplore、ArXiv.org、ACM Portal、Medline以及ScienceDirect 八大电子资源数据库的文献查找和索引自动导入功能。

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英文视频：http://www.eng.auburn.edu/~reevesj/Classes/ELEC6970-latex/jabref/jabref/jabref.html

中文教程:http://wenku.baidu.com/link?url=eWAsSqnWWHuJb6i-Lt199BVXCXKpPdi22Y7Ur1QCADRF5d7BlsxK3gD4h9n3RwhCyUrOHzPrG623nRA7ZPwDNsp94G1pCCdTNcqALAos2wG

中文手册:http://wenku.baidu.com/link?url=j4YcPQwTkd72RVEjDQnAAioo3g6yit2MIOuV7avniv8x9MGyAU8v7wGGHI6TGnCIrRvTP8kdaBaOf_wS8FM0e1D1K2y2yPwSt6C8A4HsRQu

 

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1、序言

忽然萌发翻译和编写JabRef中文手册的想法，因为自己感觉这软件非常不错而目前又找不到详细的中文手册，而且远在异国他乡，杂事少闲暇多。但是能不能坚持写完就得看以后工作的安排了。

JafRef是开源软件，完全免费。但这不是它的主要优点。免费的东西很多，不见得每件免费的东西都有人要。实用性才是最重要的。

我用文献管理软件只有两个需求，一是管理或者说整理自己电脑上保存的文献（主要是pdf格式文件），另外一个是写文章插入引用文献和编写参考文献列表。其他的需求，比如查新、阅读和做笔记，都可以归到这两个里面。

很多文献管理软件都可以很好满足第二个需求，这个不用再说。也有一些软件吹嘘能很好的管理本机保存的文献，比如Reference Manager，Endnote，医学文献王。Reference Manager是我使用的第一款文献管理软件，很快放弃，原因已经记不得。Endnote使用时间最长，但在半年前放弃了，因为一件事让我大费脑筋：由于更换了电脑而把原来的参考文献库连同文献一起转移到新机，盘符和文件夹设置都完全照搬，但还是发现多数全文连接打不开了。我一个个试着找出哪些链接已经作废，然后找到放置全文的地方，再一个个拖拽到文献条目上让它重新建立链接。很快我就吃不消了，我有一千多个pdf文件！！（Reference Manager和Endnote是同一个公司的产品，是不是也有这个问题？）当初看中Endnote的原因是它关联文献的简单方法--鼠标拖拽，没想到最后让我没法再使用它的也是这个拖拽。OK，没办法了，迁移到其他软件吧。（不是我见异思迁，简单重复而又没有尽头的工作，你来试试？）

JafRef有这么一个功能：全文文献自动关联。这个“自动”当然不可能自动到你什么都不用干。给文件改一个规则的名字，这是你需要做的。JafRef中有一个域名叫BibTexkey，每篇文献可以自动生成唯一的BibTexkey，生成规则可以根据个人喜好来定义，只要这个定好，把所有文件名改成BibTexkey加文件扩展名的形式，JabRef就能自动找到它。

我把BibTexkey定为“[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage]“，所有文献不出现重复BibTexkey。然后着手所有文献的批量重命名工作：
1、在Endnote里面编写一个”Output Style“，在Bibliography下的Templates里面加入”Year-Author-pPages=Link to PDF“（文献类型Journal Article）
2、把所有带全文的文献用此”Output Style“导出一份文本文件
3、按顺序完成替换：先把”=internal-pdf://"替换成制表符，再把“/”号替换成制表符
4、拷贝、粘贴到Excel里面，保留第一列（将来的文件名）和最后一列（原来的pdf文件名），其他删除
5、按原文件名排序（为了符合文件批量命名软件的需要）
6、拷贝第一列的内容到文本文件，命名保存
7、有一个文件批量命名软件，叫“拖把文件更名器”。把你所有要从命名的文件放到一个文件夹中，用这个软件“调用文本文件命名”功能（用的就是第6部中的文本文件），几秒钟内它会帮你全部重命名。（软件很简单，具体使用方法自己看看就明白了，在这不详细介绍）

Ok，从Endnote迁走的工作完成一大半了。接下来只需要把参考文献题录搬出来。其实这一步我没有做，原因很简单：现在网络这么方便，直接使用JabRef内置的搜索功能重新查文献题录就行了，何苦去折腾那个导出功能？再说从Endnote导出的格式又不是100%兼容。实在要导出也可以，下载一个Endnote用的output styleftp://support.isiresearchsoft.com/pub/pc/styles/endnote4/BibTeX%20Export.ens
放到Styles文件夹中，就可以使用（需要稍微编辑）。

据说有方法能把Endnote的文献题录连同全文链接一起到出来的方法。但是我不倾向于使用这些方法：既然使用了管理手段，就要用全新的思维来做事，婆婆妈妈的想换又不换还不如保持现状。

好了，新的开始，新的征程，希望JafRef能带给你惊喜。

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2、入门

 

了解和使用一个软件的最好的方法是看它的帮助文档，这也将是我后面翻译和编写JabRef中文手册的主要工作。但是我性子急，看到某本书或某个帮助文档不厌其烦的一条条解释术语和罗列菜单就觉得烦。相信不少人跟我一样。那好，先撇开这些套套，直接看一些实用的操作。 

1、打开软件。新安装的软件，应该只有软件菜单和工具栏，其他空白（下图）：

 

2、点一下紧挨菜单“File”下面的像白纸一样工具栏图标，工具栏下面区域马上出现带表头的区域，这个操作叫做“新建数据库”。注意左下脚有文字“Status： New database created”：

 

你的软件出现的表头可能跟上面的不一样，没关系，因为我的软件不是第一次使用，调整过。 

3、点击“Web Search”菜单，选择最后一个“Search Medline”。注意左边出现有搜索功能区。在光标闪烁的地方输入你的关键词。这里演示输入的是“arabidopsis proteomics 2009”

鼠标点击“Fetch”后跳出一个窗口，等待一会就会出现搜索结果：

 

先不管其他，结果出来后按底下的“OK”。查到的结果全部转移到了刚才新建的“数据库”中：

 

现在可以看看整个窗口的布局了。

先看些熟悉的东西：左上角，JabRef程序图标，有上角，红叉，关闭程序用；红叉的下面有个黑叉，是关闭当前数据库（database）的，先别着急按它（Sorry，我用的是windows，Mac和Linux这三个图标的地方会很不一样）；菜单，不用说都认识，还有工具栏。 

出现两个新分隔区（其实不新，你要是用过其他文献管理软件，这都大同小异）：表格状的是文献题录显示区&