拓云者也-CSDN博客

原创常用的生物信息学数据库以及处理工具

结合微生物研究 + 生物信息学入门的核心需求，同时覆盖生信分析通用基础环节 + 微生物专属分析 + 多组学拓展，以下按分析流程环节分类整理最常用、易安装、高实用性的生信工具，所有工具均适配Linux 服务器（优先 Conda 一键安装，零基础可直接执行），标注核心功能、适用场景、安装 / 使用要点，同时关联此前的微生物分析流程，兼顾通用性 + 微生物针对性，方便按分析需求快速选型。聚焦人类基因的SNP、Indel、拷贝数变异（CNV）等变异位点，以及变异与疾病的关联，是人类基因组、肿瘤基因组分析的核心。

2026-02-02 22:48:23 653

原创微生物硫还原性基因筛查-----Nature论文学习、结果复现

摘要： 2025年《Nature》研究首次发现微生物可通过耦合硫化物氧化与三价铁还原（MISO）实现自养生长，颠覆传统非生物反应认知。该研究证实细菌能同时利用硫化物和铁氧化物合成有机物，揭示了微生物在硫-铁循环中的关键作用。关键词：微生物代谢、硫化物氧化、铁还原、耦合反应、自养生长 DOI: 10.1038/s41586-025-09467-0 （字数：98字）

2026-01-31 22:43:24 609

原创一文吃透！跨领域授权协议避坑宝典，创作者必藏合规指南！

📝 授权协议合规指南摘要本文系统梳理了跨领域授权协议的核心规则与应用场景。内容涵盖三大类高频授权需求：内容创作（CC协议）、开源软件（MIT/GPL等）和商业素材（RF/RM）。重点解析了每类协议的适用范围、商用边界、修改权限及署名要求等合规要点，并提供3步快速选型法：1）区分对象类型；2）界定核心权限；3）补充约束条件。特别提醒注意CC协议的强制署名、GPL的传染性要求等易错点。通过对比表格直观呈现各协议差异，帮助创作者在保护版权的同时实现合规使用。建议收藏作为授权问题速查手册。

2026-01-27 09:44:34 631

原创主流脚本语言全总结：按场景选对工具，高效入门不踩坑！（Bash Shell+Perl+Zsh+Python+R+PowerShell等）

脚本语言分类与应用指南摘要：本文系统梳理了不同场景下的脚本语言选择方案，分为五大类：1）系统运维/生信批量处理类（Bash、Perl等），适合Linux环境下的文件操作和流程串联；2）通用数据处理类（Python、R等），擅长复杂分析和可视化；3）生信流程管理类（Snakemake、Nextflow），专为大规模样本设计；4）Windows专用工具（PowerShell）；5）学习优先级建议。每种语言均从核心特点、适用场景、编辑器推荐等方面进行说明，并附典型应用案例，帮助用户根据实际需求选择最合适的脚本工

2026-01-26 11:30:36 1003

原创本文汇总了Linux 主流发行版Ubuntu的命令行操作指令集------包括零基础友好的常用命令分类整理，涵盖日常操作、系统管理、软件维护等核心场景

本文提供Ubuntu/Linux常用命令速查表，涵盖基础操作、系统管理、软件维护等场景，特别适合新手入门和日常运维。内容包括远程连接服务器的完整操作指南（登录验证、文件传输等）、五大实用场景（端口转发、批量操作等），以及针对大数据处理的专用命令（断点续传、数据同步等）。通过分类整理的指令集和配图说明，帮助用户快速掌握Ubuntu核心操作技巧，满足从基础运维到科研数据处理的多样化需求。

2026-01-26 09:34:13 289

原创一文让你学会把自己的代码上传到GitHub（Git与GitHub入门）

Git与GitHub入门指南：Git是分布式版本控制系统，用于本地代码管理；GitHub是基于Git的云端托管平台，支持协作开发。本文提供30分钟快速入门教程，涵盖账号注册、仓库创建、Git环境配置、代码提交全流程，并介绍Fork和PR协作机制。通过实操演示SSH密钥配置、本地修改同步等核心操作，帮助开发者快速掌握版本控制与团队协作基础技能。

2026-01-19 21:59:37 1349

原创常用网络协议详细梳理：HTTP+IP+SSH+FTP+DNS+TCP等

网络协议是计算机设备之间通信的规则集合，不同协议分工不同，共同支撑起互联网的正常运转。为了方便理解，我们按照 TCP/IP 五层模型（更贴近实际应用）分层介绍核心协议，涵盖每层的作用、协议功能、特点及适用场景。

2026-01-19 15:47:21 555

原创面向Windows的命令行包管理器Scoop的介绍+安装+常用命令清单及应用汇总

Scoop是Windows平台的命令行包管理器，提供高效便捷的软件管理方案。其核心优势包括：免管理员权限安装、自动处理依赖、干净卸载无残留、支持自定义镜像源。主要面向开发者，可快速安装Git、Python等工具，管理终端应用并批量更新软件。与Winget相比，Scoop更轻量且专注开发工具。安装需PowerShell 5.1+环境，提供标准安装和国内镜像加速两种方式。常用命令涵盖软件安装/更新/卸载、Bucket管理及系统维护，支持组合命令简化操作。通过Scoop可显著提升Windows环境下的开发效率。

2026-01-18 16:46:22 1104

原创 R语言绘制6种科研图表+经典三层图+蜂群图+Sina图+分半小提琴图+雨云图+大样本聚合图

摘要：本文介绍6种科研图表的核心指标对比，重点解析经典三层图的应用与绘制方法。该图表通过叠加抖动散点、箱线图/小提琴图和统计标签三层信息，适用于小样本研究（n<20），能清晰展示个体差异和整体分布。文中提供了R语言实现代码，包括数据模拟、多基因表达分析的可视化（含分面处理、统计检验标注），并详细说明PDF/TIFF/PNG/SVG四种高质量输出方式。示例展示了基因在不同细胞系中的表达差异分析，突显该图表在展示分布特征、组间比较和统计显著性方面的优势。

2026-01-17 08:50:50 875

原创 R语言绘制Nature级别的热图、柱状图

本文使用R语言复现了Nature期刊级别的热图，展示不同实验条件下基因表达模式。热图采用Z-score归一化（黄色/橙色表示上调，紫色/深蓝色表示下调），包含60个基因和30个样本的模拟RNA-seq数据。通过层次聚类将基因分为4类（Cluster I-IV），并标注实验分组（Group A-C）、时间点和批次信息。右侧注释栏显示基因通路和显著性标记。分析采用欧氏距离和沃德聚类法，可识别表达模式一致的基因群及其参与的生物学过程。完整代码实现了数据模拟、热图生成和可视化功能。

2026-01-16 17:02:46 404

原创地下水污染预测：随机森林RF（机器学习算法）与长短期记忆(LSTM)时序预测模型（深度学习算法）实战解析

摘要本文利用Python模拟生成地下水污染物数据，包含50口监测井3年内8种污染物(砷、铅、铬等)的浓度数据。数据模拟考虑了地理位置、工业区距离、人口密度等影响因素，并加入了季节性变化和长期趋势。通过随机森林(RF)和长短期记忆网络(LSTM)模型预测污染物运移规律和未来变化趋势。研究提供了数据生成和可视化代码，包括时间序列、空间分布等分析图表，为地下水污染预测提供方法参考。

2026-01-16 10:11:45 600

原创 Python进行机器学习分析-包括Random Forest、XGBoost、LightGBM、SVM、KNN、Decision Tree等传统的机器学习算法

本文介绍使用Python对糖尿病数据集进行探索性分析与机器学习建模。首先通过自定义函数生成包含8个特征（如血糖、BMI等）的模拟数据集，并基于特征组合生成目标变量。数据分析部分包括数据基本信息检查、缺失值处理（中位数填充）及可视化展示。机器学习部分构建预测模型，采用标准流程进行数据预处理和模型训练。整个项目实现了从数据生成、探索分析到建模预测的完整流程，为糖尿病风险预测提供了分析框架。

2026-01-15 10:26:30 1464

原创 R语言绘制Nature级别的图片

本文介绍了使用R语言绘制生物统计图的方法，包括热图和柱状图等。首先通过安装加载tidyverse、patchwork、ggrepel等必要包，并设置符合Nature标准的全局图形主题。然后模拟生成单细胞轨迹数据和基因表达热图数据，其中单细胞数据包含300个细胞的伪时间、UMAP坐标和阶段信息，热图数据模拟15个基因在3个阶段的不同表达模式。文章提供了完整的R代码实现，包括数据处理、可视化参数设置以及图形组合，可帮助研究人员快速生成符合发表标准的生物统计图表。

2026-01-15 09:58:00 452

原创 SCI论文审稿完成后DIP之后可能的情况

选择目标期刊 >>> 登录提交手稿 >>> 期刊格式审查（1-7天）>>> With editor (编辑审核，大约一周~一个月不等) >>> Under Review (外审，大约两三个月) >>> DIP （审完稿之后编辑决定） >>> 会有三种情况（Reject, Major revision, Minor revision） >>> 然后返稿重复上述流程。但是最近被通知录用了（下图），所以DIP并不代表要凉了，它只能说是一种编辑做决定的过程（之前投的一篇稿在DIP之后的结果是拒稿）。

2024-09-18 17:31:29 8324