FigureBIONEW9 heatmap

最新推荐文章于 2024-11-07 09:17:24 发布
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文章标签： 数据挖掘 人工智能
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/u011689371/article/details/122307871
版权
该文提供了使用R语言的pheatmap包来创建热图的详细步骤，包括计算样本间相关性、展示基因表达聚类和样本聚类，以及如何为不同组别设定颜色。此外，还展示了如何在热图中显示数字以及如何根据性别和样本类型进行分组和着色。
摘要由CSDN通过智能技术生成

需求描述

用R代码画出paper里的热图heatmap

使用场景

场景一：sample间的相关性，用来评价生物学重复之间的重复性，或者体现不同组的差异

场景二：基因的表达变化聚类、sample聚类

输入数据

df<-read.table("mRNA.txt",row.names = 1,header = T,as.is = T)
head(df)
##                    DG_01F DG_01M DG_04F DG_04M DG_10F DG_10M DG_20F DG_20M
## ENSMMUG00000000001   1.19   1.02   0.88   1.10   1.20   1.53   1.29   1.44
## ENSMMUG00000000002   0.20   0.21   0.19   0.25   0.49   0.27   0.07   0.16
## ENSMMUG00000000004   0.00   0.01   0.00   0.01   0.01   0.01   0.01   0.00
## ENSMMUG00000000005   0.76   0.62   0.67   0.29   0.43   0.40   0.53   0.43
## ENSMMUG00000000006   0.07   0.00   0.02   0.00   0.01   0.00   0.02   0.01
## ENSMMUG00000000007   2.05   1.50   1.77   1.53   1.31   1.39   1.33   1.22
##                    PFC_01F PFC_01M PFC_04F PFC_04M PFC_10F PFC_10M PFC_20F
## ENSMMUG00000000001    1.32    1.47    1.29    1.65    1.83    2.15    2.34
## ENSMMUG00000000002    0.58    0.33    0.52    0.54    0.63    0.47    0.31
## ENSMMUG00000000004    0.00    0.03    0.01    0.00    0.01    0.00    0.00
## ENSMMUG00000000005    0.57    0.54    0.89    0.43    0.92    0.43    0.90
## ENSMMUG00000000006    0.03    0.01    0.04    0.00    0.02    0.07    0.03
## ENSMMUG00000000007    0.95    0.91    1.55    1.64    1.15    0.94    1.63
##                    PFC_20M PCC_01F PCC_01M PCC_04F PCC_04M PCC_10F PCC_10M
## ENSMMUG00000000001    1.78    1.05    0.82    1.03    1.13    1.27    1.49
## ENSMMUG00000000002    0.40    0.42    0.43    0.57    0.24    0.47    0.61
## ENSMMUG00000000004    0.04    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.01
## ENSMMUG00000000005    0.62    0.23    0.53    0.64    0.65    0.73    0.46
## ENSMMUG00000000006    0.00    0.11    0.00    0.01    0.02    0.07    0.00
## ENSMMUG00000000007    1.77    1.10    1.11    1.38    1.49    1.25    0.99
##                    PCC_20F PCC_20M CA1_01F CA1_01M CA1_04F CA1_04M CA1_10F
## ENSMMUG00000000001    2.04    1.36    1.03    0.91    0.63    0.85    0.77
## ENSMMUG00000000002    0.10    0.40    0.46    0.33    0.30    0.07    0.37
## ENSMMUG00000000004    0.01    0.01    0.00    0.01    0.00    0.00    0.02
## ENSMMUG00000000005    0.93    0.52    0.46    0.36    0.84    0.42    0.50
## ENSMMUG00000000006    0.00    0.00    0.04    0.07    0.00    0.00    0.03
## ENSMMUG00000000007    0.69    1.43    1.27    1.09    1.51    0.80    1.56
##                    CA1_10M CA1_20F CA1_20M CB_01F CB_01M CB_04F CB_04M
## ENSMMUG00000000001    1.06    1.09    0.66   3.10   2.98   2.64   3.28
## ENSMMUG00000000002    0.24    0.22    0.45   0.22   0.67   0.39   0.26
## ENSMMUG00000000004    0.00    0.00    0.00   0.03   0.02   0.01   0.04
## ENSMMUG00000000005    0.67    0.83    0.54   1.39   1.77   0.99   1.31
## ENSMMUG00000000006    0.06    0.00    0.00   0.07   0.02   0.00   0.05
## ENSMMUG00000000007    0.78    1.55    0.80  17.61  18.98  20.29  17.32
##                    CB_10F CB_10M CB_20F CB_20M OC_01F OC_01M OC_04F OC_04M
## ENSMMUG00000000001   3.38   4.12   4.01   3.44   1.64   1.24   1.72   1.56
## ENSMMUG00000000002   0.26   0.71   0.46   0.50   0.34   0.35   0.36   0.38
## ENSMMUG00000000004   0.00   0.05   0.00   0.00   0.03   0.00   0.00   0.00
## ENSMMUG00000000005   1.40   1.25   1.67   1.38   0.46   0.55   0.70   0.39
## ENSMMUG00000000006   0.04   0.11   0.01   0.05   0.06   0.05   0.01   0.04
## ENSMMUG00000000007  17.43  16.63  17.32  18.86   8.68  11.42  14.48  11.53
##                    OC_10F OC_10M OC_20F OC_20M TC_01F TC_01M TC_04F TC_04M
## ENSMMUG00000000001   1.56   1.91   1.80   1.61   1.87   1.57   1.69   1.93
## ENSMMUG00000000002   0.53   0.45   0.42   0.40   0.73   0.59   0.49   0.46
## ENSMMUG00000000004   0.00   0.00   0.00   0.01   0.01   0.01   0.01   0.00
## ENSMMUG00000000005   0.88   0.36   1.17   0.82   0.46   0.75   0.75   0.34
## ENSMMUG00000000006   0.03   0.03   0.06   0.16   0.01   0.01   0.00   0.01
## ENSMMUG00000000007   9.92   8.48   9.87  10.72   9.37  12.27  14.18  13.42
##                    TC_10F TC_10M TC_20F TC_20M PC_01F PC_01M PC_04F PC_04M
## ENSMMUG00000000001   1.96   2.33   2.24   1.85   1.21   0.88   0.84   1.23
## ENSMMUG00000000002   0.71   0.72   0.56   0.34   0.55   0.14   0.24   0.20
## ENSMMUG00000000004   0.00   0.01   0.01   0.00   0.02   0.00   0.00   0.03
## ENSMMUG00000000005   0.88   0.58   0.99   0.53   0.38   0.40   0.41   0.24
## ENSMMUG00000000006   0.00   0.03   0.10   0.06   0.00   0.00   0.02   0.02
## ENSMMUG00000000007  10.88  11.44  13.19  13.37   1.29   1.39   1.05   1.28
##                    PC_10F PC_10M PC_20F PC_20M
## ENSMMUG00000000001   1.25   1.27   1.59   1.03
## ENSMMUG00000000002   0.35   0.57   0.34   0.21
## ENSMMUG00000000004   0.00   0.00   0.02   0.00
## ENSMMUG00000000005   0.63   0.30   0.81   0.43
## ENSMMUG00000000006   0.00   0.07   0.00   0.18
## ENSMMUG00000000007   1.62   1.68   1.67   1.47
#查看一共有多少个基因，多少个sample
dim(df)
## [1] 26654    64

开始画图

场景一：sample间的相关性，用来评价生物学重复之间的重复性，或者不同组的差异

#计算每两个sample之间的相关系数，method可选"pearson" (default), "kendall", or "spearman"
cormat<-round(cor(df,method = "spearman"),2)

#install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)
pheatmap(cormat,cellwidth = 8, cellheight = 8,fontsize = 8,
         color = colorRampPalette(c("#3C7DAF", "#EAF4F1","#FFFCBA", "#E83140"))(20),
         show_colnames=T,show_rownames =T,#显示sample的名字
         #border_color = "NA",#默认有边框，不要边框的话就加这行
         treeheight_row = "0",treeheight_col = "0")#不画树

输出pdf文件，只需加一行：filename=“文件名”

pheatmap(cormat,cellwidth = 8, cellheight = 8,fontsize = 8,
         color = colorRampPalette(c("#3C7DAF", "#EAF4F1","#FFFCBA", "#E83140"))(20),
         show_colnames=T,show_rownames =T,
         #border_color = "NA",#默认有边框，不要边框的话就加这行
         treeheight_row = "0",treeheight_col = "0",
         filename="Correlation.pdf")

如果sample数量少，还可以在热图里显示数字

只需加一行：display_numbers = TRUE

此处用20个sample展示效果

pheatmap(cormat[4:24,4:24],cellwidth = 15, cellheight = 15,fontsize = 8,
         color = colorRampPalette(c("#3C7DAF", "#EAF4F1","#FFFCBA", "#E83140"))(20),
         show_colnames=T,show_rownames =T,
         display_numbers = TRUE,#显示数字
         treeheight_row = "0",treeheight_col = "0")#不画树

有些热图，同组sample用同一个颜色表示，那些色块也是同时画出来的

要为每组设置颜色

#先查看有哪些sample，顺序是怎样的
colnames(df)
##  [1] "DG_01F"  "DG_01M"  "DG_04F"  "DG_04M"  "DG_10F"  "DG_10M"  "DG_20F" 
##  [8] "DG_20M"  "PFC_01F" "PFC_01M" "PFC_04F" "PFC_04M" "PFC_10F" "PFC_10M"
## [15] "PFC_20F" "PFC_20M" "PCC_01F" "PCC_01M" "PCC_04F" "PCC_04M" "PCC_10F"
## [22] "PCC_10M" "PCC_20F" "PCC_20M" "CA1_01F" "CA1_01M" "CA1_04F" "CA1_04M"
## [29] "CA1_10F" "CA1_10M" "CA1_20F" "CA1_20M" "CB_01F"  "CB_01M"  "CB_04F" 
## [36] "CB_04M"  "CB_10F"  "CB_10M"  "CB_20F"  "CB_20M"  "OC_01F"  "OC_01M" 
## [43] "OC_04F"  "OC_04M"  "OC_10F"  "OC_10M"  "OC_20F"  "OC_20M"  "TC_01F" 
## [50] "TC_01M"  "TC_04F"  "TC_04M"  "TC_10F"  "TC_10M"  "TC_20F"  "TC_20M" 
## [57] "PC_01F"  "PC_01M"  "PC_04F"  "PC_04M"  "PC_10F"  "PC_10M"  "PC_20F" 
## [64] "PC_20M"
#按照sample的顺序，告诉R，它是属于哪个组的
annotation_col = data.frame(
  type = factor(rep(c("DG","PFC","PCC","CA1","CB","OC","TC","PC"),c(8,8,8,8,8,8,8,8))))
rownames(annotation_col) = colnames(df)

annotation_row = data.frame(
  type = factor(rep(c("DG","PFC","PCC","CA1","CB","OC","TC","PC"),c(8,8,8,8,8,8,8,8))))
rownames(annotation_row) = colnames(df)

#然后给每个组设置颜色
ann_colors = list(
  type = c(DG = "blue", PFC = "green", PCC = "red", CA1 = "black",
  CB = "pink", OC = "grey", TC = "yellow", PC = "purple")
)

pheatmap(cormat,cellwidth = 8, cellheight = 8,
         fontsize = 8,
         #display_numbers = TRUE,
         color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(20),
         show_colnames=F,show_rownames =F,#不显示sample的名字
         annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row,
         annotation_colors = ann_colors,
         treeheight_row = "0",treeheight_col = "0",#不画树
         border_color = "NA")#不显示边框

场景二：基因的表达变化聚类、sample聚类

library(pheatmap)
#有时会有多种分组方式，那就分别告诉R，此处增加一个性别组
annotation_col = data.frame(
  Gender = factor(rep(c("F","M"),32)),#按性别分组
  type = factor(rep(c("DG","PFC","PCC","CA1","CB","OC","TC","PC"),c(8,8,8,8,8,8,8,8))))
rownames(annotation_col) = colnames(df)

ann_colors = list(
  Gender = c(F = "#FFA42D", M = "#A9D9DF"),#给性别分组设置颜色
  type = c(DG = "blue", PFC = "green", PCC = "red", CA1 = "black",
  CB = "pink", OC = "grey", TC = "yellow", PC = "purple")
)

#此处用前1000行基因画图
#实际作图时，先筛差异基因，再用差异基因画图；或者用变化大的Top几千个基因画图
pheatmap(df[1:1000,],cellwidth = 8, cellheight = 1, fontsize = 8,
         method="spearman", #计算gene或sample之间的相关性的方法，可选"pearson" (default), "kendall", or "spearman"
         scale="row", #为基因做scale
         cluster_rows=T,#为基因做聚类
         cluster_cols=T,#为sample做聚类
         color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(20),
         show_colnames=F,show_rownames =F,
         annotation_col = annotation_col,
         annotation_colors = ann_colors,
         #treeheight_row = "0",treeheight_col = "0",#不画树
         border_color = "NA")

sessionInfo()
## R version 3.5.0 (2018-04-23)
## Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
## Running under: macOS High Sierra 10.13.4
## 
## Matrix products: default
## BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
## 
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
## [1] pheatmap_1.0.10
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_0.12.17       digest_0.6.15      rprojroot_1.3-2   
##  [4] plyr_1.8.4         grid_3.5.0         gtable_0.2.0      
##  [7] backports_1.1.2    magrittr_1.5       scales_0.5.0      
## [10] evaluate_0.10.1    stringi_1.2.2      rmarkdown_1.9     
## [13] RColorBrewer_1.1-2 tools_3.5.0        stringr_1.3.1     
## [16] munsell_0.4.3      yaml_2.1.19        compiler_3.5.0    
## [19] colorspace_1.3-2   htmltools_0.3.6    knitr_1.20
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weixin_33498296的博客
03-16 3426
All comments and opinions expressed on Zhihu are mine alone and do not necessarily reflect those of my employers, past or present.本文内容所有内容仅代表本人观点，和Mathworks无关在2017a的版本中一个新增的数据可视化功能是热点图heatmap，下面我们就来简单...
heatmap example
机器学习专栏
05-17 1963
对于这样的heatmap图代码如下 import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd import numpy as np nba = pd.read_csv("ppg2008.csv", index_col=0) # Normalize data columns nba_norm = (nba - nba.m
python绘制heatmap
qq_50600845的博客
08-09 354
【代码】python绘制heatmap。
3d仓库，threejs+heatmap结合
01-18
"3d仓库，threejs+heatmap结合"的主题涉及了两个关键知识点：Three.js和热力图（Heatmap）。接下来，我们将详细探讨这两个重要概念及其在实际场景中的应用。 **Three.js** 是一个基于WebGL的JavaScript库，用于在...
百度地图类库 热力图heatmap.js下载
08-04
提供热力图可视化展现功能，注: 支持chrome, safari, IE9及以上的浏览器. 核心的代码主要来自于第三方heatmap.js, 主入口类是HeatmapOverlay， 基于Baidu Map API 2.0。 ,
unity heatmap热力图下载
11-10
unity heatmap热力图下载
heatmap.zip
12-06
【标题】"heatmap.zip"是一个包含使用ArcGIS JavaScript API与heatmap.js库结合的示例代码。这个压缩包展示了如何在Web前端生成热力图，无需依赖原始的JavaScript API。 【描述】热力图是一种视觉化的数据表示方式...
Heatmap-Visualization-JS:用于JavaScript的Heatmap可视化库
05-26
用于JavaScript的Heatmap可视化生成库 如何使用这个库 安装 使用[removed]标记嵌入html [removed] [removed] 为了更快地下载，您可以嵌入缩小版本 [removed] [removed] 创建HeatMap对象 var p = new HeatMap();...
大数据-207 数据挖掘 机器学习理论 - 多重共线性 矩阵满秩 线性回归算法
永远好奇，无限进步！
11-05 2877
这种高度相关关系下，矩阵的行列式不为 0，但是一个非常接近 0 数，矩阵 A 的逆存在，不过接近于无限大。矩阵 A 中第一行和第三行的关系，被称为：精确相关关系，即完全相关，一行可使另一行为 0，在这种精确相关关系下，矩阵 A 的行列式为 0，则矩阵 A 的逆不可能存在。相对的，矩阵 C 的行之间结果相互独立，梯形矩阵看起来非常正常，它的对角线上没有任何元素特别接近于 0，因此其行列式也就不会接近0 或者为 0，因此矩阵 C 得出的参数向量 w 就不会有太大的偏差，对于我们拟合而言是比较理想的。
Python淘宝数据挖掘与词云图制作指南
Mike_18870278351的博客
11-04 538
通过本文的介绍，你了解了如何使用Python进行淘宝数据挖掘和词云图制作。无论是使用淘宝API还是爬虫技术，都可以帮助你获取丰富的数据资源。而词云图作为一种直观的数据可视化方式，可以帮助你更好地理解和分析这些数据。希望本文能对你的淘宝数据挖掘和词云图制作之路有所帮助。
大数据-212 数据挖掘 机器学习理论 - 无监督学习算法 KMeans 基本原理 簇内误差平方和
最新发布
永远好奇，无限进步！
11-07 2178
大家可以发现，我们的 Intertia 是基于欧几里得距离的计算公式得来的。第六次迭代之后，基本上质心的位置就不会再改变了，生成的簇也变得稳定，此时我们的聚类就完成了，我们可以明显看出，K-Means 按照数据的分布，将数据聚集成了我们规定的 4 类，接下来我们就可以按照我们的业务求或者算法需求，对四类数据进行不同的处理。我们认为，被分在同一个簇中的数据是有相似的，而不同的簇中的数据是不同的，当聚类完毕之后，我们就要分别去研究每个簇中的样本都有什么样的性质，从而根据业务需求定制不同的商业或者科技策略。
智能化运维的未来：AI和机器学习在运维中的应用
Echo_Wish的博客
11-05 402
AI和机器学习在运维中的应用，不仅提高了运维效率和质量，还为企业的数字化转型提供了强有力的技术支持。通过预测性维护、自动化运维、异常检测和智能告警等应用，企业可以更好地管理和优化其IT基础设施，确保系统的高效、稳定运行。希望本文能为读者提供有价值的参考，帮助你在运维实践中更好地应用AI和机器学习技术。如果有任何问题或需要进一步讨论，欢迎交流探讨。让我们共同推动智能运维的发展，实现更高效、更智能的运维管理。
xgboost heatmap
07-20
Heatmap是一种数据可视化工具，通常用于展示矩阵数据，如特征重要性、相似性矩阵等。在XGBoost中，你可以通过`plot_importance()`函数来生成特征重要性的heatmap，这个功能可以帮助理解哪些特征对模型预测的影响最大...
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