在ubuntukylin20.04上安装编译VASP6.1.2


前言

最近我们家搞化学的小朋友想学习第一性原理计算软件--VASP,我来帮助搭建一下linux下的软件环境。说实话我也是跨行跨界,也没有用过linux,所以将这个纯小白向的折腾过程记录下来,仅供参考。以下提到的资源链接:

这里是以下提到的资源链接:

  1. 优麒麟下载地址
  2. intel psxe2020安装包
  3. vasp6.1.2

一、为什么选择ubuntukylin

这里我尝试了很多版本,有centOS,Ubuntu,Ukylin,opensuse,manjaro等等,从美观和可用性上衡量很久,也踩了很多坑:

如果你的电脑无线网卡是broadcom的,基本别碰opensuse和manjaro,编译网卡驱动需要自己动手很麻烦

如果你是服务器安装最好选择centOS

如果是个人小笔记本,可以像我一样尝试用Ukylin,不用费劲搞中文语言包,原生中文支持,Ubuntu衍生版百度教程很常见。。。。

二、安装步骤

1.安装ubuntukylin20.04

这个不是重点难点,参考一下资料即可:
1.https://www.uc23.net/jiaocheng/71016.html
2.虚拟机安装优麒麟教程

说几点注意事项:

  • 安装界面最好连上网络,让他自动下载更新安装
  • 最好点选上为无线硬件安装驱动
  • 博通无线网卡在ubuntu上开启方式:解决方案

2.安装编译环境

此处配置:

  • Intel parallel studio XE 2020
  • openmpi 3.1.3
  • fftw 3.3.8

2.1 安装Intel parallel studio XE 2020

解压后得到psxe2020文件夹和license,相应的license可以去官网申请学生教育版在这里插入图片描述
进入psxe2020, 如下所示:
在这里插入图片描述
该安装包存在验证问题,
在这里插入图片描述

安装时需要在该文件夹下右键,打开终端,以跳过验证的方式安装,最好在su权限下进行:
在这里插入图片描述

然后就进入了图形化安装界面,我之前用的文本安装界面,如下:
在这里插入图片描述
按enter,然后读完安装须知来到最低端输入accept,回车
在这里插入图片描述
一路回车,来到license界面,选3
在这里插入图片描述
选1 回车然后输入完整的license文件的地址,回车,地址一定要注意大小写:
在这里插入图片描述
一路回车来到配置界面,选2,Customize installation自己配置一下安装路径和安装项

在这里插入图片描述
安装项可以选择全装,所以默认即可
在这里插入图片描述
选择安装路径,可以默认装在/opt/intel路径下,或者你喜欢的地方,回车安装开始
在这里插入图片描述
等待漫长的安装完成后回车结束,然后配置环境变量。注意这里如果不放心,可以在用户模式和su模式都配置下环境变量。

vi ~/.bashrc        
# 按 i 使能编辑
# 粘贴下面代码段并修改成自己的安装目录
# 按esc键,然后输入    :wq!  进行保存
source ~/.bashrc   #更新环境变量

代码段

# intel 2020 environment variable
source /public/software/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /public/software/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2020.0.139/linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2020.0.139:$LD_LIBRARY_PATH

至此安装全部完成,可以检验一下是否安装成功。输入 which icc ifort icpc mpiifort 检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。
在这里插入图片描述

输入 vi hello.f90,加入下列语句后,ESC,输入:wq!保存。

program main
write(*,*) "hello"
stop
end

继续输入ifort -o hello hello.f90,再输入./hello,屏幕显示hello,说明安装成功。

题外话:
如果想要卸载,需要修改psxe2020文件夹下的silent.cfg, 修改成uninstall

# Installation mode, valid values are: {install, repair, uninstall}
PSET_MODE=uninstall

然后重新./install.sh --ignore-signature即可完成下载!

2.2 安装openmpi 3.1.3

在终端先进入管理员模式,然后输入:

wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.3.tar.gz
tar zxvf openmpi-3.1.3.tar.gz
cd openmpi-3.1.3/
./configure --prefix=/opt/openmpi-3.1.3 
make 
make install

然后配置环境变量:

vi ~/.bashrc        
# 按 i 使能编辑
# 粘贴下面代码段并修改成自己的安装目录
# 按esc键,然后输入    :wq!  进行保存
source ~/.bashrc   #更新环境变量

代码段

# openmpi 3.1.3 environment variable
if [ -f /opt/intel/bin/ifortvars.sh ]; then
        source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64 2> /dev/null
        export MPI=/opt/openmpi-3.1.3
        export PATH=$MPI/bin:$PATH
        export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
        export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man
        export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man
fi

验证是否成功安装,输入which mpirun mpif90 检查环境变量是否设置成功,检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。
在这里插入图片描述

在openmpi-3.1.3安装包路径中(注意是安装包路径!!),输入以下命令:

cd examples/
make
mpirun --allow-run-as-root -np 2 hello_c # 数字 2 为使用双核运行文件hello_c

出现以下界面则安装成功。
在这里插入图片描述

2.3 安装fftw 3.3.8

在管理员终端界面输入以下命令:

wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz
tar zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8/
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.8 --enable-mpi F77=ifort F90=ifort
make 
make install

注意:/opt/fftw-3.3.8 为你想要的安装目录,可自行替换。

然后配置环境变量:

vi ~/.bashrc
# 按 i 使能编辑
# 粘贴下面代码段并修改成自己的安装目录
# 按esc键,然后输入    :wq!  进行保存
source ~/.bashrc

代码段

# fftw 3.3.8 environment variable
export PATH=/opt/fftw-3.3.8/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/fftw-3.3.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH

设置完成后检查 /opt/fftw-3.3.8/lib/目录下libfftw3_mpi.a文件是否存在,若存在则安装成功。

3.编译vasp6.1.2

首先检查安装环境是否齐全:

which ifort
which mpiifort
which mpirun

安装包在上面资料区可自行下载,下载后解压出我准备好的makefile.include、vasp6.1.2.tar,将其放入/opt/vasp/ (可替换为你的安装路径)下,解压tar包并将makefile.include复制进去。在其中找到以下三行变量,将路径修改为自己的安装路径。

MKLROOT =/opt/intel/mkl
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a
INCS =-I/opt/fftw-3.3.8/include

然后分别输入以下命令编译三个版本,编译过程会很慢。

make std
make gam
make ncl

如果编译成功,将在/bulid/目录下分别存在/std/、/gam/、/ncl/三个文件夹,每个文件夹内都包含一个可执行的vasp文件,分别对应std、gam、ncl三个版的vasp程序。

至此VASP的安装工作就结束了,至于怎么用还要继续学习!


参考资料&感谢

【重点感谢】https://blog.csdn.net/qq_35548961/article/details/87943407

https://blog.csdn.net/donkeydog/article/details/84312795 https://blog.csdn.net/qq_41881581/article/details/79893263 https://blog.csdn.net/donkeydog/article/details/84312795 https://blog.csdn.net/xinming_365/article/details/80048281 http://bbs.keinsci.com/thread-9366-1-1.html http://blog.sciencenet.cn/blog-3311084-1137630.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_61fc08490102wylx.html http://bbs.keinsci.com/thread-4267-2-2.html
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