Docker安装使用以及通过docker配置 galaxy 分析高通量数据
升级内核
http://www.dadclab.com/archives/5340.jiecao
正确配置 yum 源
如果遇到yum upgrade 失败,首先安装被依赖的包,然后:
yum clean all
yum reinstall glibc glibc-common libgcc
yum upgrade
yum install yum-utils
package-cleanup --problems
package-cleanup --dupes
不行就强行升级:
yum --disablerepo "*" --enablerepo "updates" update
安装 libcgroup
之前装的有问题,全部重装。
yum list | grep cgroup
yum remove libcgroup
yum install libcgroup
service cgconfig start
安装 docker
官网: https://docs.docker.com/installation/rhel/,
cat >/etc/yum.repos.d/docker.repo <<-EOF
[dockerrepo]
name=Docker Repository
baseurl=https://yum.dockerproject.org/repo/main/centos/7
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=https://yum.dockerproject.org/gpg
EOF
yum install docker-engine
service docker start
下载 galaxy-stable
网址: https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable,
# 下载并运行:
docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 bgruening/galaxy-stable
# 在浏览器中看 8080端口,或者
curl 127.0.0.1:8080
# 查看结果
# 查看运行中的容器
docker ps
# 如果要停止进程,先查看运行容器的 id, 然后
docker stop IDNUMBER
开启 galaxy docker
galaxy-stable 容器是只读模式的,为了使用ftp功能以及保存常用设置,需要将配置文件额外保存:
如此,将之前的进程终止,然后输入
docker run -d -v /data/huboqiang:/export/ --net=host bgruening/galaxy-stable