Docker安装使用以及通过docker配置 galaxy 分析高通量数据

Docker安装使用以及通过docker配置 galaxy 分析高通量数据

升级内核

http://www.dadclab.com/archives/5340.jiecao

正确配置 yum 源

如果遇到yum upgrade 失败，首先安装被依赖的包，然后：

yum clean all
yum reinstall glibc glibc-common libgcc
yum upgrade
yum install yum-utils
package-cleanup --problems
package-cleanup --dupes

不行就强行升级：

yum --disablerepo "*" --enablerepo  "updates" update

安装 libcgroup

之前装的有问题，全部重装。

yum list | grep cgroup
yum remove libcgroup
yum install libcgroup
service cgconfig start

安装 docker

官网： https://docs.docker.com/installation/rhel/，

cat >/etc/yum.repos.d/docker.repo <<-EOF
[dockerrepo]
name=Docker Repository
baseurl=https://yum.dockerproject.org/repo/main/centos/7
enabled=1
gpgcheck=1
gpgkey=https://yum.dockerproject.org/gpg
EOF

yum install docker-engine

service docker start

下载 galaxy-stable

网址： https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable，

# 下载并运行：
docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 bgruening/galaxy-stable

# 在浏览器中看 8080端口，或者
curl 127.0.0.1:8080
# 查看结果

# 查看运行中的容器
docker ps

# 如果要停止进程，先查看运行容器的 id， 然后
docker stop IDNUMBER

开启 galaxy docker

galaxy-stable 容器是只读模式的，为了使用ftp功能以及保存常用设置，需要将配置文件额外保存：
如此，将之前的进程终止，然后输入

docker run -d  -v /data/huboqiang:/export/ --net=host bgruening/galaxy-stable