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1. 计算DiceDice其实就是F1-score,即预测predicate和实际gt区域的overlap的面积(area)(或体积(volume))与二者union区域的面积(area)(或体积(volume))的比值的2倍。Dice一般是没有单位的。def dice(seg, gt): if seg.sum() + gt.sum() == 0: return 0 dice = 2 *(seg * gt).sum() / (seg.sum() + gt.sum())2. 计算Assd
2020-12-31 14:44:35
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原创 vtk学习笔记
vtk是进行3维图像处理的开源库。核心源代码: vtk源代码: 包含源代码和相关实例程序。相关数据: vtkdata:包含VTK自带的例子或测试程序运行时需要用到的数据。文档: vtkDocHtml: 由Doxygen工具根据各个类的头文件自动生成的。可执行程序: vtkexe: 安装后可以运行后缀为.tcl的tcl脚本程序。vtk和很多例子都是以tck脚本写成的。1. 编译并安装vtk在vtk官网上下载相应的source, vtkdata, vtklargedata, Documentatio
2020-12-28 15:48:01
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原创 VTP转OFF
将.vtp格式的文件转为.off格式：1. CMakeLists.txtcmake_minimum_required(VERSION 3.17)PROJECT(VtpToOFF)find_package(VTK REQUIRED)include(${VTK_USE_FILE})add_executable(VtpToOFF MACOSX_BUNDLE VtpToOFF vtkOFFWriter.cxx)if(VTK_LIBRARIES) target_link_libraries(
2020-12-27 11:35:10
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原创 vcpkg和cgal安装和使用
1. 下载并安装visual studio 2019windows下最方便的安装方式就是用visual studio来安装, 并勾选使用C++的桌面开发和右侧的MSVC v142...和Windows 10 SDK。注意vcpkg会使用到$vswhereExe = "$programFiles\Microsoft Visual Studio\Installer\vswhere.exe",因此需要visual studio 2015及其以上版本才行。否则运行bootstrap-vcpkg.bat会报错。2
2020-12-24 10:09:03
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原创 操作vtkPolyData和meshdata
1. 新建一个vtkPolyDataimport vtkpoints = vtk.vtkPoints()points.InsertNextPoint(0, 0, 0)points.InsertNextPoint(1, 0, 0)points.InsertNextPoint(1, 1, 0)points.InsertNextPoint(0, 1, 0)points.InsertNextPoint(2, 0, 0)polygon = vtk.vtkPolygon() # 多边形polyg
2020-12-24 10:06:06
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原创 numpy.array转inrimage
1. 导包import numpy as npfrom os import pathfrom io import StringIOimport gzip2. 构建头部specific_header_keys = ("XDIM", "YDIM", "ZDIM", "VDIM", "TYPE", "PIXSIZE", "SCALE", "CPU", "VX", "VY", "VZ", "TX",
2020-12-24 10:05:27
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原创 使用python读取inrimage文件
1. 导包from os import pathimport gzipfrom io import StringIOimport cv2import numpy as npimport matplotlib.pyplot as plt2. 读取文件filename = "skull_2.9.inr"if path.splitext(filename)[1] in (".gz", ".zip"): fzip = gzip.open(filename, "rb") f =
2020-12-24 10:04:45
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原创 vtk学习笔记
1. numpy转vtkImageDatafrom vtk.util import numpy_supportimport numpy as npimport vtkdef np_array2vtk_image(np_array) depth_arr = numpy_support.numpy_to_vtk(data.ravel(), deep=True, array_type=vtk.VTK_DOUBLE) im_data = vtk.vtkImageData() im_data.S
2020-12-24 10:03:13
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ubuntu运行./configure时出错
2015-08-07
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