PHG安装

遇到的问题：

Ubuntu 12.04 （也试过13.04），configure和make看起来正常，不过make install的时候，会有下面的错误：

installing /usr/local/lib/libphg.so
installing /usr/local/include/phg.h
installing /usr/local/include/phg/*.h
installing /usr/local/share/phg/config*.log
installing /usr/local/share/phg/Makefile.inc
installing /usr/local/bin/[nt]etgen2medit
installing /usr/local/bin/{dof_info,phg_debug,mirror}
make: *** [install] Error 1

试着编译example下的例子，有下面错误：

/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `feenableexcept'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `sqrt'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `tan'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `log'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `feclearexcept'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `tgamma'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `exp'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `sin'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `pow'
/home/parallels/phg-0.9.0/src/libphg.so: undefined reference to `cos'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [navier-stokes] Error 1

只有Navier-Stokes有错，其他都可以正常运行。

解决：Makefile中用到了PETSc，再查PHG手册，安装部分：

一些外部软件包,如 PETSc, HYPRE 和 SuperLU Dist 等需要用到 BLAS 或 LAPACK 库,其中PETSc 和 HYPRE 需要 LAPACK 和 BLAS, 而 SuperLU Dist 则仅需要 BLAS。如果希望在 PHG 中同时使用这些包,则它们必须引用相同的 BLAS 和 LAPACK。

运行 configure 时如果启用了 PETSc, 则 PHG 会自动从 PETSc 中获取有关 BLAS 和 LAPACK的信息,此时用户不用在命令行上指定 BLAS 和 LAPACK 库 (如果指定反而可能出错)。

如果没有安装或启用 PETSc, 则用户可以通过 configure 的选项来指定 BLAS 或/和 LAPACK库。下面是一些指定 BLAS/LAPACK 库的例子: 

./configure --disable-petsc --with-blas=-lgoto --with-lapack=-llapack
./configure --disable-petsc \

        --with-lapack="-L/opt/intel/mkl/lib/32 -lmkl_lapack -lmkl_def -lguide"

(注:可以用 --with-lapack 同时指定 BLAS 和 LAPACK 库,但不应该用 --with-blas 来指定 LA-PACK 库)。

上面--with-blas=-lgoto类似与gcc参数，lgoto为库文件的名称，比如我们放在/usr/local/lib 和 /usr/lib 下的是librefblas.a, 这里就要换成 --with-blas=-lrefblas

当没有安装或启用 PETSc 并且用户没有指定 BLAS/LAPACK 库时,configure 会试图自动寻找适当的 BLAS/LAPACK 库。如果找到,则显示出 (并使用) 找到的库。如果找不到,则给出一条警告信息。

如果使用 Fedora Linux 并且没有其它合适的 BLAS/LAPACK 库时,可以考虑安装 lapack-devel和 blas-devel 包。 

然后安装Lapack，具体安装过程如下：

安装lapack

1) gzip –cd lapack-3.1.1.tgz | tar xf -

2) cd lapack-3.1.1

3) cp make.inc.ifort make.inc (需要修改时gedit make.inc)

4) gedit Makefile

如果之前没安装blas:

将

include make.inc
 
all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing
 
lib: lapacklib tmglib
#lib: blaslib lapacklib tmglib
 
clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .

修改成：

include make.inc
 
all: lapack_install lib lapack_testing blas_testing
 
#lib: lapacklib tmglib
lib: blaslib lapacklib tmglib
 
clean: cleanlib cleantesting cleanblas_testing
. . . .

保存

6) make

7)如果机群允许复制。复制blas_LINUX.a lapack_LINUX.a和tmglib_LINUX.a则三个文件到/usr/lib和/usr/local/lib两个文件夹中，并改名为：libblas.a liblapack.a和libtmglib.a。不能复制的话到6）结束。

（http://blog.sina.com.cn/s/blog_7eb8a69a01014onk.html）

上面（7）在机器上，实际是librefblas.a, liblapack.a, libtmglib.a ，并且不需要重新命名。