python2.x环境下对rpy2包使用的前期配置、install packages （compilation failed for package ‘igraph’）小贴士_compilation failed for package 'igraph-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/u013915333/article/details/79627896

因为做实验需要用到R语言，所以安装rpy2在python中使用。

相关环境：

python 2.7.14

R 3.4.3

rpy2 2.8.6

rpy2安装遇到的问题：

起初是打算virtualenv中已有的一个虚拟环境中安装rpy2，使用pip安装rpy2，检测到你用的是python2.x之后，就会安装失败跳出：

rpy2 is no longer supporting Python < 3. Consider using an older rpy2 release when using an older Python release.

然后，尝试手动安装低版本兼容python2.x的rpy2，也总是失败。

经人指点，开始尝试用conda来搭环境，一次成功（不得不说conda确实比pip更亲民！）。

install packages遇到的问题：

当我们刚刚安装完rpy2的时候，它本身只包含最基本的packages，如果想要实现更多功能，就需要我们自己install了。

比如我，需要genlasso来搞事情。正常情况下，我们在python中嵌入

    r_script = '''
    install.packages("genlasso",dependencies=TRUE)
    '''
    r(r_script)

后续就可以使用genlasso了。但是，这个过程中出现了genlasso依赖包igraph无法成功编译的问题：

foreign-graphml.c: In function ‘igraph_write_graph_graphml’:
foreign-graphml.c:1408:46: error: expected ‘)’ before ‘GRAPHML_NAMESPACE_URI’
ret=fprintf(outstream, "<graphml xmlns="" GRAPHML_NAMESPACE_URI ""\n");
^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
foreign-graphml.c:1412:59: error: expected ‘)’ before ‘GRAPHML_NAMESPACE_URI’
ret=fprintf(outstream, " xsi:schemaLocation="" GRAPHML_NAMESPACE_URI "\n");
^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
foreign-graphml.c:1414:38: error: expected ‘)’ before ‘GRAPHML_NAMESPACE_URI’
ret=fprintf(outstream, " " GRAPHML_NAMESPACE_URI "/1.0/graphml.xsd">\n");
^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
/usr/lib/R/etc/Makeconf:132: recipe for target 'foreign-graphml.o' failed
make: *** [foreign-graphml.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’

此时，我并不知道怎么在当前环境下继续安装igraph。因为我菜，所以我用了最笨的方法，又安装了R语言。虽然在R语言的环境下安装，依然会出现这样的问题。但是，我可以在／tmp目录下找到 igraph_1.2.1.tar.gz的安装包呀。又在网上找到了

点击打开链接（https://github.com/igraph/rigraph/issues/213）里@liuyifang的回复（假装能@到）

1.按照点击打开链接（https://github.com/igraph/igraph/commit/9acfa54fa6b3d182fe458434a497f4e9b5c39955）中的步骤更改安装包中的src/foreign-graphml.c文件，一般情况下，这里是没问题的。

 #include "igraph_memory.h"
 #include <stdarg.h> 		/* va_start & co */
 
 #define GRAPHML_NAMESPACE_URI "http://graphml.graphdrawing.org/xmlns"

 #if HAVE_LIBXML == 1
 #include <libxml/encoding.h>
 #include <libxml/parser.h>
 
 //#define GRAPHML_NAMESPACE_URI "http://graphml.graphdrawing.org/xmlns"

 xmlEntity blankEntityStruct = {
 #ifndef XML_WITHOUT_CORBA
   0,

2.然后按照点击打开链接（https://github.com/igraph/igraph/pull/1020/files）中的方法去改写src/foreign-graphml.c文件。

   ret=fprintf(outstream, "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\"?>\n");
   if (ret<0) IGRAPH_ERROR("Write failed", IGRAPH_EFILE);
//  ret=fprintf(outstream, "<graphml xmlns=\"" GRAPHML_NAMESPACE_URI "\"\n");
   ret=fprintf(outstream, "<graphml xmlns=\"%s\"\n", GRAPHML_NAMESPACE_URI);
   if (ret<0) IGRAPH_ERROR("Write failed", IGRAPH_EFILE);
   ret=fprintf(outstream, "         xmlns:xsi=\"http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance\"\n");
   if (ret<0) IGRAPH_ERROR("Write failed", IGRAPH_EFILE);
//  ret=fprintf(outstream, "         xsi:schemaLocation=\"" GRAPHML_NAMESPACE_URI "\n");
   ret=fprintf(outstream, "         xsi:schemaLocation=\"%s\n", GRAPHML_NAMESPACE_URI);
   if (ret<0) IGRAPH_ERROR("Write failed", IGRAPH_EFILE);
//  ret=fprintf(outstream, "         " GRAPHML_NAMESPACE_URI "/1.0/graphml.xsd\">\n");
   ret=fprintf(outstream, "         %s/1.0/graphml.xsd\">\n", GRAPHML_NAMESPACE_URI);
   if (ret<0) IGRAPH_ERROR("Write failed", IGRAPH_EFILE);
   ret=fprintf(outstream, "<!-- Created by igraph -->\n");
   if (ret<0) IGRAPH_ERROR("Write failed", IGRAPH_EFILE);

3.通过点击打开链接（http://kbroman.org/pkg_primer/pages/build.html）的指示安装改写后的igraph_1.2.1.tar.gz的安装包。