LCS问题

最新推荐文章于 2021-03-15 17:09:46 发布

Spground

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分类专栏：算法与数据结构文章标签： substring

本文链接：https://blog.csdn.net/u014532901/article/details/78580998

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本文详细介绍了LCS（最长公共子序列）问题，包括最长公共子串和子序列的定义及其区别。LCS问题在生物信息学、版本控制等领域有广泛应用。动态规划是解决LCS问题的常用方法，具有时间复杂度，可以通过优化减少空间复杂度。对于最长公共子序列问题，还需要额外信息来重构序列。

摘要由CSDN通过智能技术生成

LCS问题

LCS问题

1. 简介

LCS通常是指Longest Common Subsequence, 但是也可代指Longest Common Substring。子串是一种特殊的子序列，子串和子序列的区别就是字串要求是组成子串的
各字符是连续的，而子序列仅仅要求各字符的下标是递增的即可。举个例子，如helloworld， world是子串(也是子序列)， hw不是子串是子序列。

LCS问题就是在若干(这里是两个)字符串中，找到最长的一个字符串p, 这个p是那些字符串的子串(子序列)。LCS问题的意义之一就是去衡量若干字符串的相似度，例如在生物信息学
中有DNA序列的问题，比如序列a = "ATGATAGATAGATAG"，序列b="TGGGCCGAGAAGCGAGA"，需要一种去衡量a、b相似度的方法，那么最长公共子序列就可以作为一种衡量方法。
除此之外，在软件开发领域中的版本控制系统（典型的就是Git），比较同一个文件不同时刻的差异的时候，就需要利用到这个方法。

例如下图就是Git上面的两次不同时刻对同一个文件的快照的对比图，我们可以看到，系统把两次的差异标示出来了。而原来位置、内容相同的部分没有标示。这个就可以通过
LCS问题的解决，来找到最长的公共子序列部分，就是作为公共的、未发生改变部分；剩下的就是改变的部分，应该标示出来。

这里写图片描述

同理基于这个，我们还可以简单的比较两篇文章的相似度来检查雷同、抄袭的情况，这么看来，LCS问题的还是和我们日常比较相关的。

解决LCS问题依靠暴力(brute force)的求解时间复杂度是指数级别的，因此不太现实，由于问题的本身的最优解具有最优子结构特征，因此原问题的求解可以化为多个子问题的求解；另外子问题的求解存在重叠的情况，这恰好是适合动态规划求解的问题的第二个特征：存在重叠的子问题求解过程，因此适合利用动态规划来求解，这个也是较常见的解决LCS问题的方法,时间复杂度为O(n*m)，动态规划易于编写，但是时间复杂度较高；另外更高级的还存在一种线性复杂度的O(n+m)的解法，就是Suffix Tree，不过这种方法的缺点是程序难以编制。因此在日常的编码中，动态规划已经够用了。

2. 最长公共子串问题

设dp[i][j]表示s[0~i]和t[0~j]的最长公共子串的长度，对于两个字符串的最长公共子串问题的最优解，最优解存在如下结构：

dp[i][j] = 1 (i == 0 || j == 0)
dp[i][j] = dp[i-1][j-1] + 1;(s[i] == t[j] && i > 0 && j > 0);
dp[i][j] = 0;(s[i] != t[j])

上述等式建立了原问题和子问题的关系（此类证明可用反证法），剩下的就是编码了。

public static List<String> findLongestLCS(String s, String t) {
   char[] schs = s.toCharArray();
   char[] tchs = t.toCharArray();
   int m = s.length(), n = t.length();
   int[][] dp = new int[m][n];
   int maxSize = 0;
   List<Integer> indexs = new ArrayList<>();//存储最长公共子串的在原始串中结束位置

   for (int i = 0; i < m; i++)
     for (int j = 0; j < n; j++) {
       if (schs[i] == tchs[j]) {
         if (i == 0 || j &