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原创 C++实现bam文件读写参考资料

为啥要自己实现这个?因为samtools这种工具读写bam文件太慢了。

2023-02-21 13:53:27 349

原创 c++ stl 优先队列怎么输出全部数据,同时又获取top数据?

方法:使用优先队列的构造函数构造一个和当前优先队列一样的数据,然后输出。有时,我们在调试时可能会出现需要输出优先队列的全部数据来观看数据情况。例如,我们需要在输入top数据之前输出当前优先队列的数据。总所周知,优先队列是一种常用的数据结构。

2022-12-15 13:34:16 872

原创 Samtools - Duplicate Marking

对于主要读取,此定义与 Picard (v2.10.3) 和 Biobambam2 (bamstreamingmarkduplicates v2.0.57) 中使用的相同。这些工具在确定重复时都不使用补充数据。然而,与 Picard 不同的是,复制模板中的补充读取默认情况下不会在 Samtools 中修改其标志。重复被定义为具有多个对齐的 5' 坐标匹配的模板。对于双端模板,这需要两个主要读取具有匹配的 5' 坐标。当检测到重复时,整体最高质量的模板将被保留,所有其他模板都设置重复标志。

2022-12-09 10:52:23 455

原创 使用picard工具去重自己的sam/bam数据

自 2.0.1 版(2015 年 11 月)起,Picard 需要 Java 1.8 (jdk8u66)。支持 Java 1.7 的最后一个版本是 1.141 版。picard是一组用于操作高通量测序 (HTS) 数据和格式的 Java 命令行工具。Picard 现在在 Java 11 下构建并通过测试。实现的,以支持访问通常用于高通量测序数据的文件格式,例如。Picard 是使用 HTSJDK Java 库。去重自己的sam/bam数据。

2022-10-11 10:14:29 2551

原创 207. 课程表 (拓扑排序)

题目链接:https://leetcode-cn.com/problems/course-schedule/解题代码:class Solution {public: bool canFinish(int numCourses, vector<vector<int>>& prerequisites) { vector<vector<int> > edges; edges.resize(numCours.

2022-05-07 22:51:57 852

原创 什么是λ矩阵?什么是多项式矩阵?

为多项式矩阵或λ矩阵。

2021-01-09 19:09:43 3022

原创 集合F是啥?

F是一个集合名,如果是在矩阵中一般指代数域F那么数域是啥?设P是由一些复数组成的集合,其中包括0与1,如果P中任意两个数的和、差、积、商(除数不为0)仍是P中的数,则称P为一个数域。常见数域: 复数域C;实数域R;有理数域Q。说明:1)若数集P中任意两个数作某一运算的结果仍在P中,则说数集P对这个运算是封闭的。2)数域的等价定义:如果一个包含0,1在内的数集P对于加法,减法,乘法与除法(除数不为0)是封闭的,则称数集P为一个数域。...

2021-01-09 19:04:12 4568

原创 矩阵多项式

2021-01-09 18:56:27 3062

原创 矩阵范数

2021-01-09 17:56:52 1005

原创 codevs1012 最大公约数和最小公倍数问题

有时候可以顺着过去但是不可以逆着回来。人生亦是如此。题目描述 Description输入二个正整数x0,y0(2条件:  1.P,Q是正整数2.要求P,Q以x0为最大公约数,以y0为最小公倍数.试求:满足条件的所有可能的两个正整数的个数.输入描述 Input Description二个正整数x0,y0输出描述 Ou

2017-03-03 21:01:37 12964

原创 poj2142 The Balance(扩展欧几里得算法)

The BalanceTime Limit: 5000MS Memory Limit: 65536KTotal Submissions: 6423 Accepted: 2832DescriptionMs. Iyo Kiffa-Australis has a balance and only two kinds of wei

2017-03-02 16:43:05 17140

原创 Romantic(扩展欧几里得)注意数据范围

RomanticTime Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)Total Submission(s): 5697 Accepted Submission(s): 2421Problem DescriptionThe Sky is Sprite.The Bir

2017-03-01 19:44:40 14146

原创 Fast Food hdu 1227 dp动态规划

题目大意快餐连锁mcburger拥有公路沿线几家餐馆。最近,他们决定在高速公路上建造几处仓库,每一个位于一个餐厅,并提供一些所需的食材的餐馆。当然,这些仓库应放置,使一个餐厅和它分配的仓库之间的平均距离最小化。你要写一个程序来计算仓库的最佳位置和作业。为了使其更精确,对mcburger管理具有以下规范发布:你将获得位置的N餐厅沿着公路n D1,D2,…,DN(这些都是从公司总部,这恰好

2017-02-26 15:12:32 19753 1

原创 三种编程命名规则(匈牙利法,小驼峰法,大驼峰法)

1. 匈牙利命名:开头字母用变量类型的缩写,其余部分用变量的英文或英文的缩写,要求单词第一个字母大写。For example: long lsum = 0;"l"是类型的缩写; 2. 小驼峰式:(little camel-case)第一个单词首字母小写,后面其他单词首字母大写。For example: string firstName = strin

2017-02-26 15:11:15 16583 1

原创 hdu 1016 素数环 深搜,回溯

#includeusing namespace std;#include#include#includeint n,a[23],vis[23],Case=0;bool isp(int n){for(int i=2;i<=sqrt(n);i++) if(n%i==0) return 0;return 1;}void dfs(int cur){if(cur==n&&isp

2017-02-26 15:10:22 18985 1

原创 全排列 深搜dfs

#include#includeusing namespace std;int a[100],vis[100],n;void dfs(int t){if(n<t){ for(int i=1;i<=n;i++) printf("%d ",a[i]); puts(""); return;}for(int i=1;i<=n;i++)if(vis[i

2017-02-26 15:09:15 19133 1

原创 codevs1048 石子归并 动态规划dp

#include#includeusing namespace std;int n,a[1000]={0},dp[1000][1000]={0},s[1000]={0};int main(){cin>>n;memset(dp,11,sizeof(dp));for(int i=1;i<=n;i++){ cin>>a[i]; s[i]=a[i]+s[i-1]; d

2017-02-26 15:07:44 16054 1

原创 codevs1063 合并果子 贪心

#include#includeusing namespace std;long long a[10005];int main(){int n,i,t;long long ans,p;scanf("%d",&n);for(i=1;i<=n;i++)scanf("%d",&a[i]);sort(a+1,a+n+1);ans=0;for(i=1;i<

2017-02-26 15:06:46 17837 1

原创 codevs1576 最长严格上升子序列 动态规划dp

#include#includeusing namespace std;int main(){ int n,m=-1; cin>>n; long a[1000],dp[1000]={0}; for(int i=1;i<=n;i++) cin>>a[i]; for(int i=1;i<=n;i++) dp[i]=1;

2017-02-26 15:05:55 18884 1

原创 codevs1154 能量项链 入门dp

#include #include #include #include using namespace std;int n,maxx,sz[220],dp[220][220];int main(){scanf("%d",&n);for (int i = 1;i <= n;i++){scanf("%d",&sz[i]);sz[i+n] = sz[i];}for(int j

2017-02-26 15:04:24 16474 1

原创 poj1503 大整数加法

题目:    大整数加法,每个整数至多包含100个数字,最多100个整数相加,计算并输出结果。输入:     最多输入100行数据,每行输入一个正整数,输入0结束输入。输出:    输出所有正整数累加的结果。注意输入01111111的情况。代码如下#includeusing namespace std;#include#includeint main(){

2017-02-26 15:02:51 18780 2

原创 历届试题 九宫重排 (搜索+哈希)

问题描述  如下面第一个图的九宫格中,放着 1~8 的数字卡片,还有一个格子空着。与空格子相邻的格子中的卡片可以移动到空格中。经过若干次移动,可以形成第二个图所示的局面。  我们把第一个图的局面记为:12345678.  把第二个图的局面记为:123.46758  显然是按从上到下,从左到右的顺序记录数字,空格记为句点。  本题目的任务是已知九宫的初态和终态,求最少经过

2017-02-26 14:55:36 13147 1

原创 codevs 1215 迷宫 广搜bfs 深搜dfs

题目链接:http://codevs.cn/problem/1215/一个纯广搜的题目.广搜和深搜都可以广搜代码如下#include#include#include#includeusing namespace std;int main(){ int num,n,x0,y0,x1,y1,x2,y2,x3,y3,flag,dir[4][2]={{1,0},{

2017-02-24 22:02:11 19067 1

原创 poj 1230 贪心法

题意 :  有一块棋盘式的场地和一个魔术师,场地中有n道墙,魔术师一次最多能穿越k道墙。求移除最少数量的墙,使得魔术师可以在场地的任意一列表演都可以成功。用二维数组来表示场地思路 : 如果穿不过,贪心找出从该列起向右延伸最长的m道墙,移除这m道墙使得该列能穿过。#include#include#includeusing namespace std;

2017-02-24 18:48:48 15037 1

原创 poj1258 最小生成树,prim

#include#include#includeusing namespace std;int main(){ // freopen("1.txt","r",stdin);int maps[110][110],vis[110]={0},dis[110],n,minn,x,y,ans,k;while(cin>>n&&n){for(int i=1;i<=n;i++) for

2017-02-24 18:47:48 19314 1

原创 poj1488 字符串处理

#include#includeusing namespace std;int main(){string a;unsigned int pos,cnt=1;while(getline(cin,a)){    while((pos=a.find('\"'))!=string::npos){            if(cnt%2==1)        a.rep

2017-02-24 18:46:59 16840 2

原创 poj2408 字符串处理,排序

#include#include#include#include#include#includeusing namespace std;struct node{string a,b;}a[30005],g[30005];struct nod{string a,b;int n;}c[30005];bool Cmp(node a,node b){return a.a<b.

2017-02-24 18:45:32 15058 1

原创 hdu1874 dijkstra

dijkstra算法,呵呵代码#include#include#includeusing namespace std;int main(){ // freopen("1.txt","r",stdin);int t1,t2,s,t,t3,n,m,dis[205],a[205][205];bool vis[205];while(cin>>n>>m){

2017-02-24 18:44:42 14180 1

原创 hdu3549 网络流

#include#include#include#includeusing namespace std;int pre[1005],s=1,t,g[1005][1005],vis[1005],m;bool bfs(){ memset(pre,0,sizeof(pre)); memset(vis,0,sizeof(vis));int k;queue q;q.push

2017-02-24 18:43:36 17576 1

原创 poj 1273 网络流

#include#include#include#includeusing namespace std;int res[202][202],minn,n,m,pre[202],a[202];bool bfs(){queueq;q.push(1);int k;memset(a,0,sizeof(a));a[1]=0x3f3f3f3f;while(!q.empty()){

2017-02-24 18:41:40 11765

原创 codevs 1028 花店橱窗布置

网络流二分图匹配题目描述 Description假设以最美观的方式布置花店的橱窗,有F束花,V个花瓶,我们用美学值(一个整数)表示每束花放入每个花瓶所产生的美学效果。为了取得最佳的美学效果,必须使花的摆放取得最大的美学值。输入描述 Input Description第一行为两个整数F,V(F接下来F行每行V个整数,第i行第j个数表示第i束花放入第j个花瓶的美学值。输出描述 Output Desc

2017-02-24 18:35:11 17385 1

原创 16进制转8进制

#include#include#includeusing namespace std;const int Max=100000+2;int main(){char a[Max];int b[Max*4],n;cin>>n;while(n--){cin>>a;int k=1;int len=strlen(a);for(int i=0;i<len;i++){int t;

2017-02-24 18:33:54 13254 1

原创 基础练习 字母图形

#include#includeusing namespace std;int main(){int n,m;cin>>n>>m;char t;for(int i=1;i<=n;i++){for(int j=i-1,f=1;j>0&&f<=m;j--,f++){t='A'+j;cout<<t;}for(int j=0;j<=m-i;j++){t='A'+j;cout<<

2017-02-24 18:22:24 16271 1

原创 poj1001 java

import java.math.BigDecimal; import java.util.Scanner;public class main {public static void main(String[] args) {Scanner cin=new Scanner(System.in);while(cin.hasNextBigDecimal()){BigDecimal a=ci

2017-02-24 18:19:18 16833 1

原创 算法提高 学霸的迷宫

不解释,bfs问题描述  学霸抢走了大家的作业,班长为了帮同学们找回作业,决定去找学霸决斗。但学霸为了不要别人打扰,住在一个城堡里,城堡外面是一个二维的格子迷宫,要进城堡必须得先通过迷宫。因为班长还有妹子要陪,磨刀不误砍柴功,他为了节约时间,从线人那里搞到了迷宫的地图,准备提前计算最短的路线。可是他现在正向妹子解释这件事情,于是就委托你帮他找一条最短

2017-02-24 18:18:13 10785 1

原创 历届试题 错误票据

#include#include#include#includeusing namespace std;int main(){int n,a[102],num;cin>>n;if(n<=0) return 0;int i=0;while(cin>>a[i]) i++;sort(a,a+i);int ans1,ans2;for(int j=1;j<i;j++){if(a[

2017-02-24 18:17:10 19459 1

原创 背包型动态规划 装箱问题

题目描述 Description有一个箱子容量为V(正整数,0<=V<=20000),同时有n个物品(0<n<=30),每个物品有一个体积(正整数)。要求n个物品中,任取若干个装入箱内,使箱子的剩余空间为最小。输入描述 Input Description一个整数v,表示箱子容量一个整数n,表示有n个物品接下来n个整数,分别表示这n

2017-02-24 18:16:18 19647 1

原创 poj 3264 线段树,链表实现

Balanced LineupTime Limit: 5000MS Memory Limit: 65536KTotal Submissions: 48900 Accepted: 22901Case Time Limit: 2000MSDescriptionFor the daily milking, F

2017-02-24 18:12:12 16493 1

原创 历届试题 带分数

问题描述100 可以表示为带分数的形式:100 = 3 + 69258 / 714。还可以表示为:100 = 82 + 3546 / 197。注意特征:带分数中,数字1~9分别出现且只出现一次(不包含0)。类似这样的带分数,100 有 11 种表示法。输入格式从标准输入读入一个正整数N (N输出格式程序输出该数字用

2017-02-24 18:10:12 10796

原创 历届试题 回文数字

问题描述  观察数字:12321,123321 都有一个共同的特征,无论从左到右读还是从右向左读,都是相同的。这样的数字叫做:回文数字。  本题要求你找到一些5位或6位的十进制数字。满足如下要求:  该数字的各个数位之和等于输入的整数。输入格式  一个正整数 n (10输出格式  若干行,每行包含一个满足要求的5位或6位整数。  数字按从小到

2017-02-24 18:09:18 12727 1

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