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原创 VI编译器

它的强大功能不逊色于任何现代文本编辑器，几乎所有Unix-like系统都预装了VI或其改进版本Vim（Vi Improved）。VI编辑器主要有两种类型：原始的VI和增强版的Vim。Vim在VI基础上增加了语法高亮、多级撤销、插件系统等实用功能，但完全兼容VI的所有命令。VI编辑器的设计哲学是"保持双手不离开键盘主区域"，这使得熟练用户可以达到极高的编辑效率。虽然现代图形化编辑器功能丰富，但在服务器管理、远程终端操作等场景下，VI仍然是不可替代的工具。​模式化设计​：不同的编辑模式各司其职，减少误操作。

原创 shell菜鸟教程流程控制和test命令笔记

test 命令是 Shell 内置的条件判断工具，用于评估表达式并返回布尔值（真/假），它通常与 if 语句结合使用，是 Shell 脚本中实现逻辑控制的基础。条件为真时重复执行，适用于未知迭代次数的场景（如监控、文件逐行读取）。当条件成立时执行操作，语法以if开始、fi结束，条件写在[]或[[]]中。​if/else​：条件分支处理（如服务状态检查、参数验证）​while​：持续监控或动态条件循环（如日志实时分析）数值比较：-eq（等于）、-gt（大于）等。文件测试：-e（存在）、-d（目录）等。

原创 Python菜鸟教程 模块 文件I/O file方法笔记

Python open() 方法用于打开一个文件，并返回文件对象，在对文件进行处理过程都需要使用到这个函数，如果该文件无法被打开，会抛出 OSError。Python 模块(Module)，是一个 Python 文件，以 .py 结尾，包含了 Python 对象定义和Python语句。包是一个分层次的文件目录结构，它定义了一个由模块及子包，和子包下的子包等组成的 Python 的应用环境。Python 会智能地猜测一个变量是局部的还是全局的，它假设任何在函数内赋值的变量都是局部的。

原创 R语言基础图像及部分调用函数

散点图是将所有的数据以点的形式展现在直角坐标系上，以显示变量之间的相互影响程度，点的位置由变量的数值决定，每个点对应一个 X 和 Y 轴点坐标。散点图可以使用 plot() 函数来绘制例子。

原创 菜鸟教程Shell笔记 数组 运算符 echo命令

数组中可以存放多个值。Bash Shell 只支持一维数组（不支持多维数组），初始化时不需要定义数组大小（与 PHP 类似）。与大部分编程语言类似，数组元素的下标由 0 开始。Shell 数组用括号来表示，元素用"空格"符号分割开读取数组关联数组Bash 支持关联数组，可以使用任意的字符串、或者整数作为下标来访问数组元素。关联数组使用 declare 命令来声明，语法格式。

原创 Python 推导式 迭代器和生成器和With关键字 菜鸟教程笔记

Python 推导式是一种独特的数据处理方式，可以从一个数据序列构建另一个新的数据序列的结构体。Python 推导式是一种强大且简洁的语法，适用于生成列表、字典、集合和生成器。在使用推导式时，需要注意可读性，尽量保持表达式简洁，以免影响代码的可读性和可维护性。Python 支持各种数据结构的推导式：列表(list)推导式字典(dict)推导式集合(set)推导式元组(tuple)推导式。

原创 不同的表格形式及其特点

结构：微软专有格式，.xls 为二进制格式，.xlsx 基于 XML 压缩（2007 + 版本），支持多工作表、单元格格式、公式等。功能强大：支持单元格格式（颜色、字体）、公式（函数计算）、宏（VBA 自动化）、图表、数据透视表等；解决 CSV 的 “逗号冲突”：当字段内容含逗号（如 “北京，中国”）时，用制表符分隔可避免歧义；结构：纯文本格式，每行代表一条记录，字段间用逗号（或制表符、分号等）分隔，无复杂结构。结构：标记型格式，通过自定义标签（如值）描述数据，支持层级嵌套。

原创 菜鸟教程Linux shell教程和shell变量笔记

Shell 是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。Ken Thompson 的 sh 是第一种 Unix Shell，Windows Explorer 是一个典型的图形界面 ShellShell 环境。

原创 R菜鸟教程笔记 XML CSV Excel

CSV 表格交互CSV（Comma-Separated Values，CSV，有时也称为字符分隔值，因为分隔字符也可以不是逗号） 是一种非常流行的表格存储文件格式，这种格式适合储存中型或小型数据规模的数据。由于大多数软件支持这个文件格式，所以常用于数据的储存与交互。CSV 本质是文本，它的文件格式极度简单：数据一行一行的用文本保存起来而已，每条记录被分隔符分隔为字段，每条记录都有同样的字段序列。CSV 用逗号来分割列，如果数据中含有逗号，就要用双引号将整个数据块包括起来。

原创 # 菜鸟教程Python模块 文件IO 方法

是一个 Python 文件，以 .py 结尾，包含了 Python 对象定义和Python语句。模块让你能够有逻辑地组织你的 Python 代码段。把相关的代码分配到一个模块里能让你的代码更好用，更易懂。模块能定义函数，类和变量，模块里也能包含可执行的代码。from…import 语句Python 的 from 语句让你从模块中导入一个指定的部分到当前命名空间中。

原创 菜鸟教程Linux ViVimYumApt笔记

Vim是从vi发展的文本编辑器 代码补全编译Vim 是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。代码补全、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富，在程序员中被广泛使用。简单的来说， vi 是老式的字处理器，不过功能已经很齐全了，但是还是有可以进步的地方。vim 则可以说是程序开发者的一项很好用的工具。

原创 菜鸟教程Python 字典和日期&时间笔记

字典是另一种可变容器模型，且可存储任意类型对象。注意：dict 作为 Python 的关键字和内置函数，变量名不建议命名为 dict。键一般是唯一的，如果重复最后的一个键值对会替换前面的，值不需要唯一。访问字典里的值把相应的键放入熟悉的方括弧，如下实例:实例删除字典元素能删单一的元素也能清空字典，清空只需一项操作。显示删除一个字典用del命令字典键的特性字典值可以没有限制地取任何 python 对象，既可以是标准的对象，也可以是用户定义的，但键不行。

原创 菜鸟教程R 数据框 数据重塑 包 笔记

数据框（Data frame）可以理解成我们常说的"表格"。数据框是 R 语言的数据结构，是特殊的二维列表。数据框每一列都有一个唯一的列名，长度都是相等的，同一列的数据类型需要一致，不同列的数据类型可以不一样。…: 列向量，可以是任何类型（字符型、数值型、逻辑型），一般以 tag = value 的形式表示，也可以是 value。row.names: 行名，默认为 NULL，可以设置为单个数字、字符串或字符串和数字的向量。check.rows: 检测行的名称和长度是否一致。

原创 循环处理fq格式基因 并将其转录翻译及biopython第四章阅读笔记

尽管设计一个通用的类囊括序列的所有特征看似是不可能的，但是Biopython的 SeqFeature 类试图尽可能多的囊括序列的所有特征。此处需引起注意的是per-letter annotations也被取切片, 但新序列中的features保持不变 (locations相应调整)。SeqFeature 对象的关键目的在于描述其相对于父序列（parent sequence，通常为 SeqRecord 对象）所处的位置（location）, 通常是介于两个positions间的一个区域（region）

原创 Python集合 条件控制 循环语句菜鸟教程笔记

match 后的对象会依次与 case 后的内容进行匹配，如果匹配成功，则执行匹配到的表达式，否则直接跳过，_ 可以匹配一切。Python 中用 elif 代替了 else if，所以if语句的关键字为：if – elif – else。类似 if 语句的语法，如果你的 while 循环体中只有一条语句，你可以将该语句与 while 写在同一行中。如果 while 后面的条件语句为 false 时，则执行 else 的语句块。集合中的元素不会重复，并且可以进行交集、并集、差集等常见的集合操作。

原创 菜鸟教程R语言矩阵数组和因子笔记

R 语言为线性代数的研究提供了矩阵类型，这种数据结构很类似于其它语言中的二维数组，但 R 提供了语言级的矩阵运算支持。R 语言数组创建使用 array() 函数，该函数使用向量作为输入参数，可以使用 dim 设置数组维度。一个 M x N 的矩阵是一个由 M（row） 行 和 N 列（column）元素排列成的矩形阵列。因子用于存储不同类别的数据类型，例如人的性别有男和女两个类别，年龄来分可以有未成年人和成年人。R 语言数组是一个同一类型的集合，前面我们学的矩阵 matrix 其实就是一个二维数组。

原创 LInux文件基本属性 文件与目录管理 菜鸟教程笔记

Linux 系统是一种典型的多用户系统，不同的用户处于不同的地位，拥有不同的权限。为了保护系统的安全性，Linux 系统对不同的用户访问同一文件（包括目录文件）的权限做了不同的规定。在 Linux 中我们通常使用以下两个命令来修改文件或目录的所属用户与权限：chown (change owner) ： 修改所属用户与组。chmod (change mode) ： 修改用户的权限。Linux文件属主和属组在Linux系统中，用户是按组分类的，一个用户属于一个或多个组。

原创 python基本数据类型 数据类型转换 数字 菜鸟教程笔记

Python 中的变量不需要声明。每个变量在使用前都必须赋值，变量赋值以后该变量才会被创建。在 Python 中，变量就是变量，它没有类型，我们所说的"类型"是变量所指的内存中对象的类型。等号（=）用来给变量赋值。等号（=）运算符左边是一个变量名,等号（=）运算符右边是存储在变量中的值python中常见的数据类型Number string bool list tuple set dictionary 七种数字（number）也有 int float bool complex 四种。

原创 菜鸟教程Linux系统目录结构 忘记密码 远程登录教程

bin：bin 是 Binaries (二进制文件) 的缩写, 这个目录存放着最经常使用的命令。/boot：这里存放的是启动 Linux 时使用的一些核心文件，包括一些连接文件以及镜像文件。/dev ：dev 是 Device(设备) 的缩写, 该目录下存放的是 Linux 的外部设备，在 Linux 中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。/etc：etc 是 Etcetera(等等) 的缩写,这个目录用来存放所有的系统管理所需要的配置文件和子目录。

原创 菜鸟教程 R语言基础运算 注释 和数据类型

这个赋值符号是 R 语言的一个形式上的优点和操作上的缺点：形式上更适合数学工作者，毕竟不是所有的数学工作者都习惯于使用 = 作为赋值符号。注释主要用于一段代码的解析，可以让阅读者更易理解，编程语言的注释会被编译器忽略掉，且不会影响代码的执行。一般编程语言的注释分为单行注释与多行注释，但是 R 语言只支持单行注释，注释符号为 #。赋值：R 语言是数学语言，所以赋值符号与我们数学书上的伪代码很相似，是一个左箭头 <-log(m,n) m的对数函数，返回n的几次方等于m。sqrt(n) n的平方根。

原创 #菜鸟教程Python基础语法和解释器和注释的笔记

第一个字母必须是子没有或下划线标识符对大小写敏感，但对长度没有限制。

原创 氨基酸及其对应密码子表格

原创 菜鸟教程R语言一二章阅读笔记

会把把 “RUNOOB” 变量输出到 “/Users/runoob/runoob-test/r_test.txt” 文件中去。R 语言与 node.js 和 Python 一样，是解释型的语言，所以我们往往可以像使用命令行一样使用 R 语言。R 语言是为数学研究工作者设计的一种数学编程语言，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R 语言文件后缀为 .R，可以使用命令行工具 Rscript 来执行 R 脚本文件。R 语言文件后缀为 .R 可以创建脚本后在命令行使用Rscript。

原创 菜鸟教程 Linux 一二三章阅读笔记

Linux 是一套免费使用和自由传播的类 Unix（相当于上古unix） 操作系统，是一个基于 POSIX 和 UNIX 的多用户、多任务、支持多线程和多 CPU 的操作系统。1内核的引导 ：先是BIOS开机自检，按照BIOS中设置的启动设备（硬盘）来启动。3.系统初始化：调用执行了/etc/rc.d/rc.sysinit，主要完成激活交换分区，检查磁盘，加载硬件模块的任务。LInux发行版本（我是用的Ubuntu）有Ubuntu、RedHat、CentOS、Debian、Fedora等等。

原创 Python菜鸟教程 123章节阅读笔记

7.可扩展：如果你需要一段运行很快的关键代码，你可以使用C或C++完成那部分程序，然后从你的Python程序中调用，支持对其他那部分语言的调用。5.互动模式：互动模式的支持，您可以从终端输入执行代码并获得结果的语言，互动的测试和调试代码片断。1.易于学习：Python有相对较少的关键字，和一个明确定义的语法，写起来容易。4.一个广泛的标准库：Python的最大的优势之一是拥有跨平台的丰富的库。3.易于维护：Python的成功在于它的源代码是相当容易维护的。2.易于阅读：Python代码定义的更清晰。

原创 将IL17A GENE转录翻译全过程

1.进入NCBI 找到你所需要的基因，点击Genomic regions, transcripts, and products，寻找到其中的GENBANK，往下翻找到其给出的CDS坐标EG：IL17A（编码链）输出CDS输出。

原创 将IL17A GENE转录翻译全过程

1.进入NCBI 找到你所需要的基因，点击Genomic regions, transcripts, and products，寻找到其中的GENBANK，往下翻找到其给出的内含子和外显子坐标EG：IL17AmRNA join (641…724, 1869…2071, 3321…4904) # 外显子1-3的基因组坐标CDS join （698…724, 1869…2071, 3321…3558) # 编码区（外显子子集）

原创 将IL17A GENE转录翻译全过程（半成品）

1.进入NCBI 找到你所需要的基因，点击Genomic regions, transcripts, and products，寻找到其中的GENBANK，往下翻找到其给出的内含子和外显子坐标EG：IL17AmRNA join (641…724, 1869…2071, 3321…4904) # 外显子1-3的基因组坐标CDS join （698…724, 1869…2071, 3321…3558) # 编码区（外显子子集）

原创 从DNA到成熟mRNA的基因表达过程

结构：浅蓝色长条，代表一段基因的DNA序列。关键区域：启动子（Promoter）：RNA聚合酶结合的位点，启动转录。转录起始位点（TSS）：转录开始的具体位置。开放阅读框（ORF）：从起始密码子ATG到终止密码子TGA的编码序列（最终翻译成蛋白质的部分）。

原创 20种标准氨基酸及名称

原创 20种标准氨基酸及名称

原创 启动子-转录翻译

蛋白质序列长度: 1135 个氨基酸。蛋白质序列长度: 1135 个氨基酸。

原创 如何在NCBI上找到特定的启动子区域

Showing 4.26kb region from base 52186375 to 52190638.

原创 生物信息学基础格式 及模板链的处理方式

序列。

原创 反向互补代码-python

【代码】反向互补代码-python。

原创 关于VS CODE 的下载和使用

原创 关于R语言的下载使用

原创 如何安装Conda及内置python 重制版MAX

7.输入python 最新版本 3.13.5。1.在浏览器上搜索Conda并下载。3.在windows 系统中找到。4.用create创造环境。2.下载完成后解压并安装。

原创 Python 中的类 重制代码版

类：是对象的抽象模板，定义对象的属性和方法。例如，Dog 类描述狗的共有特征（如品种、叫声）。对象：是类的实例化结果，拥有类定义的属性和方法的具体实体。例如，my_dog = Dog(“Buddy”, 3) 创建了一个名为 Buddy 的狗对象。类的定义语法 使用 class 关键字定义。python运行复制。

原创 如何安装Conda及内置python--重重重制版

1.在浏览器上搜索Mini Conda并下载。6.输入python 最新版本 3.13.5。3.在windows 系统中找到。2.下载完成后解压并安装。