package ‘TCGAbiolinks’ is not available (for R version ****)解决方案

全幼儿园最帅嘻嘻

于 2020-06-24 21:24:39 发布

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文章标签：大数据

本文链接：https://blog.csdn.net/vincent20000/article/details/106951242

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TCGA数据下载—通过R包

直接install.packages(“RTCGA”)、install.packages(“TCGAbiolinks”)会出现报错，有可能出现R当前版本这个包不可用，解决办法：

先安装Bioconductor，再安装下载TCGA数据所需的各种包。

 #安装Bioconductor
 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
     install.packages("BiocManager")

#检查是否安装Bioconductor成功
BiocManager::available()

#下载所需的RTCGA包
library(BiocManager)
BiocManager::install('RTCGA')
#也可以这样安装其他的TCGA下载包
install.packages('TCGAbiolinks')
BiocManager::install('TCGAbiolinks')