w126126的博客

原创 学会看POTCAR

原创 word 无法自动检测拼写

选中内容发现是法语，所以你要手动修改为英语。word 有时候不能分辨是哪种语言,比如把。发现现在可以检测拼写和语法了。

原创 服务器测试

vasp_gam 版本测试。

原创 gnuplot +visio （图片边缘无留白）

目前没有发现怎么修改颜色透明度（16进制 #aaff0000）1）gnuplot 输出图片为svg 文件。3）右击 取消合并 （可以批量选中）5）复制 粘贴->高清图片。2）拖入 visio 中。4）调整图片页边距无留白。

原创 vaspkit 画 Charge-Density Difference

文件1提前写好使用的CHGCAR路径。

原创 vaspkit 313 打开插值会报错

方法：关闭插值.F.

原创 for 循环返回当前目录技巧

然而，当循环执行完毕后，你可能并不在期望的位置。为了确保你在循环结束后回到正确的位置，你可以使用。命令来保存和恢复你的位置。

原创 cp 命令

假设当前目录有文件夹A,B，和文件c,想要将文件c 复制到文件夹（A和B）的子文件夹A/C,B/C中。执行 cp c */*/B 好像只会执行 cp c A/C/ 而不会执行 cp c B/C/正确可以利用for 循环执行。

原创 bash 删除命令

在命令行中有效，但在脚本中不起作用，这可能是因为脚本在运行时默认使用的是非。你可以在脚本中指定使用。

原创 Endnote 从某group移除文献，但是还保留在库中

2、选择 Remove References from Group 快捷键（ctrl+D）

原创 mathmatics 清除变量(笔记)

重新给变量赋值时要去除之前定义的变量，否则影响后面的运算。

原创 扭角进阶30和0度为对称轴

30°结果 %%%%%% 旋转矩阵 夹角 原子数 超胞的晶格常数的平方。%%%%%% 旋转矩阵 总角度 b1_30夹角 b2_30夹角 原子数。分为对称轴30和0度。

原创 vasp6.4.2 中 ISPIN 设置

vasp6.4.2 会读取第一个参数，而不是第二个，（误认为后面的会覆盖掉第一个），用vaspkit 生成的INCAR文件可能同时出现ISPIN=1和ISPIN=2。建议直接把ISPIN=1注释掉或者直接删除。

原创 VASP 保持时间反演对称性

【代码】VASP 保持时间反演对称性。

原创 python 构建双层2H堆垛,2R堆垛

准备好单层2H相TMDs(p6m2) 2H.py。准备单层1T相TMDs(p3m1) 1T.py。

原创 调节层间距（shell语言，笔记）

pre.sh 调节层间距脚本。

原创 linux 回收站机制（笔记）

功能 ：设立回收站，并且可定时清空回收站。-rf ~/.trash/* 不然影响。-rf ~/.trash/* 改成。一、建议将alias。Linux下回收站机制。

原创 awk 双轴应变

cp ./[IKP]* $i/ #I,K,P分别代表INCAR，KPOINTS,POTCAR和POSCAR文件。

原创 固定轴与二维结构优化 （笔记）

IOPTCELL 固定z轴优化。

原创 Vasp+phonopy 计算声子谱

phonopy 可以随意打开一个conda 环境进行安装，我自己安装到了wnw_pyw90上。注：KPOINTS文件每行一定要顶格写，不能前面不能空格，不然可能会报错。准备band.conf文件，如下所示：(参数含义详见phonopy官网)KPOINTS需适当减小，可以的话最好再进行一次收敛测试。提交命令 PBS bsub

原创 石墨烯能带结构（考虑三近邻），两种方法对比 （1）构造哈密顿 （2）matlab 后处理wannier90hr.dat （晶体规范）

（2） 第二种：matlab 后处理 wannier_hr.dat (POSCAR要在MS find symstry), 不然 DFT->wannier90 补充的原子坐标跟POSCAR不一样，不一样的话需要利用wannier90.win的原子坐标。或者XDATCAR中的坐标（晶体规范）(1)根据原胞构建哈密顿。

原创 石墨烯 C-C的最近邻NN,次近邻2NN,3近邻3NN各自在K点的相位和（笔记）

石墨烯最近邻，次近邻，三近邻分别在K点的相位和。

原创 matlab 绘制石墨烯能带图(最近邻)(笔记)

石墨烯狄拉克点附近的能带是C-pz轨道构成的，比较简单。我只考虑了C-C的最近邻相互作用（without SOC），当然次近邻和三近邻稍微改动也可以加进去。括号不对称差点让我放弃，

原创 vesta 给原子重新编号(笔记)

Edit->Edit date->Structure Parameters 然后修改Label ，最后选择OK。

原创 vaspkit 将1*1 单胞扩胞成1*sqrt(3)超胞方法

命令行输入vaspkit 选择400。依次输入 1 0 0 #a'=准备好1*1 的POSCAR。

原创 gnuplot 绘制热图(heatmap) 先处理数据符合格式要求

gnuplot 画热图之前数据一定需要满足以下条件：按照某一列（第一列）排序，而且第一列中相邻的两行不相同则加入一段空行。解决办法：按照第一列（某一列排序），然后在第一列相邻行不等时插入空格，代码如下。program 就是可用的数据，绘图如下。

原创 gnuplot 二次拟合求最小值坐标

【代码】gnuplot 二次拟合求最小值坐标。

原创 gnuplot 自旋向上向下投影 蓝（spin DW ）-白-红(spin UP)

采用气泡图画投影能带时有时气泡太大或者太小，极不美观，（可能我画的原因），所以我想利用红蓝颜色映射画投影能带图。

原创 gnuplot 红蓝搭配透明百分比设置

科研红配绿：如果蓝色和红色完全重叠，建议选择透明度百分之八十。重叠多的话选择百分之六十七

原创 linux 中如何将 a.bcd b.bcd c.bcd 中尾部的.bcd 字符删掉

在Linux中建立了一个回收站，每次误删东西想恢复的时候时间后缀很麻烦，利用这个方法可以省去不少时间。

原创 gnuplot 红蓝搭配设置透明色

(蓝色)，换颜色的话寻找目标颜色的RGB。目标先画红色，后画蓝色，蓝色透明度99%后六位是16进制RGB。前两位是透明度：99。

原创 Endnote prb 格式，名字在前，姓在后，姓全写，名字简写。（其它格式也可以交流哈）

Endnote 姓名简写

原创 在linux 系统下将~/.scricp/potential 复制到a.$i/scf下，并设置title 为a.$i；并将每个文件的静电势能图用gnuplot 画出

【代码】在linux 系统下将~/.scricp/potential 复制到a.$i/scf下，并设置title 为a.$i;并将每个文件的静电势能图用gnuplot 画出。

原创 将文件中所有以“E=“开头的行替换为“E=1”

【代码】将文件中所有以"E=“开头的行替换为"E=1”

原创 bash 将文件a 中E= 中的替换成文件b中的值(b只有一个值)

bash 将文件a 中E= 中的替换成文件b中的值(b只有一个值)

原创 linux 行末添加内容

【代码】linux 行末添加内容。

原创 linux for循环实现变量中整数和浮点数的计算

【代码】linux for循环实现变量中整数和浮点数的计算。

原创 gnuplot绘制project band 气泡图（模板）

【代码】gnuplot绘制project band 气泡图（模板）

原创 Ubantu 局域网设置

ubantu 局域网连接（本程序可以让师弟妹在虚拟机装学习软件，避免在机群的错误操作而造成损失）

原创 MATLAB-wannier90_hr.dat后处理以及紧束缚能带拟合（原子规范）

MATLAB-wannier90_hr.dat后处理以及紧束缚能带拟合（晶体规范）一文中利用紧束缚晶体规范拟合了能带结构，现在用原子规范拟合。与晶体规范不同，原子规范要考虑 WF centre，在这里将 WF centre轨道坐标写入了rcart矩阵中，具体是将wannier90.wout中Final State 后面的WF centre轨道坐标写入了rcart中。当然晶体规范和原子规范画出的能带结构是一样的。