dicom文件转为mhd,raw文件

之前在网上找了一些dicom转mhd文件的代码,但是跑模型效果不好,我就在ITK-SNAP上可视化了一下结果。发现转mhd后,所有小于0的像素都被置为0了。
所以修改代码,放到下面。

import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

filesPath = r"E:\dataset\dcm\chenxiaodan"#放dcm文件

reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicomFiles = reader.GetGDCMSeriesFileNames(filesPath)

reader.SetFileNames(dicomFiles)
dicom = reader.Execute()
#image = sitk.GetArrayFromImage(dicom)  # z,y,x
SimpleITK.WriteImage(dicom,'mhd/1.mhd')#转好的文件保存到1.mhd中
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