r linux命令行参数,[R] 如何在Linux命令行进行参数传入？

以前由于R命令行传参不友好，经常嵌套在其他程序语言(如Perl/Python)中来进行传参，但现在也陆续有一些方式来实现R的传参了，这里简单罗列下。

方法一

最传统的方法就是使用系统自带的commandArgs函数，直接按位置顺序传入。这种方法简短、快速，适合个人使用。一般也能满足我们的需求了，但对于其他用户是不够友好的。

#test.R

args=commandArgs(T)

file=read.table(args[1])

...

#command line

$Rscript test.R file

方法二

使用getopt包，参数形式为：

getopt(

spec = NULL,

opt = commandArgs(TRUE),

command = get_Rscript_filename(),

usage = FALSE,

debug = FALSE

)

说明：

spec是一个4-5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。

第一列：参数的longname，多个字符。

第二列：参数的shortname，一个字符。

第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数 ；1代表必须有参数；2代表参数可选。

第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric

第五列：注释信息，可选。

应用示例：

library(getopt)

# 构建参数矩阵

library(getopt)

spec = matrix(c(

'verbose', 'v', 2, "integer",

'help' , 'h', 0, "logical",

'count' , 'c', 1, "integer",

'mean' , 'm', 1, "double",), byrow=TRUE, ncol=4)

#传参

opt = getopt(spec)

以我的数据作为例子，部分脚本如下：

library(getopt)

command=matrix(c("exp","e",1,"character",

"ko","k",1,"character",

"cazy","z",1,"character",

"cog","c",1,"character",

"help","h",0,"logical"),byrow=T,ncol=4)

args=getopt(command)

#帮助信息

if (!is.null(args$help) || is.null(args$exp) || is.null(args$ko) || is.null(args$cazy)|| is.null(args$cog)) {

cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))

q()

}

#读入参数

exp

ko

cazy

cog

......

命令行运行：

帮助

$Rscript getopt_test.R -h

Usage: getopt_test.R [-[-exp|e] ] [-[-ko|k] ] [-[-cazy|z] ] [-[-cog|c] ] [-[-help|h]]

运行

$ Rscript getopt_test.R --exp protein.xls --ko test.ko --cazy cazy.anno --cog protein2cog.xls

方法三

使用GetoptLong包。这是由大佬Zuguang Gu开发(就是开发ComplexHeatmap

和circlize的那位)，借用了Perl GetoptLong模块的传参形式，用法也几乎一样。

GetoptLong(..., help = TRUE, version = TRUE, envir = parent.frame(), argv_str = NULL,

head = NULL, foot = NULL, script_name = NULL)

#r script

library(GetoptLong)

cutoff = 0.05 #default

GetoptLong(

"number=i", "Number of items, integer, mandatory option",

"cutoff=f", "cutoff to filter results, optional, default (0.05)",

"verbose", "print messages"

)

#Then you can call the script from command line either by:

$ Rscript foo.R --number 4 --cutoff 0.01 --verbose

$Rscript foo.R -n 4 -c 0.01 -v

$ Rscript foo.R -n 4 --verbose

以我自己的数据为例。部分R脚本如下：

suppressMessages(library(GetoptLong))

suppressMessages(library(tidyverse))

GetoptLong(

"expression=s", "protein expression matrix",

"ko=s", "ko annotation outcome",

"cazy=s", "cazy annotation outcome",

"cog=s", "cog annotation outcome",

"verbose!","print messages"

)

#读入参数

exp

ko

cazy

cog

命令行运行会自动生成帮助文档。

$ Rscript test.R --help

Usage: Rscript function_summary.R [options]

--expression character

protein expression matrix

--ko character

ko annotation outcome

--cazy character

cazy annotation outcome

--cog character

cog annotation outcome

--verbose

print messages

--help

Print help message and exit.

--version

Print version information and exit.

长参传入：

$Rscript test.R --expression protein.xls --ko test.ko --cazy cazy.anno --cog protein2cog.xls

短参传入：

如果所有参数的首字母不同，用首字母即可；如果有些参数名称近似，则最好用多个字母，否则会辨别不了。

比如我这里的cog和cazy参数，首字母相同，明显不能都用c，我把其中一个改成大写的C也辨别不了；其中一个用一个首字母，另一个用两个首字母也不行。用co和ca就可以了。所以参数的名字一定要明显区分开来。

$ Rscript test.R -e protein.xls -k test.ko -c cazy.anno -C protein2cog.xls

Option c is ambiguous (cazy, cog)

Option c is ambiguous (cazy, cog)

Usage: Rscript test.R [options]

--expression character

protein expression matrix

--ko character

ko annotation outcome

--cazy character

cazy annotation outcome

--Cog character

cog annotation outcome

--verbose

print messages

--help

Print help message and exit.

--version

Print version information and exit.

这个就可以了

$ Rscript test.R -e protein.xls -k test.ko -ca cazy.anno -co protein2cog.xls