python main函数的意义及其常见写法

(1) main 函数的意义 通俗的理解__name__ == ‘main’:假如你叫小明.py,在朋友眼中,你是小明(name == ‘小明’);在你自己眼中,你是你自己(name == ‘main’)。 if name == 'main’的意思是:当.py文件被直接运行时,if name ==...

2019-05-11 05:31:25

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python 命令行参数解析 optparse usage

This is a reference for optparse The first part is sample codes and the second part is the specification of common parameter

2019-05-11 04:54:04

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如何查询相关基因及其相关的全部信息

https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl 在检索的过程中输入感兴趣的基因的缩写,即可出现与基因相关的很多信息

2019-01-23 21:02:03

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cBioPortal数据库使用

cBioPortal数据介绍 cBioPortal 提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具,帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识。cBioPortal 提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具,帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识。 cBioPortal 数据来源和分析选项来源于多...

2019-01-23 16:01:55

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查看感兴趣基因的表达量及其相关关系

问题来源: 探寻:NCR2 表达对GBM肿瘤芯片数据中cell-cycle 和 cytokines 通路基因的相关关系 通过KEGG.db 来下载KEGG相关通路的基因 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly...

2019-01-22 19:48:21

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KEGG 通路信息下载及其相关处理

KEGG数据下载 打开kegg官网: http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html 然后点击相应物种前面三个字母缩写位置进入下载界面: 然后点击相应的格式进行下载,我们最常用的下载格式是htext 下载到.keg 格式的文件 我下载的是人的...

2019-01-21 10:30:28

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Git

两种取得git项目仓库的方法,一种是在现有的目录下,导入所有文件来创建新的git仓库,第二种是从已有的git仓库克隆出一个新的镜像仓库来(在本地新建一个文件夹,在文件夹底下克隆)。 取得项目的git仓库 新建文件夹 git init git add file git add file git co...

2019-01-15 23:32:50

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linux 环境变量的修改

linux全局变量的修改 修改 /etc/profile 文件(需要root权限) (1) 查看当下PATH环境变量 echo $PATH (2) vim /etc/profile 在配置文件中加入一行 export PATH=$PATH:/(软件的路径名) (3) source /etc/...

2019-01-15 23:24:58

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R 中 三个排序函数的区分

x <- c(4,6,2) 1、 sort(x)是对向量x进行排序,返回值排序后的数值向量, 即(2,4,6)。 2、 rank()是求秩的函数,它的返回值是这个向量中对应元素的“排名” (2,3,1)。 3、 order()的返回值是对应“排名”的元素所在向量中的位置...

2018-10-31 22:06:51

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linux 用find 和 rm进行批量删除

find ./ -name _NA | xargs rm -rf 用 find 检索出相应文件(包括当下文件夹下面的文件也能一并检索出来), 然后将检索结果通过管道命令导向到参数 xargs 然后用rm命令进行删除, -rf为删除命令rm的参数, r表示递归删除,f表示不需要确认 也可以不用管...

2018-10-31 17:20:52

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轮廓系数

轮廓系数如何计算(图像来源于百度) a(i) :i向量到同一簇内其他点不相似程度的平均值 b(i) :i向量到其他簇的平均不相似程度的最小值 通过图可以知道轮廓系数的如何计算 可以用轮廓系数确定样本在聚类结果中的内聚度和分离度 ...

2018-10-22 19:02:37

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R语言 list注意事项

如果列表中间的某一元素没有输入,则将该元素自动保存为NULL a <- NULL a[[1]] <- matrix(1:12, ncol = 3) a[[3]] <- c("B",&q...

2018-10-21 21:48:02

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R语言 集合运算

R语言中的集合运算 A <- 1:10 B <- 1:5 C <- seq(2,8,2) #求A和B的交集 union(A,B) #求A和B的并集 intersect(A,B) #A-B setdiff(A,B) #B-A setd...

2018-10-21 20:08:52

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R语言 ConsensusClusterPlus 确定最佳K值

用PCA的方法确定最佳聚类数 M 为计算出共识矩阵 Fn = ecdf(M[lower.tri(M)]) 提取出共识矩阵下三角的数据,然后将用ecdf 方法生成拟合曲线 计算0.1到0.9之间的面积 面积最小值对应K为最佳K Kvec = 2:maxK x1 = 0.1; x2 = 0.9 # t...

2018-10-21 15:47:20

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R语言 NMF 如何自动判断最佳rank的数目

文章目录1. 用NMF示例方法产生默认的判断rank数的图片2. 提取cophenetic 数据3. 实现自动判断最佳rank值 1. 用NMF示例方法产生默认的判断rank数的图片 library(NMF) data("esGolub") esGolub &a...

2018-10-20 16:35:56

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R 生成列表的两种方式

第一种方法,直接用list() 函数生成列表 #method one a <- "my first list" b <- 1:3 c <- matrix(0, ncol=3,nrow=4) m...

2018-10-19 16:05:59

阅读数 581

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R语言 try() 错误识别

1.将可能会报错的命令行放到try()函数中,并将其赋值到一个变量名fit(可以是任意变量名)中 2.如果有错误,将fit将称为一个类型为“try-error”的变量 3.可以用R 'try-error' %in% class(fit)放置在if()函数中进行判断 4.try() 函数一般与nex...

2018-10-19 09:19:48

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聚类树的切割方法

文章目录 聚类树的切割方法在R语言中的实现 静态切割比较简单,现在主要谈动态切割 ##dynamicTreeCut 函数包的使用 这个包主要是探测层次聚类中的clusters 2.1 执行动态切割比较重要的包(“cutreeDynamic”) input : clutering tree...

2018-10-15 23:09:40

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R语言 Kmeans每次聚类结果不同的问题

问题阐述:同样的数据,同样的命令,重复运行命令时,发现每个cluster里面的个数都在变化 问题原因:k-means算法中起点是随机或者认为给定的,如果初始类中心发生改变,可能会导致结果改变 解决问题的方法: 1、把初始随机数进行固定 2、自己设定初始随机种子 R语言中代码实现 R里 kmeans...

2018-10-10 10:33:10

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R语言 生存分析

R语言对生存分析的处理 用R语言,对生存分析数据进行整理,按照相应格式进行输出 题目要求:

2018-10-05 19:36:41

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