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Release notes - GROMACS 2020 documentationmanual.gromacs.org主要特色
GROMACS 2020已于2020年1月1日发布。此后可能已发布补丁程序,请使用更新的版本。以下列出一些主要特色。
无论是否启用GPU,都进行了一些性能改进,默认情况下全部启用并自动启用。另外,有几个新功能可用于运行模拟,包括:
- 密度引导的模拟允许将原子“拟合”到三维密度图中。
- 包含了gmxapi 0.1,一个用于管理复杂模拟、数据流和pluggable分子动力学扩展代码的API和用户界面。
- 可以从单个对象构建的新模块化模拟器,描述每个模拟步骤发生的不同计算。
- 现在,Parrinello-Rahman压浴也可用于md-vv integrator。
- 在单个CUDA兼容GPU上运行几乎整个仿真步骤,以支持受支持的模拟类型,包括坐标更新和约束计算。
新功能和新特性
密度引导的模拟
用户现在可以根据三维参考密度施加附加力。通过增加模拟密度与参考密度的相似性,可以使用这些力将原子“拟合”到密度中。
可以使用多种协议来计算模拟密度,以及如何评估参考值和模拟密度之间的相似性。
穿过两个原子的直线上的固定距离的虚拟位点
这对于例如CHARMM力场中的卤素很有用。
gmxapi Python支持
现在,当用户安装gmxapi Python软件包时,默认的GROMACS安装中将提供来自Python的数据流驱动的仿真和分析。请参阅gmxapi Python软件包。
新的模块化模拟器