第一种方式,当然是R自带的函数直接安装包了,这个是最简单的,而且不需要考虑各种包之间的依赖关系。
对普通的R包,直接install.packages()即可,一般下载不了都是包的名字打错了,或者是R的版本不够,如果下载了安装不了,一般是依赖包没弄好,或者你的电脑缺少一些库文件,如果实在是找不到或者下载慢,一般就用repos=来切换一些镜像。
install.packages("ape") ##直接输入包名字即可
对于bioconductor的包,我们一般是
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##安装BiocInstaller
options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/“) 如果需要切换镜像
biocLite("ggbio")
或者直接BiocInstaller::biocLite('ggbio') ## 前提是你已经安装好了BiocInstaller
某些时候你还需要卸载remove.packages("BiocInstaller") 然后安装新的
如果是3.5和以上的版本,需要使用BiocManager
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask=F,update=F)
备注:起初是下载R包无法联网,所以失败,根据我们的经验当然是options(download.file.method = ‘libcurl’