如何在linux中下载R或者更新R

一、问题阐述

package ‘Seurat’ was built under R version 4.3.3Loading required package: SeuratObject
Error: This is R 4.0.4, package ‘SeuratObject’ needs >= 4.1.0

当你在rstudio中出现这样的报错时，意味着你需要更新你的R 的版本了。

二、解决方法

1.提前准备好conda的R单独环境

conda env list #查看已有环境

conda create -n R4.3.3

conda activate R4.3.3

发现原来已经有安装过R ，只是R的版本过低了。

小问题，我们重新安装即可。

2. 进入环境后，多添加一些conda channel

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

channel少的话，r-base种类少

conda search r-base

3.选择一款适合的版本

不能说要最新的版本，看是否合适。

我选的是4.3.3版本的。

conda install r-base=4.3.3
which -a R

将自己刚才安装的R绝对路径添加到.bashrc中的环境变量中$PATH，也可以加alias。