厚墨网络书源网址导入_被中药网络药理学折磨到头秃？这一招让你轻松摆脱困扰！...

01中药网络药理学简介

基本概念：中药网络药理学是基于系统生物学的理论，对生物系统的网络分析，选取特定信号节点进行多靶点药物分子设计的新学科，中药网络药理学是形式所迫、大势所趋，寻找适合中医药体系研究的模式和方法是中医药现代化发展的关键。

中药网络药理学分析的作用：

02中药有效成分和靶点

TCMSP : Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform

网址：http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php

TCMSP是一个独特的中草药系统药理学平台，捕捉药物、靶点和疾病之间的关系。该数据库包括化学品、靶标和药物靶标网络，以及相关的药物靶标-疾病网络，以及涉及口服生物利用度、药物相似性、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等天然化合物的药代动力学特性。这一突破引发了人们对在各种中药中寻找候选药物的新兴趣。

①搜索关键词“黄连”，查找黄连的有效成分和靶点信息

②点击“黄连”对应的拉丁名进入

③进入“ingredients”条目

④筛选OB>30%，DL>0.18的成分

⑤复制表格信息到Excel，保存为文件名“ingredients”，文件类型为文本文件。

⑥进入“Related Targets”条目，复制所有信息到Excel，保存文件名为“targets”，文件类型为文本文件。

⑦运行getTargets.pl脚本，得到有效成分对应的靶基因。运行后自动生成文件“targetName”。

⑧运行addSymbol.pl脚本（unipro.tsv为转化gene symbol的参考文件），将targetName中的基因详名转化为gene symbol。运行后自动生成文件“targetSymbol”。

03疾病靶点

①通过GeneCards获取疾病靶点，注意要先注册，搜索“gastritis”关键词，获取胃癌相关基因

网址：https://www.genecards.org/

②点击Export下载Excel表格，得到GeneCards-Search Results文件

③进入OMIM获取胃癌有关基因，输入关键词“gastric”，选择gene Map进行搜索。

网址：https://omim.org/

④点击“Download As”下载Excel文件，得到Gene-Map-Search文件。

⑤将targetSymbol文件中的基因名复制到一个新的Excel表格里，保存文件名为“Drug”，文件类型为文本文件。

⑥将GeneCards-SearchResults和Gene-Map-Search文件中的基因名复制到一个新的Excel表格里，保存文件名为“Disease”，文件类型为文本文件。

03中药网络药理学可视化

①把venny.R在R studio中打开，更改路径，运行脚本得到Drug_Disease的文本文件和韦恩图。

②运行prepareCyto.pl脚本，得到molLists、network、type三个文本文件。如果要更改药物名和疾病名称，可以用记事本打开prepareCyto.pl脚本，对名称进行更改。

③打开CytoScape软件，对中药网络药理学可视化。

④点击File-Import-Network-File导入network文件

⑤弹出的页面中按照顺序选择标签类型

⑥点击File-Import-Table-File导入type文件

⑦点击Select-Nodes-From ID List File选取Drug_Disease文件，就可以选取基因进行后续操作。

⑧点击Layout-Attribute Circle Layout-Select Nodes Only-name把选取的基因排列成环状。

⑨点击Select-Nodes-From ID List File选取molLists文件，就可以选取中药有效成分进行后续操作。

⑩点击Layout-Attribute Circle Layout-Select Nodes Only-name把选取的中药有效成分排列成环状。

⑪点击Style-Fill Color对网络图的颜色进行调整，Column选择type，Mapping type选择Discrete Mapping，然后再分别选取颜色。

⑫点击Style-Shape对网络图的形状进行调整，Column选择type，Mapping type选择Discrete Mapping，然后再分别选取形状。

⑬点击其他选项对网络图的其他部分进行调整，Column选择type，Mapping type选择Discrete Mapping，然后再分别选取调整，最后效果如图。选择File-Export as Image可以保存图片

以上实用内容来源于课程

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