python运行mcmc为何老出错_为什么我的metropolis算法(mcmc)的python实现这么慢?

我回答了similar question previously。我在这里提到的很多东西(不计算每次迭代的当前可能性,预先计算随机创新等等)都可以在这里使用。在

实现的其他改进是不使用列表来存储示例。相反,您应该为样本预先分配内存,并将它们存储为数组。类似samples = np.zeros(n_samples)的方法比在每次迭代时追加到列表中更有效。在

你已经提到你试图通过不记录老化样本来提高效率。这是个好主意。您也可以通过只记录每m个样本来完成类似的细化操作,因为无论如何,您在return语句中使用np.array(sample_list)[::m]丢弃这些样本。你可以通过改变:# do not add burn-in samples

if n_sampled > burn_in:

sample_list.append(z)

^{pr2}$

还值得注意的是,您不需要计算min(1, p(cand) / p(z)),只需计算p(cand) / p(z),就可以逃脱惩罚。我意识到形式上min是必要的(以确保概率在0和1之间有界)。但是,计算上,我们不需要最小值,因为如果p(cand) / p(z) > 1,那么{}总是大于u。在

把这一切放在一起,并预先计算随机创新,接受概率u,只有在你真的需要我想出的时候才计算可能性:def my_Metropolis_Gaussian(p, z0, sigma, n_samples=100, burn_in=0, m=1):

# Pre-allocate memory for samples (much more efficient than using append)

samples = np.

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完整版:https://download.csdn.net/download/qq_27595745/89522468 【课程大纲】 1-1 什么是java 1-2 认识java语言 1-3 java平台的体系结构 1-4 java SE环境安装和配置 2-1 java程序简介 2-2 计算机中的程序 2-3 java程序 2-4 java类库组织结构和文档 2-5 java虚拟机简介 2-6 java的垃圾回收器 2-7 java上机练习 3-1 java语言基础入门 3-2 数据的分类 3-3 标识符、关键字和常量 3-4 运算符 3-5 表达式 3-6 顺序结构和选择结构 3-7 循环语句 3-8 跳转语句 3-9 MyEclipse工具介绍 3-10 java基础知识章节练习 4-1 一维数组 4-2 数组应用 4-3 多维数组 4-4 排序算法 4-5 增强for循环 4-6 数组和排序算法章节练习 5-0 抽象和封装 5-1 面向过程的设计思想 5-2 面向对象的设计思想 5-3 抽象 5-4 封装 5-5 属性 5-6 方法的定义 5-7 this关键字 5-8 javaBean 5-9 包 package 5-10 抽象和封装章节练习 6-0 继承和多态 6-1 继承 6-2 object类 6-3 多态 6-4 访问修饰符 6-5 static修饰符 6-6 final修饰符 6-7 abstract修饰符 6-8 接口 6-9 继承和多态 章节练习 7-1 面向对象的分析与设计简介 7-2 对象模型建立 7-3 类之间的关系 7-4 软件的可维护与复用设计原则 7-5 面向对象的设计与分析 章节练习 8-1 内部类与包装器 8-2 对象包装器 8-3 装箱和拆箱 8-4 练习题 9-1 常用类介绍 9-2 StringBuffer和String Builder类 9-3 Rintime类的使用 9-4 日期类简介 9-5 java程序国际化的实现 9-6 Random类和Math类 9-7 枚举 9-8 练习题 10-1 java异常处理 10-2 认识异常 10-3 使用try和catch捕获异常 10-4 使用throw和throws引发异常 10-5 finally关键字 10-6 getMessage和printStackTrace方法 10-7 异常分类 10-8 自定义异常类 10-9 练习题 11-1 Java集合框架和泛型机制 11-2 Collection接口 11-3 Set接口实现类 11-4 List接口实现类 11-5 Map接口 11-6 Collections类 11-7 泛型概述 11-8 练习题 12-1 多线程 12-2 线程的生命周期 12-3 线程的调度和优先级 12-4 线程的同步 12-5 集合类的同步问题 12-6 用Timer类调度任务 12-7 练习题 13-1 Java IO 13-2 Java IO原理 13-3 流类的结构 13-4 文件流 13-5 缓冲流 13-6 转换流 13-7 数据流 13-8 打印流 13-9 对象流 13-10 随机存取文件流 13-11 zip文件流 13-12 练习题 14-1 图形用户界面设计 14-2 事件处理机制 14-3 AWT常用组件 14-4 swing简介 14-5 可视化开发swing组件 14-6 声音的播放和处理 14-7 2D图形的绘制 14-8 练习题 15-1 反射 15-2 使用Java反射机制 15-3 反射与动态代理 15-4 练习题 16-1 Java标注 16-2 JDK内置的基本标注类型 16-3 自定义标注类型 16-4 对标注进行标注 16-5 利用反射获取标注信息 16-6 练习题 17-1 顶目实战1-单机版五子棋游戏 17-2 总体设计 17-3 代码实现 17-4 程序的运行与发布 17-5 手动生成可执行JAR文件 17-6 练习题 18-1 Java数据库编程 18-2 JDBC类和接口 18-3 JDBC操作SQL 18-4 JDBC基本示例 18-5 JDBC应用示例 18-6 练习题 19-1 。。。

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