使用KAAS做KEGG注释
标签: KEGG, RNAseq, bioinformatics
什么是KEGG
中文名: 京都基因与基因组百科全书
外文名: koyto Encyclopedia of Genes and Genomes
简介
准备工作
蛋白质序列 cottonFGD提供各个棉种的protein sequence
自己的邮箱
步骤
对于已知基因组的物种进行全基因组的KEGG注释选择Complete or Draft Genome选项中的KAAS job request(BBH-method).BBH-method表示bi-directional best hit,双向的匹配,准确率更高。
KAAS主页
比对方法有三种:BLAST,GHOSTX,GHOSTZ,各有各的优缺点,其中BLAST结果更加准确,但是好像对输入的数据大小有要求,如果条目太多返回邮件会提示删减条目,可以输入的数据可以是核酸序列也可以是蛋白序列。在query name地方可以自己命名这次注释工作。 然后填写自己的邮箱
方法选择及数据输入