本文介绍了如何在Linux环境下利用KAAS(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Automatic Annotation Server)进行KEGG注释。内容包括KEGG的基本概念，KAAS的使用步骤，如选择比对方法、设定数据集、手动选择参考物种，以及如何查看和解析注释结果。特别强调了在植物研究中选择合适背景物种的重要性。
使用KAAS做KEGG注释
标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics
什么是KEGG
中文名: 京都基因与基因组百科全书
外文名: koyto Encyclopedia of Genes and Genomes
简介
准备工作
蛋白质序列 cottonFGD提供各个棉种的protein sequence
自己的邮箱
步骤
对于已知基因组的物种进行全基因组的KEGG注释选择Complete or Draft Genome选项中的KAAS job request(BBH-method).BBH-method表示bi-directional best hit,双向的匹配，准确率更高。
KAAS主页
比对方法有三种：BLAST，GHOSTX，GHOSTZ，各有各的优缺点，其中BLAST结果更加准确，但是好像对输入的数据大小有要求，如果条目太多返回邮件会提示删减条目，可以输入的数据可以是核酸序列也可以是蛋白序列。在query name地方可以自己命名这次注释工作。 然后填写自己的邮箱
方法选择及数据输入
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