我做了一个脚本来优化结构的特定部分。(科学术语,您可以忽略它)但是脚本的主要目的是优化,在这两个步骤中,optimize()和refine()函数花费了大量时间,在我的本地系统中,它只使用了4个CPU中的一个CPU,但我想让这个脚本使用所有4个CPU(尤其是对于这两个函数optimize()和refine())。在
我不太了解多处理/多核,但我仍然使用多处理模块,但它不能使用所有的CPU。因此,如果有人知道如何实现python脚本在所有可用的多CPU上运行,可以给我一些建议,这将非常有帮助。在
我的剧本:import sys
import os
from modeller import *
from modeller.optimizers import molecular_dynamics,conjugate_gradients
from modeller.automodel import autosched
def optimize(atmsel, sched):
for step in sched:
step.optimize(atmsel, max_iterations=200, min_atom_shift=0.001)
refine(atmsel)
cg = conjugate_gradients()
cg.optimize(atmsel, max_iterations=200, min_atom_shift=0.001)
def refine(atmsel):
md = molecular_dynamics(cap_atom_shift=0.39, md_time_step=4.0,
md_r