python boxplot 分组_Python也可以画boxplot

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写在前面

我知道大多数生物信息工作者是使用R来作图的，R语言有丰富的package和友好的可视化界面，方便快捷，易于上手。

但是因为工作需要，我一直是使用windows连接到linux平台的服务器处理数据，一般使用python对文本数据进行前期的处理，输出的结果都是保存在服务器上，如果要作图，需要把文件下载下来再用R编辑，就觉得有些麻烦。

于是最开始我就考虑是否有python的替代方案，然后发现python其实也有专门绘图的模块matplotlib等。

所以现在我用python的pandas、scipy模块处理数据，用它的matplotlib、seaborn模块作图，直接就可以在服务器上输出需要的图片。

那话不多说，今天我先给大家介绍下python下boxplot的作图，大家可以了解下它和R有啥不同(可能比R的操作要复杂一些，见谅见谅)。

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简单boxplot

python下我用的最多的应该是matplotlib

它自带有boxplot函数

这里先以经典的鸢尾花iris.csv数据来作图。

数据为5列150行矩阵，5列中包含4个特征：

萼片长宽(SepalLength、SepalWidth)

花瓣长宽(PetalLength、PetalWidth)

以及最后一列花名(Name；三种花 'Iris-setosa' 'Iris-versicolor' 'Iris-virginica')。

import pandas as pd #导入二维数组操作模块pandasdata = pd.read_csv('iris.csv') #导入数据print(data.head()) #打印数据前五行，结构如下：          SepalLength  SepalWidth  PetalLength  PetalWidth            Name0            5.1         3.5          1.4         0.2     Iris-setosa1            4.9         3.0          1.4         0.2     Iris-setosa2            4.7         3.2          1.3         0.2     Iris-setosa3            4.6         3.1          1.5         0.2     Iris-setosa4            5.0         3.6          1.4         0.2     Iris-setosa