R语言用shell语句执行exe文件

在做项目的过程中，要实现这样一个目标:每执行一次exe文件就修改一次txt文件里的参数值。

纠结了很久，开始还打算用批处理来做，后来发现了shell语句能执行exe文件

代码如下:

#格式转换，转换成,分隔的txt文件
for(i in 1:9){
  mark_text=paste("0.05HER0.2MAF_EDM-1_00",i,sep = "")
  mydata<- read.table(paste("E:\\qq\\MobileFile\\要跑的4个数据\\0.05HER0.2MAF_EDM-1\\",mark_text,".txt",sep = ""), header=TRUE)
  write.table(mydata,append = FALSE,file = paste("E:\\三个需要比较的工具\\MACOED\\test_",i,".txt",sep=""), row.names = F,quote = F,sep = ",")
}
for(i