后缀数组(SuffixArray)

在做Usaco_1_3_Calf Flac一题时用到了后缀数组，自己写了一个，构造时间为O(N*lgN)，访问时间为O(1)，相关文件如下(包含代码、论文等):

 SuffixArray

注意，代码是j#，需用.net2005打开

 

 

SuffixArray
package SDJL.SuffixArray;

import java.io.*;
import java.util.*;
import SDJL.RMQ.*;

public class SuffixArray
{
    private char[] datas;//存放字符串数据
    private int[] position;//position[3]=5表示第3名的后缀数组开头位置为5
    private int[] rank;//position的反函数，rank[5]=3表示开头位置为5的后缀数组名次等于3
    private RMQ height;//为什么用height? 我也不知道，看论文，height[i]表示第i名与第i-1名后缀串的lcp
    private int length;//数组的长度
    private int k;//用来计算k前缀名次数组与后缀数组
    
    public SuffixArray(char[] datas)
    {
        this.datas = datas;
        this.length = datas.length;

        computePosAndRank();
        computeHeight();
    }

    //O(1)
    //获得suffix(firstIndex)与suffix(secondIndex)的lcp
    public int getLCP(int firstIndex, int secondIndex)
    {
        int lcp;
        if (firstIndex == secondIndex)
        {
            lcp = this.length - firstIndex;
        }
        else
        {
            int minRank = Math.min(this.rank[firstIndex], this.rank[secondIndex]);
            int maxRank = Math.max(this.rank[firstIndex], this.rank[secondIndex]);
            lcp = this.height.getMinimum(minRank + 1, maxRank);
        }
        return lcp;
    }

    public char getData(int index)
    {
        return this.datas[index];
    }
    
    //根据位置position获得suffix(position)的名次
    public int getRank(int position)
    {
        return this.rank[position];
    }

    //根据名次rank获得第rank名的位置
    public int getPosition(int rank)
    {
        return this.position[rank];
    }

    // O(N*logN)
    //计算位置数组与后缀数组
    private void computePosAndRank()
    {
        this.position = new int[this.length];
        this.rank = new int[this.length];
        
        //计算1前缀名次数组
        computeRank_1();
        //用1前缀名次数组计算1前缀位置数组
        computePos_1ByRank_1();

        //依次计算2、4、8……名次数组与后缀数组
        k = 1;
        while (k < this.length)
        {
            computePos_2kByRank_k();
            computeRank_2kByPos_2kAndRank_k();
            k += k;
        }
    }

    //O(N)
    //用k前缀名次数组计算2k前缀位置数组
    private void computePos_2kByRank_k()
    {
        //计数排序中用于统计每个比较值出现的次数，与统计小于等于某个数的比较值出现的次数
        int[] c = new int[this.length];
        //计数排序中保存已排序的值
        int[] b = new int[this.length];
        //由于基数排序中需要用到两次计数排序，而第一次计数排序时由于被排序值的位置改变，
        //比较值的位置也随着改变，因此需要使用newRank[]来保存新的比较值，用于第二次计数排序
        int[] newRank = new int[this.length];

        //===============开始第一次计数排序==============

        //在计算2k前缀名次数组时，最后k个后缀的名次必然是唯一的，因此第一次计数排序时可以不用对这k个后缀排序，
        //但是我们需要把这k个后缀放在“名次”的前面（考虑排序“acc”，k=2），且需要同时移动比较数据
        for (int i = 0; i < this.k; i++)
        {
            this.position[i] = this.length - this.k + i;
        }
        System.arraycopy(this.rank, this.length - this.k, newRank, 0, this.k);

        //注意,从第０个后缀数组开始名次分别为k、k+1、k+2……，因此如下初始化被排序值
        for (int i = this.k; i < length; i++)
        {
            this.position[i] = i - this.k;
        }

        //置c[]为0，开始统计比较值出现的次数
        Arrays.fill(c, 0);        
        for (int i = 0; i < this.length - this.k; i++)
        {
            c[this.rank[i+k]]++;
        }

        //统计小于等于某个值的比较值个数
        for (int i = 1; i < this.length; i++)
        {
            c[i] = c[i] + c[i - 1];
        }

        //开始第一次计数排序，对前length - k 个后缀从最后一个开始放到指定位置
        for (int i = this.length - 1 - this.k; i >= 0; i--)
        {
            //this.rank[i + k]表示第i个被排序值对应的比较值
            //c[this.rank[i + k]]表示小于等于这个比较值的个数
            //c[this.rank[i + k]] - 1 + k，因为我们把前k个位置留给了最后k个后缀，因此需要加上偏移量k，因为从0开始计数，所以保存的位置减1
            //b[c[this.rank[i + k]] - 1 + k]就是因该被放置的地方
            //this.position[i + k]为第i个被排序值
            b[c[this.rank[i + this.k]] - 1 + this.k] = this.position[i + this.k];
            //保存新的比较值，this.rank[i]为下一次计数排序时第i个被排序值对应的比较值
            newRank[c[this.rank[i + this.k]] - 1 + this.k] = this.rank[i];
            //出现次数减1，以便下一次出现相同被比较值时放在前面一个位置
            c[this.rank[i + this.k]]--;
        }

        //更新position为已排序值
        System.arraycopy(b, this.k, this.position, this.k, this.length - this.k);


        //==========开始第二次计数排序=============
        
        //初始化比较值出现的次数
        Arrays.fill(c, 0);
        //统计比较值出现的次数
        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            c[newRank[i]]++;
        }
        //统计小于等于某个数的比较值出现次数
        for (int i = 1; i < this.length; i++)
        {
            c[i] = c[i] + c[i - 1];
        }
        //依次放置被排序值
        for (int i = this.length - 1; i >= 0; i--)
        {
            b[c[newRank[i]] - 1] = this.position[i];
            c[newRank[i]]--;
        }
        //更新位置数组
        this.position = b;
    }

    //O(N*logN)
    //计算1前缀名次数组
    private void computeRank_1()
    {
        //构造1前缀后缀数组，然后排序
        charWithSatelliteData[] suffixArray = new charWithSatelliteData[this.length];
        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            suffixArray[i] = new charWithSatelliteData(this.datas[i], i);
        }
        Arrays.sort(suffixArray);
        
        //计算名次，为了使得相同的字符拥有相同的名次，所以应用 _rank
        int _rank = 0;//目前出现的名次
        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            //遇到新字符时更新名次
            if (i > 0 && suffixArray[i].c != suffixArray[i - 1].c)
            {
                _rank = i;
            }
            this.rank[suffixArray[i].position] = _rank;
        }
    }
    
    //O(N)
    //用位置数组与名次数组计算新的名次数组
    private void computeRank_2kByPos_2kAndRank_k()
    {
        //为了让相同的后缀数组拥有相同的名次，所以使用_rank，使用方法类似computeRank_1()
        int _rank = 0;//目前出现的名次
        int[] newRank = new int[this.length];

        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            //if suffix(position[i]) != suffix(position[i-1]) and suffix(position[i]+k) != suffix(position[i-1]+k)
            //equal to rank[position[i]] != rank[position[i-1]] and rank[position[i]+k] != rank[position[i-1]+k]
            //where position[i-1] + k > length , suffix(position[i-1]) is distinct
            if ( 
                (i > 0) 
                && (
                    (this.rank[this.position[i]] != this.rank[this.position[i - 1]])
                    || (this.position[i - 1] + this.k >= this.length) 
                    || (this.rank[this.position[i] + this.k] != this.rank[this.position[i - 1] + this.k])
                    )
                )
            {
                _rank = i;
            }
            newRank[this.position[i]] = _rank;
        }
        this.rank = newRank;
    }

    //O(N)
    //用1前缀名次数组计算1前缀位置数组
    //这个方法也可以用k前缀名次数组计算k前缀位置数组
    private void computePos_1ByRank_1()
    {
        //因为相同的名次要分配不同的位置，所以使用rankCount[]
        int rankCount[] = new int[this.length];
        Arrays.fill(rankCount, 0);
        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            this.position[this.rank[i] + rankCount[this.rank[i]]] = i;
            rankCount[this.rank[i]]++;
        }
    }

    //call after computePosAndRank()
    private void computeHeight()
    {
        int[] h = new int[this.length];//h[i]表示suffix(i)与比它小一个名次的后缀字符串的lcp
        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            if (this.rank[i] == 0)
            {
                h[i] = 0;
            }
            else if ((i == 0) || (h[i-1] <= 1))
            {
                h[i] = getSameLength(i, this.position[this.rank[i] - 1]);
            }
            else
            {
                h[i] = h[i - 1] - 1 + getSameLength(i + h[i - 1] - 1, this.position[this.rank[i] - 1] + h[i - 1] - 1);
            }
        }

        int[] tmpHeight = new int[this.length];
        for (int i = 0; i < this.length; i++)
        {
            tmpHeight[i] = h[this.position[i]];
        }

        this.height = new RMQ(tmpHeight);
    }

    //通过逐渐比较获得suffix(firstIndex)与suffix(secondIndex)的lcp
    private int getSameLength(int firstIndex, int secondIndex)
    {
        int sameLength = 0;
        while ((firstIndex < this.length) && (secondIndex < this.length) && (this.datas[firstIndex] == this.datas[secondIndex]))
        {
            sameLength++;
            firstIndex++;
            secondIndex++;
        }
        return sameLength;
    }

    
}



//此class用于计算1前缀名次数组时的排序，c为后缀，position为后缀的位置
class charWithSatelliteData implements Comparable
{
    public char c;
    public int position;

    public charWithSatelliteData(char c, int position)
    {
        this.c = c;
        this.position = position;
    }

    public int compareTo(Object arg0)
    {
        charWithSatelliteData arg = (charWithSatelliteData)arg0;
        if (this.c > arg.c)
        {
            return 1;
        }
        else if (this.c == arg.c)
        {
            return 0;
        }
        else
        {
            return -1;
        }        
    }
}

 

 

 

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