位势函数matlab,关于势函数的求助 - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区

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为什么要定义参数化流程？因为你拟合键参数的时候也要有非键参数，但非键参数这个时候还没有，这就需要你预设初始非键参数，通常是从其它相关的力场中取；当你拟合外非键参数后，使用初始非键参数得到的键参数还能hold住吗？未必，所以需要从头再来，这是个自洽过程；

此外，一般从量子化学计算结果得到电荷参数，它是非键参数，却要一开始就定义。因为静电作用是分子间相互作用的主要部分，它的选取几乎是多数体系力场成败之关键。又因为量子化学计算电荷有很多种方法，Mulliken change, ESP charge, NBO charge, AIM charge，各种方法得到的电荷差别很大，你怎么办？通常是以分子dipole moment作为选取标准。可是，你的力场一般是用在凝聚态的，即溶液或固体状态，而你的量子化学计算是气态的，介电常数不同，极化率不同，电荷分布可能产生明显差别，你怎么办？

量子化学拟合键参数，需要计算那些信息？通常是基态能量最低点的结构，能量，二阶导(振动频率)；可旋转基团的旋转势能面，势能面上的一阶导(受力)等4大类信息。

非键包括静电作用和范德华。实验数据拟合非键，需要哪些信息？通常是几何结构和热力学结合能两方面的成对的信息：比如晶体的几何结构和结合能(升华焓)；液体的密度和蒸发焓。

此外，如果要考虑参数的状态可迁移性，就要考虑选取不同温度点下的密度进行拟合，以再现体积膨胀性质。该类性质属于热力学能量对体积的一级展开，那还有多级展开。。。恩，调校参数预测固体膨胀随压力变化的多级展开系数，俺简单涉猎过。

最后，如果要考虑非键参数的化学环境可迁移性，就要仔细定义原子类型和训练基。训练基是你用来拟合参数，进行量子化学计算，和选取实验数据的所包含的分子/物质种类。对非键参数，因为实验数据往往少于待拟合参数，这是个多解问题，超定方程，你必须选取方案，来说明你为什么降低这个而增大那个。如何减少变量个数？要不干脆不变动范德华参数，直接使用Jorgensen老人家千锤百炼，百试成精的OPLS参数。AMBER, CHARMM基本都是基于那一套参数的，然后稍微变动一下电荷参数。

其实每个做力场的课题组都有自己拟合参数的软件。但很少流出来。MS中的Gulp支持从晶体数据拟合非键参数。但我没用过。

最完善的分子力场开发软件是上海交大孙淮教授开发的DFF。

http://www.aeontechnology.com/Product_DFF.php

DFF是商业软件。需要购买使用。也没有见过盗版下载。

此外，

ForceFit: a code to fit classical force fields to quantum mechanical potential energy surfaces.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20340109

可以从A E Clark教授课题组网页download

http://aclark.chem.wsu.edu/software

这个不太完善，我编译都没有通过。

最后，支持拟合的数学软件，matlab, mathmetica都可以。只不过需要写一些script。

我只是提出一些可能遇到的问题。不用被这些问题绊住。实际模拟当中需要补充一些参数，只要不是金属配位键，都比较简单，范德华直接取OPLS，静电直接取量化计算的ESP， 键参数稍微麻烦点，参数太多，就需要使用自动拟合工具。但是如果涉及到的键不多的话，只有1～2根，又不是环，而且振动性质对你的体系影响不大的话，力常数在50～300之间估摸着选取一下，r0在平衡键长周围调调，然后做优化，跟量化结果比较，差不多就得了。这叫trial by error方法。键参数，比如键长可能对密度构成一点影响，所以参数调完后，需要做一些模拟，预测一下密度和蒸发焓。看看合理不。

[Last edited by ChemiAndy on 2011-10-29 at 18:12]，