python文本处理---fasta文件提取指定ID的序列

利用python脚本,提取指定ID名称的序列

#!/usr/bin/python3
#-*- coding:utf-8 -*-
#提取指定ID的序列

import sys
args=sys.argv
fr=open(args[1], 'r')
fw=open('./out.fasta', 'w')
dict={}
for line in fr:
    if line.startswith('>'):
        name=line.split()[0]
        dict[name]=''
    else:
        dict[name]+=line.replace('\n','')
fr.close()
for ID in dict.keys():
    if ID ==args[2]:
        fw.write(ID)
        fw.write('\n')
        fw.write(dict[ID])
fw.write('\n')
fw.write(str((dict[ID].count('G')+dict[ID].count('C'))/len(dict[ID]))) #计算指定序列中的GC含量 fw.close()

用法:python3 filename 'ID_name'
输出的结果保存在文件:out.fasta中

转载于:https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/8027494.html

  • 3
    点赞
  • 21
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值