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RSS订阅原创 多部位样本联合代谢组学共有与特有代谢产物组合热图
拿到了瘤胃液、血液、牛奶的代谢组学结果，想找出这几种体液之间差异代谢物的关联，偶然在师妹那里看到了下面这个图，描述的是两组间差异脂质类代谢物在三种体液内的分布与代谢组鉴定强度，用这样一种组合热图的方式展现，包含了每种体液包含差异代谢物的种类、差异代谢物在组间的鉴定强度、差异代谢物的分类，以及能看出共有、特有以及流向分布等信息，不只是代谢组学，同理可运用到其他多组织部位的联合组学。下面用我自己的数据描述复刻过程。more。
2024-01-02 22:18:13
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原创 基于R和gephi做宏基因组与代谢组等多组学联合network相关性网络图
拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联，比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。需求是对多组学进行关联分析，直到最近看到不少文章里利用Gephi将相关性表格进行可视化的图，效果还不错，于是写个过程记录自用。这里演示的是属水平的差异菌群相对丰度（宏基因组结果）与代谢组鉴定到的差异代谢物进行关联。先是计算相关性生成graphml格式文件使用Gephi软件进行可视化。
2023-10-12 09:34:48
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原创 基于R的linkET包qcorrplot可视化Mantel test相关性网络热图分析correlation heatmap
需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析，效果图如下：逗号分隔的csv格式文件，两个表格，一个是每个样本对应的表观指标数据，另一个是每个样本对应的菌群丰度，我这里用的是genus水平如果报错R版本有问题装不上（我的4.3.1版本R出现了这个报错）请尝试：
2023-09-26 16:09:25
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原创 宏基因组做在线组间差异Anosim分析与结果解读
需求是返回的结果每组样本数量比较多，但组间差异不明显，挑出来重分析。详情请参考 [组间差异分析：Anosim]([)， 当然亲测更简便的方法可以借助。
2023-09-24 09:19:40
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原创 基于R做宏基因组进化树+丰度柱状图TreeBar带聚类树的堆叠柱形图
画TreeBar，重分析需要所以自己找了各路代码借鉴学习，详情请参考。
2023-09-24 09:16:46
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原创 基于R做宏基因组的进化树ClusterTree分析
同上一篇的PCoA分析，这个也是基于公司结果基础上的再次分析，重新挑选样本，在公司结果提供的csv结果表上进行删减，本地重新分析作图。
2023-08-11 09:15:20
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原创 代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图
分析代谢组数据，网站在线制作不同组差异代谢物的高级Venn图之UpSet图，用于比较数据集直之间的交集关系
2023-03-26 16:28:23
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原创 PC端微信更新至3.7.0版文件保存至MsgAttach文件夹乱码问题解决
因为微信升级到3.7.0，发现了一个微信文件接收到本地储存地址到MsgAttach文件夹乱码的bug，这里找到方法实测解决
2022-06-14 09:48:45
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原创 绘制包含Fold Change的差异代谢产物HMDB（KEGG）分类图
针对代谢组学结果，根据KEGG或者HMDB分类绘制包含Fold Change变化的差异代谢产物分类图，使用到的软件包括excel、graphpad、AI等。
2022-03-29 21:03:56
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原创 BODIPY脂滴染色流式荧光检测-Beckman流式仪-Summit流式数据分析软件
探究在添加物刺激下BMEC细胞脂滴分泌的变化情况，使用BODIPY染料进行脂滴染色，Beckman公司流式仪器检测，配套summit软件处理
2022-03-29 17:47:36
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原创 Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图
将实验样本的代谢组进行数据可视化，利用Echarts绘制差异代谢产物分类与HMDB化学分类的旭日图
2022-01-06 11:20:21
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原创 搭建hexo博客修改设置网页图标icon失败的解决方法
问题描述基于hexo新搭建好的个人博客想更换网页图标的icon期望达到的效果更换前：更换后：背景我用的chrome浏览器，使用的是yilia主题，参考 前端 | hexo+yilia博客主题设置网页ico小图标 设置后一直不成功尝试的的解决途径直接去根目录下的/blog/_config.yml添加修改favicon，失败更改icon图片存放位置，并在主题/themes/yilia/_config.yml文件中修改对应路径，失败去/blog/public/index.hmtl下F12
2022-01-06 11:13:45
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原创 基于R的ggplot2包画KEGG富集通路气泡图_KEGGdot
背景**基于公司已给出的结果上做出调整（公司只给出了top10），画KEGG富集通路的气泡图，初始文件如下图代码演示> getwd() #显示工作目录> setwd() #如果上述显示不是想要的路径，可以新建一个文件夹然后设置成工作目录，方便一些原始文件以及结果图片的存放> install.packages("ggplot2",destdir="D:/RData/R-win-4.0.2/R-4.0.2/R-packages",lib="D:/RData/R-win-4.0.2
2021-12-09 22:48:05
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原创 代谢组学分析常用网站
MetaboAnalyst 5.0MetaboAnalyst 5.0可进行代谢组数据的可视化分析，Module Overview如下，包括Biomarker Analysis/ Enrichment Analysis/Pathway Analysis/Joint Pathway Analysis/Network Analysis以及各种封图分析等，基本送测公司的报告里头的结果图，只要拿到excel检测结果信息表都能在这个网站自己做，操作简单直接上手Interactive Pathways Expl.
2021-12-09 22:00:07
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原创 hexo更换主题
文章目录写在前面推荐主题步骤写在前面本文参考手把手教你从0开始搭建自己的个人博客 |无坑版视频教程| hexo相当于是自己的实操练习推荐主题yilia步骤安装主题包Lin@DESKTOP-R7J5S3Q MINGW64 /d/blog$ git clone https://github.com/litten/hexo-theme-yilia.git themes/yilia #克隆到theme文件夹下Cloning into 'themes/yilia'...remote: Enu
2021-12-05 21:56:04
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原创 基于hexo的个人博客搭建并托管至github出现的问题与解决
windows下基于hexo的个人博客搭建并托管至github中部署及其之后步骤中遇到的一些问题和解决方案
2021-12-05 20:02:20
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原创 使用image Pro plus 6.0分析细胞油红O染色结果计数/计算面积百分比
前言自己做实验需要给细胞脂滴染色，在网上找资料摸索找到的一些内容，能够快速方便的计算油红O染色后的脂滴数量以及占面积百分比，简单总结一下，如果有问题或者建议欢迎一起交流学习~油红O染色简单步骤我自己这次使用的六孔板，第一次做乳腺上皮细胞，直接用的师兄给的油红O染液（结果工作液状态太久可能失效了，也可能是细胞本身原因脂滴分泌不明显），实验失败了，但还是练手了后面分析过程记录下来染色步骤：参考细胞油红o染色用枪头吸出培养液，加入2mL PBS轻轻晃动漂洗，吸出PBS弃掉每孔加入2mL 95%酒精（
2021-03-10 19:27:02
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原创 从FASTA文件中批量提取指定序列【Python脚本】
文章目录前言一：读取含特定字符的序列并输出演示二：读到某一个字符之前的全部输出使用方法三：输出前n条序列使用方法总结前言背景：学测序流程的时候，做到mapping的时牛的基因组有两个多G，因为是在个人PC上初步学习，建立index实在太慢了，而且临时也没有现成的index。于是决定只挑基因组前十条染色体拿来练习（所以需要从基因组文件里选取序列，尝试自己用python写脚本处理）。python之前因为实在不聪明也就刚学到字典部分，借鉴了网上的一些内容整理了一下，写了几种情况关于利用python脚本提取f
2020-12-08 22:01:56
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转载 生信学习笔记：测序数据质控
文章目录测序数据质控1.原始数据统计2.质控数据统计测序数据质控Illumina 测序属于第二代测序技术，单次运行能产生数十亿级的reads，如此海量的数据无法逐个展示每条read的质量情况；运用统计学的方法，对所测序列进行统计和质控，可以从宏观上直观地反映出样本的文库构建质量和测序质量。1.原始数据统计1）原始数据获得 Illumina 平台通过将测序图像信号经CASAVA碱基识别(Base Calling)转换成文字信号，并将其以 fastq 格式储存起来作为原始数据。根据index序列区
2020-12-01 20:35:38
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原创 生信学习笔记：生物信息学测序分析基本流程入门笔记
文章目录前言短序列比对软件sam文件insertsize基因差异表达计算变异检测物种组成与丰富度计算kmer估计基因组大小序列拼接Pregraph常用序列拼接软件基因组污染分析RNA-seq与meta序列拼接基因功能注释非编码RNA小RNA共线性分析在线序列分析序列比对数据下载前言根据B站教程生物信息快速入门边自学边随手记的笔记，省略了开头几节测序原理以及数据质控，在之前的文章中有粗略提过该部分。目前我自己理解的大致流程基本就是测序——质控——比对拼接（contig、scaffol、mappingd
2020-11-25 11:39:01
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原创 以ACS为例通过CARSI访问文献数据库
前言查阅文献时经常会遇到某个数据库自己所在单位并没有购买订阅，但是刚好有同学或者朋友同事所在的单位买了有权限阅读，这时候有些支持CARSI的数据库我们就可以通过借他人的账号访问了，下面以ACS数据库和同学所在的中国农业大学为例，演示一下流程。操作流程首先，你要确定你现在想访问的这个数据库是否支持CARSI比如这里以ACS(美国化学学会 American Chemical Society)数据库为例，PDF是灰的不能直接下载，online版也无法阅读全文，点击图中画圈的Add or Chang
2020-11-23 17:38:59
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原创 生信学习笔记：用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决
用conda安装bwa、samtools和tophat2bwa$ conda install bwasamtools$ conda install samtoolstophat2安装wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz解压tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz加入环境变量pathexport
2020-11-16 16:24:13
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原创 生信学习笔记：fastp质控处理生成的report结果解读
文章目录前言raw data 和 fastq文件readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastp reportsummaryAdapterInsert size estimationBefore filtering前言测序出来的数据利用fastp一个命令质控全搞定，无论是SE还是PE，同时会生成.json和.html格式的报告，十分直观方便，如何生成报告可查看 Linux下fastp的使用 ，下面记录一下如何理解这份报告。在这之前先整理几个概念：raw d
2020-11-13 21:00:17
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原创 Linux读取下机数据.fq.gz文件
#读取压缩文件$ zcat R1.fq.gz会唰唰唰全部读取，按Ctrl + C终止#只查看部分$ less R1.fq.gz按↓键可往下翻页，按q退出
2020-11-10 17:09:24
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原创 生信学习笔记：单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)
单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)一图看区别：总的来讲就是单端测序只从一侧读，而双端测序是两头同时读然后拼接单端测序(Single-read)Single-Read测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列。该方式建库简单，操作步骤少，常用于小基因组、转录组、宏基因组测序。测序的质量会随着测序
2020-11-10 16:45:55
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原创 Linux下fastp的使用
Linux下fastp的使用这里使用conda安装的fastp（用于序列质控），第一次学习操作，记录一下到miniconda的安装目录下的bin下启动conda环境$ cd /home/twocanis/yes/bin#我安装的时候一路yes结果把安装目录也写成了yes……启动conda$ . ./activate成功后会出现（base）字符创建一个存放需要处理的文件的输入和输出的工作目录创建工作目录$ mkdir -p bioitem将需要处理的文件复制到该工作目
2020-11-09 22:22:31
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原创 Linux学习笔记：用conda安装fastp
Linux中安装minicondaminiconda即conda的简略版，常用于Linux中的生信分析Linux中conda的安装wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装过程一路yes，但中间有个给文件夹命名的步骤记得命名文件夹换成清华镜像源，速度更快conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu
2020-11-09 20:40:28
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原创 Linux学习笔记：命令格式与目录处理命令
文章目录前言命令格式目录处理命令前言 自学Linux，根据B站Linux视频教程—兄弟连整理的部分笔记命令格式命令格式：命令 [-选项] [参数]例：ls -la/etc说明：1）个别命令使用不遵循此格式2）当有多个选项时，可以写在一起3）简化选项与完整选项-a等于–all目录处理命令：ls命令名称：ls命令英文原意：list命令所在路径：/bin/ls执行权限：所有用户功能描述：显示目录文件语法：ls选项[-ald] [文件或目录]-a显示所有文件，包括隐藏文件-
2020-11-08 21:40:40
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原创 python学习笔记：用于匹配的常用函数
用于两两匹配形成新的序列，或者匹配到具体位置列出下标zip()函数可以使两个列表像拉链一样一一匹配缝合（按最端序列长度缝合），并返回一个由元组组成的列表names = ['anne', 'beth', 'george', 'damon']ages = [12, 45, 32, 102]for i in range(len(names)): print(names[i], 'is', ages[i], 'years old') #常规利用循环匹配 #利用zip()函数>&.
2020-11-05 10:40:55
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原创 R学习笔记：《R语言入门与数据分析》
前言：这是根据B站《R语言入门与数据分析》自学整理的学习笔记。非科班出身，之前也没接触过代码，自己理解能力也比较差，所以会显得外行又笨拙，但还是希望多交流学习，才有动力持续进步。目前这个课程笔记还没完结，会边学边更新。文章目录P1 课程介绍P2 数据分析P3 数据挖掘P4 数据可视化P5 R语言介绍R语言的特点R语言的缺点P6 案例演示P7 R软件的安装P8 R软件的运行与设置P9 Rstudio左上脚本窗口左下控制台窗口右上环境和历史记录窗口右下功能模块窗口快捷键P10 Rstudio 基本操作图片另
2020-11-04 17:32:34
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原创 python学习笔记：字典的创建与常用函数
python学习笔记：字典的创建与常用函数创建字典>>> d={}>>> d=dict()fromkeys()函数方法fromkeys创建一个新字典，其中包含指定的键，且每个键对应的值都是None。>>> {}.fromkeys(['name', 'age']){'age': None, 'name': None}>>> dict.fromkeys(['name', 'age']){'age': None,
2020-11-04 16:25:46
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