python文本处理,计算fasta文件k-mer子串

#例如:
dna = "GATGGAACTTGACTACGTAAATT"
##输出结果:
"""['GAT', 'ATG', 'TGG', 'GGA', 'GAA', 'AAC', 'ACT', 'CTT', 'TTG', 'TGA', 'GAC', 'ACT', 'CTA', 'TAC', 'ACG', 'CGT', 'GTA', 'TAA', 'AAA', 'AAT', 'ATT']
"""
"""计算k-mer字串的方法:
本例中设置k-mer为3
"""
dna='GATGGAACTTGACTACGTAAATT'
t=0
l=[]
for index in range(len(dna)):
    t=dna[index,index+3]
    if (len(t))==3:
        l.append(t)
print(l)

转载于:https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/8022790.html

  • 1
    点赞
  • 4
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值