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原创 生物信息学入门之基本概念之蛋白质同源检测和折叠识别
前言蛋白质同源性检测和折叠识别是近些年来生物信息学中的热点问题。通过蛋白质远同源性检测和折叠识别，能够初步推断未知蛋白质的结构和功能。其中，SCOP数据库[1]按照层级结构将蛋白质进行分类，从上到下依次是：类(class)，折叠(fold)，超家族(superfamily)和家(family)（如图1-1所示）。蛋白质远同源性检测的任务就是找出未知蛋白质所属的超家族。折叠识别的任务就是找...
2020-06-18 18:10:13
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原创 Java概述之Java虚拟机机制及垃圾收集GC
Java概述之Java虚拟机机制及垃圾收集GCJava概述一、Java虚拟机（JVM）及跨平台特性二、 垃圾收集GC（garbage collection）对比: C语言的malloc free和C语言的new机制一、Java虚拟机（JVM）及跨平台特性JVM（Java Virtual Machine）Java虚拟机在真实机器中用软件模拟实现的一种想象机器Java虚拟机代码被存储在.class文件中可以实现“一次编译，到处运行”的跨平台特性虚拟机本身不跨平台简单理解：一个例子：一个领导
2020-08-31 11:21:28
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转载 CNN调优总结
转自：https://nmarkou.blogspot.com.cy/2017/02/the-black-magic-of-deep-learning-tips.html记得要 shuffle。不要让你的网络通过完全相同的 minibatch，如果框架允许，在每个 epoch 都 shuffle 一次。扩展数据集。DNN 需要大量的数据，而且模型在小的数据集上很容易过拟合。我强烈建议你要扩展原始的...
2018-05-08 16:38:06
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原创 科研小白之SCI论文、EI论文和IEEE论文有什么区别？国内分区与SCI等的联系
总结(干货)SCI(Science Citation Index), 被Web of Science(http://apps.webofknowledge.com)收录的论文称为SCI论文； EI(Engineering Index), 被EI数据库收录的论文称为EI论文。目前EI数据库有三个版本：EiCompendex光盘数据库， EiCompendex web数据库， Engineeri...
2018-04-12 09:36:22
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原创 二分类问题评价指标
1. 分类情况：针对一个二分类问题，将实例分成正类(postive)或者负类(negative)。但是实际中分类时，会出现四种情况.(1)若一个实例是正类并且被预测为正类，即为真阳性(True Postive TP)(2)若一个实例是正类，但是被预测成为负类，即为伪阴性(False Negative FN)(3)若一个实例是负类，但是被预测成为正类，即为伪阳性(False Postive FP)(...
2018-03-29 16:03:19
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原创 动态编程之序列比对：Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法
1. 加分规则S（a,b) = 10 (a=b）S（a,b) = -3（a!=b）S（a,b) = -5（a='_' or b='_')通常DNA和RNA，Protein都有打分矩阵，Protein常用打分矩阵BLOSUM622. 动态规划算法：全局比对算法Needleman-Wunsch思路：从第一个到最后一个，一个个比，一条序列比个遍，然后得出最优解example：局部比对Smith-Wate...
2018-03-29 15:37:39
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转载 Tensorflow一些常用基本概念与函数
感谢原博主原博客链接：http://blog.csdn.net/lenbow/article/details/521527661、tensorflow的基本运作为了快速的熟悉TensorFlow编程，下面从一段简单的代码开始：import tensorflow as tf #定义‘符号’变量，也称为占位符 a = tf.placeholder("float") b = tf.placehol...
2018-03-18 12:35:12
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原创 Tensorflow---基本语法
1.tf.truncated_normal(shape, mean, stddev) :shape表示生成张量的维度，mean是均值，stddev是标准差。这个函数产生正太分布，均值和标准差自己设定。这是一个截断的产生正太分布的函数，就是说产生正太分布的值如果与均值的差值大于两倍的标准差，那就重新生成。和一般的正太分布的产生随机数据比起来，这个函数产生的随机数与均值的差距不会超过两倍的标准差，但是...
2018-03-14 15:07:21
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转载 深度学习常用激活函数之— Sigmoid & ReLU & Softmax
1. 激活函数Rectified Linear Unit(ReLU) - 用于隐层神经元输出Sigmoid - 用于隐层神经元输出Softmax - 用于多分类神经网络输出Linear - 用于回归神经网络输出（或二分类问题） ReLU函数计算如下： Sigmoid函数计算如下： ...
2018-03-13 17:32:01
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原创 生物信息领域常用软件工具及数据库
常用工具1. PSi-blastPsi-balst是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效.多用于生成蛋白质的多序列比对(MSA)和PSSM(特异性位置打分矩阵)。相关指令和生成PSSM文件的代码参考：2.ClustalClustal可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PC...
2018-03-02 11:36:29
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原创 Python---边用边学
1.with语句：类似 try : except: finally:的功能：但是with语句更简洁。而且更安全。代码量更少。with后面为一个表达式，表达式返回的是一个上下文管理器对象，我的理解就是表达式的返回结果。使用as 可以将这个结果赋值给某个变量。方便之后操作。2.zip() 函数用于将可迭代的对象作为参数，将对象中对应的元素打包成一个个元组，然后返回由这些元组组成的列表。如果各个迭...
2018-03-02 11:35:15
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原创 keras安装配置遇到的坑
keras安装配置详细步骤见官网：http://keras-cn.readthedocs.io/en/latest/for_beginners/keras_windows/不再赘述。第一坑：Windows7+Anaconda3+theano+Keras最近在学深度学习框架，要用到keras库，keras可以搭建在tensorflow和theano上，我电脑装的是Windows7，因此决...
2018-03-01 16:54:57
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转载 深度学习十大框架比较
1 TensorFlow 对于那些听说过深度学习但还没有太过专门深入的人来说，TensorFlow 是他们最喜欢的深度学习框架，但在这里我要澄清一些事实。 在 TensorFlow 的官网上，它被定义为「一个用于机器智能的开源软件库」，但我觉得应该这么定义：TensorFlow 是一个使用数据流图(data flow graphs)进行数值计算的开源软件库。在这里，他们没有将 TensorFl...
2018-02-27 16:26:51
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转载 DNA特征提取之序列组装K-mer算法
基因就像一本天书，里面的字都是有A,T,C,G组成的。我们测序出来的大于几百bp的小的序列，我们叫做reads。我们测序的结果中有上百万条的reads，而这些reads的位置我们又不知道，我们只能根据他们重叠的部分来尽量还原他的原型。k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers。举个例子吧：为了简化，有这么个reads（当然实
2018-01-23 11:44:16
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转载 交叉验证(CrossValidation)方法思想简介
交叉验证(CrossValidation)方法思想简介以下简称交叉验证(Cross Validation)为CV.CV是用来验证分类器的性能一种统计分析方法,基本思想是把在某种意义下将原始数据(dataset)进行分组,一部分做为训练集(train set),另一部分做为验证集(validation set),首先用训练集对分类器进行训练,在利用验证集来测试训练得到的模型(mode
2018-01-22 11:41:07
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空空如也
空空如也
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