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曙光TC4600百万亿次超级计算系统新系统测试-高斯Gaussian16

曙光TC4600 百万亿次超级计算系统新系统测试

Gaussian16

中国科学技术大学超级计算中心 张运动

一、软件介绍：

Gaussian 软件是目前计算化学领域内最流行、应用范围

最广的综合性量子化学计算程序包。Gaussian 软件基于量子

力学而开发，它致力于把量子力学理论应用于实际问题，它可

以通过一些基本命令验证和预测目标体系几乎所有的性质。此

外，可视化软件GaussView 的发布及计算机的快速发展更是大

大降低了理论计算的门槛，使得各领域研究者能够轻松使用

Gaussian 研究和分析各种科学问题。目前为止最新的版本是

Gaussian 16 A.03。

校超级计算中心统一购买安装的软件版本为Gaussian

Available Binary Versions for Rev. A.03，AMD/Intel

Vendor，X86_64 CPU，Nvidia Tesla-K40/K80 GPU，Linux，

不含Linda (即只能单节点内并行)。

二、测试平台：

曙光TC4600 百万亿次超级计算系统新系统：平台介绍

三、软件版本使用：

系统使用module 进行软件版本管理，查看安装软件版

本、配置、加载使用：

设置setenv GAUSS_SCRDIR /tmp ，计算时临时文件生成在计

算节点的/tmp 目录下，减少存储读写，使用计算节点本地硬盘，可

有效减少计算耗时。

若在~/.bashrc 等环境变量文件中设置有多个高斯版本时，实际

计算时调用的为最后一个高斯版本的可执行文件。

四、指令集测试：

G16 软件根据CPU 指令集的不同，安装了不同参数的编译

版本，测试对比：

结果与讨论：

1)计算效率：avx2 > avx > sse4 > legacy

2 )优先选择：TC4600 系统所有节点的CPU 均支持avx2 指令

集，因此在该系统上应优先选择使用avx2 版本G16。

五、CPU 节点相关测试：

5.1：E5v4 节点使用1、2、3、4 、7、14、28 核并行计算

5.2：F144 胖节点使用18、36、72、144 核并行计算

5.3：E3v5 节点使用1、2、3、4 核并行计算

5.4：nproc 与CPU 设置方法比较

结果与讨论：

1) 多类型CPU 配置的节点测试中，G16 在单节点内并行

计算时均具有很好的并行扩展性，使用进程核数增加一

倍时，计算效率提高近1 倍。

2 ) 在F144 胖节点上，并行144 核时仍具有很好的扩展性

潜力，受限于单节点CPU 核数，更多进程数的节点内

并行没有进行测试。

3 ) 使用相同进程核数时，E3v5 节点计算效率优于E5v4 节

点，分析与其CPU 主频较高有关，E3v5 CPU 主频

3.5GHz，而E5v4 CPU 主频2.4GHz 。且CPU 核数用

满时具有睿频现象，E3v5 CPU 主频最大可达

4.0GHz ，比较适合单节点并行的计算密集型应用。

4 ) 输入文件中Link 0 部分设置使用%CPU=**方式，具有

更好的计算效率，分析此种设置方式，进程与分配的

CPU 核绑定，可以减少在计算过程中的缓存损失。

六、GPU 节点相关测试：

6.1 设备支持：

TC4600 系统上配置K80 GPU 卡节点为k801-k804，驱

动版本：375.39，CUDA 版本8.0.61。查看GPU 节点配置：

 单节点2 块k80 gpu 卡

 单卡片2 个GK210 核心

 单