多序列比对要多久时间_使用 MAFFT 进行多序列比对

1. MAFFT 简介

最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee)，比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW)。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。

2. MAFFT 下载安装$ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-gcc_fc6.x86_64.rpm

$ wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-src.tgz

$ cd mafft-7.158-without-extensions/core

$ perl -p -i -e 's#PREFIX =.*#PREFIX = /opt/biosoft/mafft#' Makefile

$ perl -p -i -e 's#BINDIR =.*#BINDIR = /opt/biosoft/mafft/bin/#' Makefile

$ make

$ make install

$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/mafft/bin/' >> ~/.bashrc

$ source ~/.bashrc

检测软件是否正确安装$ cd ../test

$ rehash # if necessary

$ mafft sample > test.fftns2 # FFT-NS-2

$ mafft --maxiterate 100 sample