python 管道持续读写,python3 管道流操作

参考链接：

平时对于文本处理，可以选择sed,grep ，复杂一点awk ,再复杂一些哟Python. python 和linux 一样，也可以支持单行命令来操作！格式：

python -c

## -c cmd : program passed in as string (terminates option list)

## terminates option list 表示 -c 之后的其它选项不起作用，为终极选项

-c 之后，要用双引号将命令包起来，import 以;结尾，命令用[]括起来，多行命令用多个[]。

第一个例子：不区分单双引号

(base) [09:59:01] kcao@localhost:~

$ python -c "print('hello world')"

hello world

(base) [09:59:01] kcao@localhost:~

$ python -c 'print("hello world")'

hello world

接受echo 输入流；

必须加上read方法，sys.stdin 和f=open("...","r") 一样,需要f.read() 才可以读取文件内容.

$ echo "ck" |python -c "import sys;print(sys.stdin)"

$ echo "ck" |python -c "import sys;print(sys.stdin.read())"

ck

读取文件，计算fa文件的G碱基数目

$ cat > test.fa

>chr_1

ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTA

AGGTCTNAAccAAttGggG

>chr_2

ATCGAATGATCGANNNGccTA

AGGTCTNAAAAGG

>chr_3

ATCGTCGANNNGTAATggGA

AGGTCTNAAAAGG

>chr_4

ATCGTCaaaGANNAATGANGgggTA

python 单行命令，调用Biopython包

$ cat test.fa |python -c "import sys;from Bio import SeqIO;[print(seq_record.id,seq_record.seq.count('G')) for seq_record in SeqIO.parse(sys.stdin,'fasta')]"

chr_1 8

chr_2 8

chr_3 8

chr_4 4

类似grep 操作,输出大于号的行.

$ cat test.fa | python -c "import sys,re;[sys.stdout.write(line) for line in sys.stdin if re.search('>', line)]"

>chr_1

>chr_2

>chr_3

>chr_4

类似sed 操作. 去掉>chr_.

$ cat test.fa | python -c "import sys,re;[sys.stdout.write(re.sub('>chr_', '', line)) for line in sys.stdin]"

1

ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTA

AGGTCTNAAccAAttGggG

2

ATCGAATGATCGANNNGccTA

AGGTCTNAAAAGG

3

ATCGTCGANNNGTAATggGA

AGGTCTNAAAAGG

4

ATCGTCaaaGANNAATGANGgggTA