mega7.0是一款免费的分子进化遗传分析软件,主要应用于生物信息学实验分析,强大的系统进化分析以及分子鉴定有效的帮助了生物学家实验分析进化树图,是普遍被大家需要的mega进化树软件,需要注意的是该软件只支持64位系统,不支持32位操作系统。
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输入数据格式介绍
1)文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行;
2)输入数据文件,第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”;
3)“TITLE”位于输入文件的第二行,后边可以跟上一些说明性字符,这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效,而且字符总数不能超过128,超过的也会被忽略。
4)在“#MEGA”和“TITLE”之后,在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。
5)在每个数据(或每条序列)的名字之前应该有一个“#”,名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里,不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中,空格和TAB是被忽略的。
6)在同一数据文件内,所有序列的长度应该保持一致,否则,程序不能执行。
7)对于DNA或RNA序列,Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符,缺失字符可以用“?”表示,比对时的空缺位点可以用“—”表示。
mega7.0使用方法
如何用MEGA7.0转化为MEGA7.0可以用的格式
物信息学实验有时候会要求做一些进化树图,但是我们所得到的序列一般都是FASTA格式,如何将FASTA格式转化成MEGA可以使用的格式呢。
1、打开MEGA7.0软件,熟悉MEGA7.0的版面
2、看到左上角的【Align】点击选择【Edit/Build Alignment】接下来会出现一个小窗口,点击【OK】
3、点击完【OK】又会弹出另一个小窗口,需要选择protein 或者DNA,看自己需要,这里演示先选择protein点击之后出现窗口,之后操作在新窗口中进行。
4、按图中箭头指示点击【Edit】再选择【Insert Sequence From File Ctrl+I】点击之后在文件夹中选择自己要改变的FASTA格式序列,选定之后打开。
5、打开序列我们会看到如下的小窗口,接下来在左上角选择【Date】在子菜单中选择【Export Alignment】【MEGA Format】
6、对刚才打开的文件命名,选择存储位置,命名好之后点击【保存】出现一个小窗口输入和刚才一样的名字进去,点击【OK】就好了,文件格式已转换成功。