dna序列分类数学建模matlab,MATLAB软件课程设计---MATLAB实现DNA序列的分类识别

MATLAB软件课程设计---MATLAB实现DNA序列的分类识别

装 订 线 装 订 线 数学软件实践 课程设计报告 题 目MATLAB 实现 DNA 序列的分类识别 学 号 姓 名 教 师 日 期 论文题目 论文题目 1 摘 要 2 1 问题重述 3 2 问题分析 3 3 模型假设 3 4 符号说明 4 5 模型的建立与求解 4 5.1 问题一的模型 . 4 5.1.1 模型建立 4 模型 I 5 5.1.2 模型求解 5 5.2 问题二的模型 . 6 5.2.1 模型建立 6 模型 II 7 5.2.2 模型求解 8 5.3 问题三的模型 . 9 5.3.1 模型建立 9 模型 III . 9 5.3.2 模型求解 10 6 模型的评价与改进 .11 附 录 12 A.1 附录描述 1 . 12 A.2 附录描述 2 . 19 A.3 附录描述 3 . 22 2 摘 要 1 D NA序列矩阵 a 首先调用函数_Iim portdata，将txt文档中的字符读入到w orkspace中，将 其中不是ATG C的字符用A来替换，存到矩阵D N A中。 b 给定D N A序列 12N Ss ss， i sA C G T，,,,A T G C分别表示序列S的 前i1 2iN个元素中A C G T出现的次数.编写函数_Icalculate计算 出D NA序列每一行的,,,A T G C。 c 根据定义的欧几里得距离矩阵，为了求解ED方便,写编写一个函数 _1IE D，求出四个矩阵,,,A ij Tij G ij C ij，然后编写函数_IED，便可以求出 AGCTACG TATG C，，，，，对应的ED。 d 根据定义的路径距离矩阵，编写函数_IPD，根据不同的ED，求出不同的 PD。 e 根据定义的商矩阵，编写函数_IEP，由b和c求出的ED和PD计算出对 应的EP。 f 根据定义的商矩阵，编写函数_IE G，由b求出的ED计算出对应的EG。 2 最大特征矩阵 对于给定的D NA序列， 令 123456 ,其中 123456 分 别表示矩阵,,ED EP EG的标准化 i N的最大特征根。将求得的结果放于 矩阵123EG aEG aEG a，，中。 3 调用给定程序作出D N A序列的聚类树图 可以根据给定的程序_Idendrogram，对于123EG aEG aEG a，，分别作图。 4 MATLAB 的一些基础知识 关键字D N A序列、最大特征根、聚类树图、MATLAB 基础知识 3 1 问题重述 题目给的是关于D NA序列的问题,首先给出一个txt文档，是构成D NA序列的 A T G C字符，但其中有不是ATG C的字符，要求将txt文档中的所有字符序列读入到矩 阵D NA中， 并将其中不是ATG C的字符用ATG C中的任意一个换掉， 得到正确的D N A矩 阵。然后分别计算矩阵,,,A T G C 例如 i T表示前i个字符中含有的T的个数。再根据 ,,,A T G C四个矩阵不同的输入顺序求出 6 个不同的ED矩阵，对每个ED矩阵，可以求 出对应的PD,再由,E D P D求出对应的EP。对每个ED矩阵，也可以求出对应的EG矩 阵。 假设输入D N A序列的第一行，求出 6 个不同的,,ED EP EG后，每个矩阵可以求得一 个最大特征根，这样 6 个ED有 6 个最大特征根，放于矩阵1E G a 1E G a为 24*6 的矩 阵的第一行中，6 个EP有 6 个最大特征根，放于矩阵2E G a 2EG a为 24*6 的矩阵 的第一行中，6 个EG有 6 个最大特征根，放于矩阵3E G a 3E G a为 24*6 的矩阵的第 一行中。当把D N A序列的 24 行遍历完，1,2,3EG aEG aEG a三个矩阵便赋值完成。 提示中给了画D N A序列的聚类树图的程序，调用此程序，便可完成 3 个图的绘制。 2 问题分析 首先调用函数_Iim portdata，将txt文档中的字符读入到矩阵D N A中，将其中不是 ATG C的字符用A来替换。编写函数_Icalculate计算出D N A序列每一行的,,,A T G C。 根据定义的欧几里得距离矩阵,为了求解ED方便,先由函数_1IE D，求出四个矩阵 ,,,A ij T ij G ij C ij，然后由函数_IED，便可以求出,,,,,AG CT AC G T AT G C对应的ED。根 据定义的路径距离矩阵，由函数_IPD，根据不同的ED，求出不同的PD。根据定义 的商矩阵，由函数_IEP和求出的ED和PD计算出对应的EP。根据定义的商矩阵，由