Matlab获取线粒体序列及核苷酸初步分析

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_38872771/article/details/82755806

这篇博客介绍了如何利用Matlab从NCBI获取线粒体基因组序列，并进行核苷酸密度、成分、配对补足、密码子分布等分析。博主展示了获取NC_012920线粒体序列的过程，并通过ntdensity、basecount、dimercount和codoncount等函数进行不同层面的分析，包括原始序列和反向阅读框的密码子计数。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1.matlab访问NCBI

>> web('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/')

2.查询线粒体基因组：mitochondrion homo sapiens ,

Accession: NC_012920.1 GI : 251831106

3. matlab获取线粒体序列信息

>> mitochondria = getgenbank('NC_012920','SequenceOnly',true);

3.1 线粒体序列大小信息：

>> mitochondria = getgenbank('NC_012920','SequenceOnly',true);

>> whos mitochondria
Name Size Bytes Class Attributes

mitochondria 1x16569 33138 char

4. 核苷酸成分分析：

4.1 单体密度和联合单体密度曲线图

>> ntdensity(mitochondria)

4.2 计数核苷酸

>> basecount(mitochondria)

ans =

包含以下字段的 struct:

    A: 5124
    C: 5181
    G: 2169
    T: 4094

4.3计数核苷酸序列的配对补足

>> basecount(seqrcomplement(mitochondria))

ans =

包含以下字段的 struct:

    A: 4094
    C: 2169
    G: 5181
    T: 5124

4.4 核苷酸成分分布

>> basecount(mitochondria,'chart','pie')

ans =

包含以下字段的 struct:

    A: 5124
    C: 5181
    G: 2169
    T: 4094

4.5 计数二聚物并条形图展示

>> dimercount(mitochondria,'chart','bar')

ans =

包含以下字段的 struct:

    AA: 1604
    AC: 1495
    AG: 795
    AT: 1230
    CA: 1534
    CC: 1771
    CG: 435
    CT: 1440
    GA: 613
    GC: 711
    GG: 425
    GT: 419
    TA: 1373
    TC: 1204
    TG: 513
    TT: 1004

5.计数密码子成分

5.1计数核苷酸序列中的密码子

>> codoncount(mitochondria)
AAA - 167     AAC - 171     AAG - 71     AAT - 130
ACA - 137     ACC - 191     ACG - 42     ACT - 153
AGA - 59     AGC - 87     AGG - 51     AGT - 54
ATA - 126     ATC - 131     ATG - 55     ATT - 113
CAA - 146     CAC - 145     CAG - 68     CAT - 148
CCA - 141     CCC - 205     CCG - 49     CCT - 173
CGA - 40     CGC - 54     CGG - 29     CGT - 27
CTA - 175     CTC - 142     CTG - 74     CTT - 101
GAA - 67     GAC - 53     GAG - 49     GAT - 35
GCA - 81     GCC - 101     GCG - 16     GCT - 59
GGA - 36     GGC - 47     GGG - 23     GGT - 28
GTA - 43     GTC - 26     GTG - 18     GTT - 41
TAA - 157     TAC - 118     TAG - 94     TAT - 107
TCA - 125     TCC - 116     TCG - 37     TCT - 103
TGA - 64     TGC - 40     TGG - 29     TGT - 26
TTA - 96     TTC - 107     TTG - 47     TTT - 78