任意长度的python列表_Python一行流：生成任意长度K-mer序列的集合

太长不看版

reduce(lambda x,y: [i+j for i in x for j in y], [['A','T','C','G']] * K)

K-mer介绍

引用刘尧老师在科学网博文上的介绍：

mer，其在分子生物学领域中意义为单体单元 (monomeric unit，mer)。通常用于核酸序列中的单位，代表nt或者bp，例如，100 mer DNA代表这段DNA序列单链长度100nt，或者双链长度100bp。

而k-mer则是指将核酸序列分成包含k个碱基的字符串，即从一段连续的核酸序列中迭代地选取长度为K个碱基的序列，若核酸序列长度为L，k-mer长度为K，那么可以得到L-K+1个k-mers。如下图所示，假设这里存在某序列长度为21，设定选取的k-mer长度为7，则得到(21-7+1=15)个7-mers。

原理

Reduce思想

Reduce：对于一串序列中的第一和二个元素计算出某个值(自己指定算法)，用该计算结果与第三个元素计算，再用该计算结果与第四个元素进行计算……

比如计算阶乘50!，可以用reduce( lambda x, y: x * y, range(1, 50) )。range(1, 50)是从1到50的序列，这里lambda函数是将传入的两个数相乘。应用reduce之后就变成了：

res= 1 * 2

res= res * 3

res= res * 4