服务器超时位置模拟失败,MS服务器跑DMol3任务失败，求能人分析原因！ - 计算模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...

最新推荐文章于 2024-07-23 14:20:39 发布
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文章标签： 服务器超时位置模拟失败

设想：想建立Mo-5W-Zn体系模型，Mo-5W合金在上，Zn在下，温度800K(超过Zn熔点，此时锌是液锌)，理想状况是Mo、W原子与Zn原子互扩散，模拟时间         长短不一，扩散程度不一。

建模：MS导入Mo单胞，建立1*2*5超胞(20个Mo原子)，替换(0.5 0.25 0.5)位置处的Mo为W原子，此时Mo、W原子比例19:1，也就是Mo-5W？！

将此时生成的结构作为基础建立4*1*1，再进一步1*2*1，得到目标结构1(见图1)，结构包含152个Mo，8个W原子。

下半部直接导入Zn的单胞，再建立5*5*3的超胞(是斜的菱形切面，见图2)。

建layer，生成最终模型(图3)。

弛豫：Dynamic  800K   NVE    步长2fs    共20000步 (见图4、5、6、7、8)

传到服务器上，几天后，返回任务失败，内容如下：

==============================================================================================

任-----务-------反----------馈

=================================================================================================

===============================================================

Materials Studio DMol^3 version 5.5

compiled on Sep 22 2010 01:59:49

===============================================================

===============================================================

Density Functional Theory Electronic Structure Program

Copyright (c) 2010, Accelrys Inc. All rights reserved.

Cite work using this program as:

B. Delley, J. Chem. Phys. 92,  508  (1990).

B. Delley, J. Chem. Phys. 113, 7756 (2000).

DMol^3 is available as part of Materials Studio.

===============================================================

DATE:     Mar 14 21:05:35 2014

This run uses    8 processors

Message: License checkout of MS_dmol successful

Message: License checkout of MS_dsolid successful

Basis set is read from file:

/share/apps/msi/Accelrys/MaterialsStudio55/share/Resources/Quantum/DMol3/BASFILE_v3.5

parallel run with   8 processors

no INCOOR file: try ZMAT

no ZMAT file: try CAR

Geometry is read from file: Layer.car

INCOOR, atomic coordinates in au (for archive):

______________________________________________________________________>8

$cell vectors

24.48329167541695    0.00000000000000    0.00000000000000

-6.33674217239791   23.64904374185338    0.00000000000000

0.00000000000000    0.00000000000000   58.85778783427534

$coordinates

Mo            0.00000000000000    0.00000000000000   28.79679002609082

Mo            2.26832744211592    2.95614187662217    2.64561652963760

Mo           -1.58419165619896    5.91228375135462   28.79679002609082

Mo            0.68413578591695    8.86842562797680    2.64561652963760

Mo            0.00000000000000    0.00000000000000    5.55130247305805

Mo            2.26832744211592    2.95614187662217    8.45698841836822

Mo           -1.58419165619896    5.91228375135462    5.55130247305805

Mo            0.68413578591695    8.86842562797680    8.45698841836822

Mo            0.00000000000000    0.00000000000000   11.36267436178867

Mo           -1.58419165619896    5.91228375135462   11.36267436178867

Mo            0.68413578591695    8.86842562797680   14.26836030709885

Mo            0.00000000000000    0.00000000000000   17.17404625051930

Mo            2.26832744211592    2.95614187662217   20.07973219393975

Mo           -1.58419165619896    5.91228375135462   17.17404625051930

Mo            0.68413578591695    8.86842562797680   20.07973219393975

Mo            0.00000000000000    0.00000000000000   22.98541813924992

Mo            2.26832744211592    2.95614187662217   25.89110408267037

Mo           -1.58419165619896    5.91228375135462   22.98541813924992

Mo            0.68413578591695    8.86842562797680   25.89110408267037

W             2.26832744211592    2.95614187662217   14.26836030709885

Mo            6.12084654043080    0.00000000000000   28.79679002609082

Mo            8.38917398254672    2.95614187662217    2.64561652963760

Mo            4.53665488423184    5.91228375135462   28.79679002609082

Mo            6.80498232634775    8.86842562797680    2.64561652963760

Mo            6.12084654043080    0.00000000000000    5.55130247305805

Mo            8.38917398254672    2.95614187662217    8.45698841836822

Mo            4.53665488423184    5.91228375135462    5.55130247305805

Mo            6.80498232634775    8.86842562797680    8.45698841836822

Mo            6.12084654043080    0.00000000000000   11.36267436178867

Mo            4.53665488423184    5.91228375135462   11.36267436178867

Mo            6.80498232634775    8.86842562797680   14.26836030709885

Mo            6.12084654043080    0.00000000000000   17.17404625051930

Mo            8.38917398254672    2.95614187662217   20.07973219393975

Mo            4.53665488423184    5.91228375135462   17.17404625051930

Mo            6.80498232634775    8.86842562797680   20.07973219393975

Mo            6.12084654043080    0.00000000000000   22.98541813924992

Mo            8.38917398254672    2.95614187662217   25.89110408267037

Mo            4.53665488423184    5.91228375135462   22.98541813924992

Mo            6.80498232634775    8.86842562797680   25.89110408267037

W             8.38917398254672    2.95614187662217   14.26836030709885

Mo           12.24169308086160    0.00000000000000   28.79679002609082

Mo           14.51002052297752    2.95614187662217    2.64561652963760

Mo           10.65750142466264    5.91228375135462   28.79679002609082

Mo           12.92582886677855    8.86842562797680    2.64561652963760

Mo           12.24169308086160    0.00000000000000    5.55130247305805

Mo           14.51002052297752    2.95614187662217    8.45698841836822

Mo           10.65750142466264    5.91228375135462    5.55130247305805

Mo           12.92582886677855    8.86842562797680    8.45698841836822

Mo           12.24169308086160    0.00000000000000   11.36267436178867

Mo           10.65750142466264    5.91228375135462   11.36267436178867

Mo           12.92582886677855    8.86842562797680   14.26836030709885

Mo           12.24169308086160    0.00000000000000   17.17404625051930

Mo           14.51002052297752    2.95614187662217   20.07973219393975

Mo           10.65750142466264    5.91228375135462   17.17404625051930

Mo           12.92582886677855    8.86842562797680   20.07973219393975

Mo           12.24169308086160    0.00000000000000   22.98541813924992

Mo           14.51002052297752    2.95614187662217   25.89110408267037

Mo           10.65750142466264    5.91228375135462   22.98541813924992

Mo           12.92582886677855    8.86842562797680   25.89110408267037

W            14.51002052297752    2.95614187662217   14.26836030709885

Mo           18.36253962129240    0.00000000000000   28.79679002609082

Mo           20.63086706340832    2.95614187662217    2.64561652963760

Mo           16.77834796509343    5.91228375135462   28.79679002609082

Mo           19.04667540720935    8.86842562797680    2.64561652963760

Mo           18.36253962129240    0.00000000000000    5.55130247305805

Mo           20.63086706340832    2.95614187662217    8.45698841836822

Mo           16.77834796509343    5.91228375135462    5.55130247305805

Mo           19.04667540720935    8.86842562797680    8.45698841836822

Mo           18.36253962129240    0.00000000000000   11.36267436178867

Mo           16.77834796509343    5.91228375135462   11.36267436178867

Mo           19.04667540720935    8.86842562797680   14.26836030709885

Mo           18.36253962129240    0.00000000000000   17.17404625051930

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05-09 1789
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1.读入dem文件( dem_local.grd )，得到高程矩阵zmat 2.构造同尺寸的高斯噪声矩阵，标准差为1.5，叠加至zmat3用pcolor函数生成伪彩色地形图 4.编写一个局域子窗滤波函数(边缘位置数值不变，其它每个位置，计算周围9个点高程的中位数，作为该位置的输出值) 5.以zmat为函数输入，得到输出zmat1，成图对比处理前后效果
06-02
好的，让我来逐步回答您的问题。 1. 读入dem文件( dem_local.grd )，得到高程矩阵zmat 可以使用Matlab中的`gridread()`函数来读取.grd文件，将其转化为高程矩阵zmat。示例代码如下： ``` [zmat, refvec] = gridread('dem_local.grd'); ``` 其中，`zmat`为高程矩阵，`refvec`为参考向量。 2. 构造同尺寸的高斯噪声矩阵，标准差为1.5，叠加至zmat 可以使用Matlab中的`randn()`函数生成同尺寸的高斯噪声矩阵，标准差为1.5，然后将其加到zmat中即可。示例代码如下： ``` noise = 1.5 * randn(size(zmat)); zmat = zmat + noise; ``` 3. 用pcolor函数生成伪彩色地形图 可以使用Matlab中的`pcolor()`函数生成伪彩色地形图。示例代码如下： ``` figure; pcolor(zmat); shading interp; colorbar; ``` 4. 编写一个局域子窗滤波函数 可以编写一个局域子窗滤波函数，以处理高程矩阵zmat。示例代码如下： ``` function zmat1 = local_filter(zmat) zmat1 = zmat; [m, n] = size(zmat); for i = 2:m-1 for j = 2:n-1 window = zmat(i-1:i+1, j-1:j+1); zmat1(i, j) = median(window(:)); end end end ``` 5. 以zmat为函数输入，得到输出zmat1，成图对比处理前后效果 可以调用局域子窗滤波函数，对高程矩阵zmat进行滤波处理，得到输出矩阵zmat1。然后，可以使用`subplot()`函数将处理前后的伪彩色地形图进行对比显示。示例代码如下： ``` zmat1 = local_filter(zmat); figure; subplot(1, 2, 1); pcolor(zmat); shading interp; colorbar; title('Original'); subplot(1, 2, 2); pcolor(zmat1); shading interp; colorbar; title('Filtered'); ``` 希望这些回答可以帮助到您！
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