docker 安装的东西都在哪儿_生信猿的docker入门课2

背景

小师妹突然找到我，问我是否知道怎么做singularity或者docker镜像。细问之下了解到，她的文章在投，因为涉及她自己写的一个工具以及数据分析，编辑要求她提供镜像。原因在上一篇推文其实提到过，总的来说，只提供分析源码和数据本身并不能保证分析的可重复性。因为还有依赖的库以及软件版本改变带来的隐忧。

也许，容器技术在生信领域已经成为其中一种标准了。

这篇推文主要介绍一下2种生成docker镜像的方法。

镜像封装

打包镜像的方法有2种：

1. 以某个基础镜像，比如centos7，为基础，运行docker容器，在容器内将所有需要安装的安装完毕后，以该容器为基础生成一个新的镜像。
2. 使用dockerfile生成镜像。

我自己的习惯是，先在容器内将需要安装的软件安装一遍，测试所需要安装的工具怎么装，以及是否有需要额外安装的依赖包等等，然后写成Dockerfile再生成新镜像。

对于需要安装的软件包，我们可以直接下载到本地，再使用某些方式放到容器内(后边会细说)，也可以联网下载。

方式1：基于容器

先获取1个基础镜像并启动为容器。

docker run -it --name sxydemo --hostname sxy -v $PWD:/docker centos:7

• docker run 其实本质上是docker pull(拉取镜像)+ docker start(启动容器)。拉取镜像是从Docker-Hub上。镜像相关信息也可以从上边获取。

• -it，其实是-i 和 -t 的组合，一般一起使用，就是开启了一个伪终端，让你可以在终端输入命令进行交互

  Name, shorthand	Default	Description
  --interactive , -i		Keep STDIN open even if not attached
  --tty , -t		Allocate a pseudo-TTY