python vtk,使用python读取和绘制VTK文件数据结构

这篇博客探讨了如何使用Python的meshio库读取VTK文件中的unstructured grid数据,并讨论了matplotlib、vtk、mayavi和pyvista在绘制此类数据时的挑战和解决方案。作者建议使用专门的VTK库,如vtk、mayavi.mlab或pyvista,而不是matplotlib,因为matplotlib不适合复杂的3D数据可视化。博客中提供了用不同库读取和显示VTK文件的代码示例。
摘要由CSDN通过智能技术生成

I have a VTK file (unstructured grid) with points and cells.

I can import the file and read it into using the meshio python package.

If I type the command mesh.cells I see a dictionary called 'hexahedron' with an array made up of lists inside like this:

{'hexahedron': array([[ 0, 162, 185, ..., 163, 186, 23],

[162, 329, 351, ..., 330, 352, 186],

[329, 491, 514, ..., 492, 515, 352],

...,

[483, 583, 600, ..., 584, 601, 490],

[583, 650, 656, ..., 651, 657, 601],

[650, 746, 762, ..., 747, 763, 657]])}

I would like to plot this in matplotlib (I know ParaView is an alternative, which I've been using, but I would also like to use matplotlib for this at the moment). Anyways, I'm having trouble wrapping my head around the structure.

There are 8 data points in each list.

If I run the command mesh.points I get an array of lists of x, y, z coordinates, which makes sense. However, with the hexahedron, are there also x, y, z coordinates in the list? It would make more sense if there were lists of x, y, z coordinates, as that would make up polygons.

I've seen this thread, but I'm still stuck on understanding this.

Attached is the VTK file, as well as what it looks like in ParaView. Thanks!

MSMu8.png

解决方案

tl;dr: I don't think you should try to use matplotlib for this, and it would be difficult and not work very well. I suggest using a dedicated vtk library, either bare vtk, the higher-level mayavi.mlab or my recently acquired favourite, pyvista. I'll elaborate on all this in detail.

The data

First, here is a small, self-contained version of your input data (since the data you linked in the question is both too large and likely to become a broken link sooner or later). I've reduced your data to three rectangular cuboids of varying sizes to approximate your figure.

# vtk DataFile Version 3.1

MCVE VTK file

ASCII

DATASET UNSTRUCTURED_GRID

POINTS 16 float

0. 0. 0.

0. 0. 3.

0. 2. 0.

0. 2. 3.

4. 0. 0.

4. 0. 3.

4. 2. 0.

4. 2. 3.

5. 0. 0.

5. 0. 3.

5. 2. 0.

<
1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。1、资源项目源码均已通过严格测试验证,保证能够正常运行; 2、项目问题、技术讨论,可以给博主私信或留言,博主看到后会第一时间与您进行沟通; 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用,尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业,更为适合; 4、下载使用后,可先查看README.md文件(如有),本项目仅用作交流学习参考,请切勿用于商业用途。
使用PythonVTK实现CT医学影像DICOM文件的体绘制和面绘制三维重建,你可以参考以下源码: ``` python import vtk # 创建一个渲染窗口并设置交互方式 renWin = vtk.vtkRenderWindow() iren = vtk.vtkRenderWindowInteractor() iren.SetRenderWindow(renWin) # 读取DICOM文件 reader = vtk.vtkDICOMImageReader() reader.SetDirectoryName("path/to/dicom/files") reader.Update() # 创建体绘制的体素数据集 volumeMapper = vtk.vtkFixedPointVolumeRayCastMapper() volumeMapper.SetInputConnection(reader.GetOutputPort()) # 设置体绘制的颜色和透明度传输函数 volumeProperty = vtk.vtkVolumeProperty() volumeProperty.ShadeOn() volumeProperty.SetColor(vtk.vtkColorTransferFunction()) volumeProperty.SetScalarOpacity(vtk.vtkPiecewiseFunction()) # 创建体绘制的可视化对象 volume = vtk.vtkVolume() volume.SetMapper(volumeMapper) volume.SetProperty(volumeProperty) # 创建面绘制的等值面数据集 contourFilter = vtk.vtkMarchingCubes() contourFilter.SetInputConnection(reader.GetOutputPort()) contourFilter.SetValue(0, thresholdValue) # 设置阈值,提取等值面 # 创建面绘制的Mapper和Actor contourMapper = vtk.vtkPolyDataMapper() contourMapper.SetInputConnection(contourFilter.GetOutputPort()) contourActor = vtk.vtkActor() contourActor.SetMapper(contourMapper) # 创建渲染器和渲染窗口 renderer = vtk.vtkRenderer() renWin.AddRenderer(renderer) renderer.AddActor(volume) renderer.AddActor(contourActor) renderer.SetBackground(0, 0, 0) # 设置背景颜色为黑色 # 设置相机视角 camera = renderer.GetActiveCamera() camera.SetPosition(0, 0, -1) # 设置相机位置 camera.SetFocalPoint(0, 0, 0) # 设置焦点 camera.SetViewUp(0, -1, 0) # 设置视角 # 激活渲染器和交互操作 renderer.ResetCamera() renWin.Render() iren.Start() ``` 请注意,上述代码只提供了一个基本的框架,实际使用时需要根据具体需求进行调整。同时,你需要将代码中的"path/to/dicom/files"替换为实际的DICOM文件路径,并根据需要设置体绘制和面绘制的参数。 希望以上内容对你有所帮助!
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