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原创 3套Python Matplotlib主题,让图表更好看

分享3套Matplotlib主题,让图表更好看。

2024-09-26 12:11:01 57

原创 Python seaborn可用来干什么,看作者怎么说?

seaborn 的一个关键功能是数据集中变量可以自动“映射”到图形的视觉属性上,即指将数据集中的变量与图形的视觉属性(如颜色、大小、样式)相关联,如下图,hue="客人性别"表示数据集tips中的“客人性别”变量映射到散点图的颜色属性,Female和Male表示不同的颜色,style="是否吸烟"表示数据集tips中的“是否吸烟”变量映射到散点图的marker属性,No和Yes表示不同的形状,seaborn函数的默认参数即可输出高质量统计图,同时也提供大量个性化参数,例如,),文章使用seaborn配图,

2024-09-26 12:08:00 817

原创 clinvar中ReviewStatus

ReviewStatus,详细介绍

2024-09-24 17:49:07 28

原创 clinvar数据库variant_summary.txt.gz各列详细介绍

Pathogenic;Pathogenic;used for。

2024-09-18 17:25:24 113

原创 hgvs中delins的定义

一个或多个碱基被≥1个的碱基所取代,而且这种变异不包括替换substitution。

2024-09-18 17:21:15 143

原创 sed命令中使用变量

以上,将test.txt中的hello替换成了hi。如何在sed命令中传入变量。

2024-08-09 12:56:01 68

原创 seaborn、sklearn强力扩展--seaborn_analyzer

本次分享Python seaborn、sklearn的强力扩展-seaborn_analyzer。seaborn_analyzer对seaborn、sklearn的部分功能进行封装,是一个不错的数据分析和可视化工具。以下简单介绍seaborn_analyzer功能,是seaborn矩阵图的扩展,用于制作同时包含散点图和相关系数矩阵的成对图,

2024-08-09 12:50:02 517

原创 还在用AI拼图,试试这个Python工具

科研常用AI(AdobeAI)拼接多张图,这里介绍个轻量级的Python工具。

2024-08-08 19:05:51 541

原创 gff格式转gff3

gt-bed_to_gff3gt bed_to_gff3 test.bed >test.gff3输入test.bed输出test.gff3

2024-08-07 11:26:12 97

原创 不写代码,这样使用Python seaborn、matplotlib

今天分享一个PyQt5 GUI工具i,动动鼠标拖拽就使用Python的Matplotlib、Seaborn进行绘图,并导出高清PDF。

2024-08-07 11:20:04 378

原创 perl逻辑或||和or区别

|和or都表示逻辑或的区别,||更常用,优先级高于or。

2024-08-06 12:49:21 53

原创 在excel中优雅使用Python

本次分享一个python excel工具pyxll,可在Excel中使用Python的主流可视化工具,如Seaborn等。pyxll结合seaborn定义一个sns_plot函数,重启下Excel,出现如下Jupyter按钮,excel中使用sns_plot函数,Excel中使用seaborn。

2024-08-06 12:35:20 430

原创 Python seaborn美化完结篇-联合美化

本文分享Python。。。。。。

2024-08-05 17:23:02 624

原创 vcf中添加ref alt长度到最后两列

使用awk为vcf中添加ref alt长度到最后两列。

2024-08-05 16:43:53 28

原创 mac下jupyter notebook ipynb恢复

当前文件夹生成history.txt,历史输入都在。

2024-07-30 09:18:17 45

原创 Python seaborn美化篇-风格style

本文分享Python seaborn中通过风格style美化图形。风格(style),用于设置the general style of the plots,例如,图中网格线是否开启、颜色、线宽等。

2024-07-30 09:15:38 217

原创 1个惊艳的Python项目火出圈,已开源,10K stars!

1个惊艳的Python项目火出圈,已开源,10K stars!

2024-07-29 13:02:44 225

原创 module AttributeError: ‘matplotlib.cm has no attribute ‘register_cmap‘

这个一般是matplotlib版本变化导致 'register_cmap‘函数名称发生了改变,升高或者降低matplotlib版本版本即可。

2024-07-29 13:00:34 544

原创 bcftools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file:

bcftools版本太低。

2024-07-28 15:34:12 79

原创 [E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not found

[E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not found

2024-07-28 15:32:10 44

原创 55个热力图heatmap代码模版~

本文介绍使用Python工具seaborn详细实现热力图(heatmap),包含55个代码模版。

2024-07-28 15:30:24 649

原创 Python seaborn超级细节篇-使用配色palette

本文分享Python seaborn中通过配色palette美化图形。配色(palette),用于设置color palette,例如,Set1、#a1c9f4、red等。内容很多,快速浏览一下,节选自👉这里展示部分,

2024-07-26 12:41:59 1612

原创 bam文件染色体号前添加chr

【代码】bam文件染色体号前添加chr。

2024-07-26 12:39:01 71

原创 Py seaborn美化篇-比例尺度context

本文分享Python seaborn中通过比例尺度context美化图形。比例尺度(context),设置the scaling of plot elements,例如,图中文字大小、标记marker大小、线条宽度等。不理解,没关系,下面依次举例详细介绍。

2024-07-25 23:15:04 333

原创 vcf中染色体号列前添加chr并跳过header

【代码】vcf中染色体号列前添加chr并跳过header。

2024-07-25 22:31:55 49

原创 vcf按照染色体号chrom和位置pos排序

vcf按照染色体号chr1~chrY和位置pos排序:

2024-07-25 22:28:38 77

原创 vcf.gz file, but bcftools says it‘s not compressed with bgzip

报错:解决方法1解决方法2。

2024-07-25 22:22:33 52

原创 数据可视化配色新工具,颜色盘多达2500+类

数据可视化配色新工具,颜色盘多达2500+类

2024-07-19 22:03:50 1523

原创 vcf文件对染色体#CHROM和坐标POS排序

sort -k1,1V -k2,2n test.vcf >test_sorted.vcf

2024-07-19 13:22:10 100

原创 awk去掉第5列包含,的行

awk 'index($5, ",") == 0'

2024-07-18 22:43:57 39

原创 awk按照文件第2列去重复

awk '!seen[$2]++'依次类推。

2024-07-18 22:41:51 207

原创 Tableau很贵,试试Jupyter Notebook这个插件!

本次分享一个Python数据分析工具:PyGWalker。PyGWalker缩写来自“Python binding of Graphic Walker”,它将Jupyter Notebook与Graphic Walker集成,Graphic Walker是Tableau的一种开源替代品,在一些场景PyGWalker可实现Tableau功能,关键还免费。

2024-07-03 21:42:33 210

原创 一图胜千言|用Python搞定统计结果展示!

分享一份原创Python可视化教程:530张图形+8000行代码,轻松搞定统计结果展示,部分如下,每类图表包含详细代码+详细代码注释,多达8000行代码,例如,

2024-07-03 21:40:10 699

原创 用可视化的方式学统计学

本次分享一个统计学学习工具:看见统计。看见统计致力于用数据可视化 (使用D3.js完成) 让统计概念更容易理解,源于布朗大学几位作者👇看见统计共有6个章节,下面来看看具体内容,对于一个(性质比较好的)分布,如果我们有足够大的独立同分布的样本,其样本均值会(近似地)呈正态分布,样本数量越大,其分布与正态越接近。动态模拟贝叶斯计算概率所需要的样本信息,拖动图中的数据点,观察它们对回归直线的影响,选择一个t概率分布来生成样本,构造置信区间,

2024-07-02 12:39:39 84

原创 当Matplotlib遇见SciencePlots

分享一个Matplotlib扩展工具SciencePlots,一行代码绘制science、nature、ieee等要求的图形。

2024-07-02 11:41:27 505

原创 53个图表,完美展示数据组合关系!

本文介绍使用Python工具seaborn详细实现(Multi-plot grids)表,包含组合关系图是一种图形化工具,用于在单个图表中展示多种图形,以便从不同维度深入挖掘数据。可以进一步分为:散点图矩阵(scatterplot matrix)、个性化散点图矩阵(flexible scatterplot matrix)、边际图(joint grids)和个性化边际图(flexible joint grids)等组合关系图。节选自👉12.3万字+500多张图形+8000行代码......

2024-07-01 23:11:46 454

原创 141个图表,完美展示数据分类别关系!

本文介绍使用Python工具seaborn详细实现分类关系图表,包含8类图141个代码模版。分类关系图表用于展示数字变量和一个或多个分类变量之间的关系,可以进一步分为:箱形图(box plot)、增强箱形图(enhanced box plot)、小提琴图(violin plot)、抖动散点图(jitter plot)、蜂群图(beeswarm plot)、点图(point plot)、柱状图(bar plot)、分类柱状图(count plot )。

2024-07-01 12:54:01 1215

原创 python conda查看源,修改源

可以直接vim .condarc修改源,

2024-07-01 10:59:26 406

原创 51个图表,完美展示数据分布关系!

本节介绍seaborn展示数据分布关系的图表(Distribution plots)的实现,该类图表用于展示数据集的分布规律,帮助快速获取数据多方面信息,例如,观测值的范围、中心趋势、是否存在某个方向上严重偏斜、是否存在双峰性、是否存在显著的异常值等等。分布关系的图表包含:直方图、核密度估计(KDE)图、累积曲线图和轴须图(rug plot)。

2024-06-30 16:58:17 400

原创 新工具:轻松可视化基因组,部分功能超IGV~

figeno擅长可视化三代long reads、跨区域基因组断点视图(multi-regions across genomic breakpoints)、表观组数据(HiC、ATAC-seq和ChIP-seq等)可视化、WGS中的CNV和SV可视化等。支持三代测序数据可视化(Nanopore, PacBio数据),例如, base modification(5mC、hmC、6 mA、5mC、5hmC))HiC data across breakpoints,展示跨基因组区域的染色质相互作用,

2024-06-30 16:56:15 357

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