python生物信息学数据管理第20章_Python生物信息学数据管理 生命科学与信息技术丛书pdf,9787121303821...

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适读人群 ：本书除可以作为高等院校生物信息、生物系的高年级学生和研究生的编程教材之外，对于从其他学科如数学、物理、计算机等转到生物信息领域工作的广大科研人员和高校学生也可起到参考作用。

生命科学学院的Python课程教材，适合本科教学或行业人士的Python短期培训。

内容简介

本书实例意在解决生物学问题，通过“编程技法”的形式，涵盖尽可能多的组织、分析、表现结果的策略。在每章结尾都会有为生物研究者设计的编程题目，适合教学和自学。本书由六部分组成：Python语言基本介绍，语言所有成分介绍，高级编程，数据可视化，生物信息通用包Biopython，最后给出20个”编程秘笈”，范围涵盖了从二级结构预测、多序列比对到蛋白质三维结构的广泛话题。此外，本书附录还包括了大量的生物信息常用资源的信息。

作者简介

Allegra Via，意大利罗马**大学物理系助理教授。研究方向为生物信息学，在生物信息学数据处理和Python编程方面具有丰富的实践经验。 Allegra Via，意大利罗马**大学物理系助理教授。研究方向为生物信息学，在生物信息学数据处理和Python编程方面具有丰富的实践经验。

前言/序言

在几年前， 编程只是计算科学工作者的特权。虽然如此， 编程正加速变成生物等其他领域专家的一种需要。作为一个生物学研究者， 不需要对成为一个编程专家感兴趣， 但是需要把编程作为多个工具中的一种来继续科学工作。可能读者已经意识到编程技巧可以大幅地加速管理和分析数据。可能读者需要处理大规模的数据， 多次重复某种相同的分析， 或者从一个非通用格式的文件中解析数据。可以确信的是， 在所有这些情形下， 编程可以帮助你。然而， 因为读者从来没有对“枯燥无味”和“概念艰深”的计算机科学学科有很大兴趣， 就可能会感到不习惯。如果是这样的情况， 这本书是适合你的。

本书是为那些需要更多地掌控数据， 因此需要学习一些编程的生命科学工作者而写的。目标是使得那些以前没有编程经验的生物科学工作者能够自己用Python对生物数据进行分析。

在前言中， 包括全书内容的概述及编程介绍， 最后是对Python编程语言的概览。

我们希望这本编程书是为生物学工作者的读者量身定制的， 能帮助分析读者的数据， 从而尽早有所收获。

本书内容概述

本书中， 读者不仅能够学到如何编程， 还有怎样管理数据， 包括了从文件中读取数据， 分析和处理它们， 把结果写到文件中或计算机屏幕上。每个在本书中描述的单个代码段都旨在解决生物学问题， 每个例子都处理生物疑问。本书的目标是包含尽可能多的实例， 覆盖更多的组织、 分析和表现数据的策略， 用“编程秘笈”的方式来解决生物问题。在每一章后面的自测题可以用来自测或在对面向生物学工作者的编程课程上使用。

本书分六部分组织， 共21章。第一部分介绍Python语言， 如何写第一个程序。第二部分介绍这个语言的所有基本元件， 使读者能够独立地写小的程序。第三部分是关于运用技巧来创建组织优良、 性能高效和代码正确的较长的程序。第四部分致力于数据可视化， 可以学到如何绘制数据， 或者为一篇文章或演示用的PPT文件配图。还介绍了PyMOL， 一个对大分子结构可视化的程序。第五部分介绍Biopython， 它可以帮助读写多种生物文件格式， 便捷查询NCBI的在线数据库， 从网络上检索生物记录。第六部分是一个实用手册， 包含了20个特定的“编程秘笈”， 从二级结构预测和多序列联配分析到蛋白三维结构的叠加。

此外， 这本书还有四个附录。附录A提供了包括Python和UNIX命令的概览； 附录B列出了几个在网上免费可用的Python资源的链接； 附录C包含了遍布在本书中引用的样本文件格式， 例如序列的FASTA格式， 序列的GenBank格式， PDB文件和MSA示例等。最后， 附录D是一个简短的UNIX教程。

什么是编程

这本书将讲授如何写程序。程序准确地说是什么呢？一个程序在概念上类似一个菜谱。正如菜谱在开始时列出了成分和厨具一样，

目录

第一部分入门

第1章Python shell

1．1本章知识点

1．2案例： 计算ATP水解的ΔG

1．2．1问题描述

1．2．2Pytho