matlab拼接tiff文件_科学网—快速写入多个格式化tiff文件的matlab程序 - 周小春的博文...

最新推荐文章于 2022-11-20 15:11:58 发布

陈陈陈陈的小白sir

最新推荐文章于 2022-11-20 15:11:58 发布

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文章标签： matlab拼接tiff文件

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_33018713/article/details/113015214

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最近在工作的时候需要在一个tiff文件中写入10000帧以上的内容，以前都是用了matlab自带的imwrite函数，这个函数的优点是现成又好用，可是问题是这个函数的通用性太强，速度慢的要死，即使是个很小的tiff文件也要写上十几分钟，如果又上百个这样的文件，那真是一种煎熬。这个问题主要出在tiff文件的格式本身，tiff文件中yao找到某个帧就必须要从第一帧开始，它的数据结构就像一个链表。详细信息可以参考我的博文之前两个。

为了解决这个问题，有一下几种方法：

1. 把u盘上的数据拷贝到计算机的硬盘上

2。在内存中虚拟一个硬盘

3。修改matlab的程序

4。自己编写程序加速

第一种方法很好，能加快不少速度，如果文件的个数不是很多，这个方法还是不错的。不过一个文件也要写上十几分钟，文件越长越大，耗时越多。

第二种方法只能提高一点点，基本没用。不知道为什么，即令人惊讶有令人奇怪。虚拟硬盘的读写速度比普通硬盘要快很多，有兴趣的可以去google一下。我感觉可能还是跟tiff文件的格式有关，也就是说虚拟硬盘和普通硬盘在寻地址方面的速度相当。

第三种方法很难做到，我顺着matlab的函数imwrite顺藤摸瓜一直找下去最后找到了c程序及其dll的库文件，c的脚本文件很大，很复杂，要让我修改那些不是不可能，但是我的感觉是代价会很大。

第三种方法应该说是目前为止我所能找到的最好方法。写一个文件差不多30秒吧，比十几分钟的标准时间算是快多了。

用这种方法的基本思想是，我的文件中每个帧的大小个格式完全一样，所以可以用基本的写文件函数fwrite来操作文件，那样的速度会提高很多。借此机会我也好好学习了一下tiff文件的格式，算是基本上搞懂了。于是乎制作了一个最简单的tiff文件写入函数。这个函数实际上由三个子函数构成：

make_tiff_start ：负责tiff文件的开头写入

make_tiff_mid ：负责中间各帧的接入

make_tiff_end ：结尾帧的写入

下面是这三个子函数的matlab代码

－－－－－－－－－－－－－－－－－－function make_tiff_start－－－－－－－－－－－－－－－－－

% write a head of tiff file

% infile is the input movie file, should be tiff format

% outfile is the output tiff file, should be tiff format

function make_tiff_start( infile,outfile);

fid1 = fopen(infile, 'r');

fid2 = fopen(outfile, 'w');

% write the image file header (IFH)

c = fread(fid1, 1,'short');

fwrite(fid2,c,'short');

fwrite(fid2,42,'short');

fwrite(fid2,8,'long');

fclose(fid1);

fclose(fid2);

－－－－－－－－－－－－－－－－－－function make_tiff_mid－－－－－－－－－－－－－－－－－

% x is just read from tiff file

% outfile is the file name for output, should be tiff

% index_frame is the index number for this frame. you must sequencely input the frames.

% That is from 1 to N

function make_tiff_mid( x, outfile, index_frame);

DirE = struct('tag',{},'type',{},'counts',{},'voffset',{});

[ImageLength ImageWidth] = size(x);

% ImageWidth ; % kuan du

% ImageLength ; % gao du

fid2 = fopen(outfile, 'a');

% build the image file directory for new movie

direc = 11;

DirE(1).tag = 256; DirE(1).type = 3; DirE(1).counts = 1; DirE(1).voffset = ImageWidth;

DirE(2).tag = 257; DirE(2).type = 3; DirE(2).counts = 1; DirE(2).voffset = ImageLength;

DirE(3).tag = 258; DirE(3).type = 3; DirE(3).counts = 1; DirE(3).voffset = 16;

DirE(4).tag = 259; DirE(4).type = 3; DirE(4).counts = 1; DirE(4).voffset = 1;

DirE(5).tag = 262; DirE(5).type = 3; DirE(5).counts = 1; DirE(5).voffset = 1;

DirE(6).tag = 273; DirE(6).type = 4; DirE(6).counts = 1; DirE(6).voffset = 8; % need modify

DirE(7).tag = 277; DirE(7).type = 3; DirE(7).counts = 1; DirE(7).voffset = 1;

DirE(8).tag = 278; DirE(8).type = 3; DirE(8).counts = 1; DirE(8).voffset = ImageLength;

DirE(9).tag = 279; DirE(9).type = 4; DirE(9).counts = 1; DirE(9).voffset = ImageWidth*ImageLength*2;

DirE(10).tag = 284; DirE(10).type = 3; DirE(10).counts = 1; DirE(10).voffset = 1;

DirE(11).tag = 296; DirE(11).type = 3; DirE(11).counts = 1; DirE(11).voffset = 3;

% read the movie and write to my movie

i = index_frame;

fwrite(fid2,direc,'short');

DirE(6).voffset = 8 + (i-1) *( 2 + direc*12 + 4 + ImageWidth*ImageLength*2 ) + 2+direc*12+4;

for j = 1:direc

fwrite(fid2,DirE(j).tag,'short');

fwrite(fid2,DirE(j).type,'short');

fwrite(fid2,DirE(j).counts,'long');

fwrite(fid2,DirE(j).voffset,'long');

end

offset_next_IFD = 8+i*( 2 + direc*12 + 4 + ImageWidth*ImageLength*2 );

fwrite(fid2,offset_next_IFD,'long');

% write the data of image

fwrite(fid2,x','short');

fclose(fid2);

－－－－－－－－－－－－－－－－－－function make_tiff_end－－－－－－－－－－－－－－－－－

% input the last frame for tiff file

% x, outfile, index_frame have the same meaning in make_tiff_mid

function make_tiff_end( x, outfile, index_frame);