matlab 信号的原子产生,MATLAB随机产生原子结构代码

在计算材料学中极少的情况下，我们可能会需要随机产生一个模拟盒子内的原子结构，一般用于测试。

这样说，其实只要rand一个数组就可以了，但是我们又希望这个结构又能够大致满足一些物理上的限制，而不是纯粹数学上的随机，比如原子间距要比较合适。

这里提供的程序就是考虑了原子间距，而产生随机结构的。

function randStructure(numAtom,boxlength,dmin,dmax)

% Geanerate a structure randomly with the distance in specified range

%

% randStructure(numAtom,boxlength,dmin,dmax)

% numAtom: number of atoms in the structure.

% boxlength: length of the simulation box

% dmin: minimum of the distance between two atoms

% dmax: [optional] maximum of the distance between two atoms

%

% Recommendation:

%It's better to set dmax equaling to boxlength.

%

% Example:

% randStructure(10,4,2,5)

%

%

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

% log:

% 2012-12-10: Complete

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

if nargin == 3

dmax = boxlength;

end

%function randStructure()

%numAtom = input('Number of atoms:');

%boxlength = input('Scale factor:');

%dmin = input('minimum of the distance between two atoms:');

%dmax = input('maximum of the distance between two atoms:');

coord = rand(1,3)*boxlength; % the 1st atoms

n = 1; % number of atoms

while n < numAtom

tcoord = rand(1,3)*boxlength;

nlen = size(coord,1);

counter = 0;

for i=1:nlen

tdist = norm(coord(i,:)-tcoord);

if tdist >= dmin && tdist <= dmax

counter = counter + 1;

end

end

if counter == nlen

coord(end+1,:) = tcoord;

n = n + 1;

end

end

coord/boxlength

关于以上程序，有几点是需要特别说明的：

这里模拟的盒子为正交，并且各轴长度相等的。

如果第四个参数，即dmax不输入，默认赋boxlength。

最后一行将坐标转换成了分数坐标。如果需要绝对坐标，不除以boxlength就可以了。

在有些情况下，程序似乎不能结束。这是因为第一个原子的位置产生的不太好，使得在一个有限的盒子内，无法产生距离满足要求的其他原子。这时可以把程序终止掉，重新运行。如果这样做几次仍然不行，就要考虑是不是参数设置有问题，比如盒子太小，或者原子间距离太大。