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RSS订阅原创 从零开始配置vim（Windows版）
linux下vim用习惯了...然后就给自己win下vscode也装了个vim插件，用下来还是感觉不顺手，并且处理太多文本时有明显卡顿，于是乎自己配了下win版的vim。不过好像也的...初始基础版的.vimrc有copy他们版本，在此基础上进行了各类配置。
2024-01-18 20:21:38
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原创 VMD渲染高清图片
渲染完成后会生成一个.dat的文本文件，之后使用vmd自带的tachyon_WIN32.exe将dat文件渲染为高清图片。test.dat为需要渲染的dat文件名。
2023-12-21 20:56:10
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原创 lammps+python脚本计算熵
lammps手册中和熵（entropy）相关的命令只有 compute entropy/atom，但看了看手册上的描述感觉不对劲。思索许久才发现作者在文章最后附上了自己通过轨迹文件计算熵的脚本。以及模拟时间内熵的均值：427.882547（单位懒得打了）。析帧数过多/原子数过多。
2023-12-13 17:17:34
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原创 个人via浏览器主页配置（留档）
换了新手机后书签都没了，就没什么顾虑了，直接卸载某夸克浏览器换上了via，然后就沉默玩弄via无法自拔了。在酷安上看了许多大佬的配置，缝合了一个自己的主页设置。
2023-06-28 08:11:47
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原创 变温红外数据处理python脚本
室友测了个变温红外200个温度在一个excel里30多万行。要我写个脚本给他把每个温度分成一列方便导入origin数据处理。
2023-06-02 18:49:26
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原创 lammps reaxff力场断键分析
事情是这样的。最近照着一个毕业师兄的文章跑了个reaxff的模拟，在分析断键情况时又被lammps反人类的输出给难到了。在网上找了下也没有实现相应功能的脚本，于是乎自己动手丰衣足食，写了段脚本进行分析。
2023-05-03 15:15:50
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原创 lammps输出轨迹转标准格式xyz
事情是这样的，跑了几个小时lammps的到结果后想用脚本对dump的xyz轨迹进行分析，结果发现居然不支持。原来lammps的轨迹太过自由了，并不是标准的xyz文件。很多软件和脚本都只支持标准的xyz文件（如MS，VMD，MDAnalysis）等。
2023-05-03 14:34:06
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原创 material studio使用perl脚本形成交联聚合物
最近在研究交联聚合物，但是目前似乎并没有一个通用的建模方法。比较常见的环氧树脂交联的研究都是基于同一个人开发的脚本。于是我尝试了下在此基础上进行修改用于其他体系。
2023-02-04 22:08:27
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原创 python处理lammps data文件异常成键
事情是这样的，之前用packmol堆叠了模型后发现本不应该成键的离子键也形成了化学键，手动删除又怕出错就随便写 了段脚本处理
2023-01-27 18:24:42
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原创 cellulose-builder建立纤维素模型
Cellulose-builder 是一个用户友好的程序，可以构建不同尺寸和几何形状的纤维素晶体结构。该程序以蛋白质数据库格式为指定结构的所有原子生成笛卡尔坐标，适合用作分子动力学模拟和其他计算中的起始配置。纤维素多晶型物 Iα、Iβ、II 和 III I的晶体结构实际上任何尺寸的纤维都可以很容易地构建，包括平行六面体、任何长度的植物细胞壁纤维素基本原纤维和单层。
2023-01-07 21:17:30
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原创 lammps学习（三）聚烯烃反应力场(reaxff)热分解
事情是这样的，师妹问了我这样一道期末试题：（封面图）。我一看，这还不简单，反应力场下升温看下什么时候开始断键不就行了。说干就干，结果就做上头了。
2022-10-22 19:48:25
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原创 lammps输出的模型导入MS
对于lammps处理后的结果，有时需要使用material studio进一步处理。这就需要将lammps输出的data格式文件转换为material studio可识别的pbd格式文件。
2022-10-08 10:45:45
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原创 matplotlib自定义风格
使用matplotlib进行绘图时，经常遇到个问题，就是总是要花大量代码对绘图的格式进行设置。虽然可以将同一类绘图的代码保存以后使用，但是看着这么长一串用来设置格式就很不爽。
2022-09-21 20:27:11
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cellulose-builder
2023-01-07
空空如也
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