linux软件管家,Linux的conda软件管家

conda开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题。在做生信分析时，感觉就是一个软件管家一样的存在，在比如安装生信软件等方面上十分方便。下面小结一下conda的基础操作

1、下载安装miniconda包

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#开始安装，过程中根据提示回车或者yes就行了~

source ~/.bashrc

(1)配置国内镜像源，提高以后下载软件速度

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config --set show_channel_urls yes

conda config --get

#查看已设置的channels

(2)conda命令找不到？

此处涉及到关于Linux环境变量的知识，在Linux专题学习有专门介绍，这里就不过多介绍了，直接修改conda的环境变量

cat ~/.bashrc

#此时应该没有miniconda的路径

nano ~/.bashrc #将下面一行代码输入到最后

echo ‘export PATH=“home/user/miniconda3/bin:$PATH”’ >> ~/.bashrc

#保存退出

cat ~/.bashrc

#此时应该是修改好的版本了

source ~/.bashrc

#更新一下，然后下面的操作就可以顺利进行了。

2、conda环境

类似Linux系统是一个大庭院，我们专门为做一件事情(需要一系列软件)而设置的一个房间(环境)，这样就会使这个大庭院干净利落很多，不会很乱。做一件事，到相应的房间(conda环境)去使用软件就行。这些软件的命令都是可以直接使用的，这就很方便了

conda create -n rna-seq python=3

#创建一个名为rna-seq，python版本为3的环境

conda activate rna-seq

#进入该环境，此时可以看到命令行提示符前缀已经发生了变化

conda deactivate

#退出环境

conda info --envs

#查看系统有哪些环境(房间)

conda remove -n name --all

#删除名字为name的环境

环境重命名：先复制改名，再删除旧的

conda create newname -n --clone oldname

conda remove -n oldname --all

3、下载软件

conda search fastqc

#搜索软件

conda install fastqc -y

#下载软件，-y参数表自动安装

conda install fastqc=0.11.7 -y

#下载指定版本的软件

conda install -c bioconda fastqc=0.11.7 -y

#指定软件下载的channal源

conda update fastqc

#更新软件

conda list

#查看当前环境下的所有软件

conda remove fastqc -y

#卸载软件