python参数传递给shell_python subprocess.call()在将参数传递给shell脚本之前修改参数？...

最新推荐文章于 2022-09-29 15:28:53 发布
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文章标签： python参数传递给shell
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_33502400/article/details/113972374
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在Python脚本中使用subprocess.call调用AMOS工具时遇到参数传递问题。`toAmos`和`minimus2`的命令参数未被正确解析，导致AMOS工具无法识别。尝试将参数作为字符串传递时，引发`OSError`，可能是因为子进程将整个字符串视为单一文件路径。解决方案可能涉及调整参数传递方式，避免使用`shell=True`，以确保参数正确传递给shell脚本。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我正在写一个用于调用AMOS包的程序的python包装器(专门用于使用AMOS中的良好ol'minimus2合并来自不同来源的基因组程序)。

直接使用shell时应该像这样调用脚本：

toAmos -s myinput.fasta -o testoutput.afg

minimus2 testoutput -D REFCOUNT=400 -D OVERLAP=500[just for clarification:

-toAmos: converts my input.fasta file to .afg format and requires an input sequence argument ("-s") and an output argument ("-o")

-minimus2: merges a sequence dataset against reference contigs and requires an argument "-D REFCOUNT=x" for stating the number of rerference seqeunces in your input and an argument "-D OVERLAP=Y" for stating the minimum overlap between sequences]

因此，在我的脚本中，我使用subprocess.call()来调用必要的AMOS工具。

基本上我这样做：

from subprocess import call:

output_basename = "testoutput"

inputfile = "myinput.fasta"

call(["toAmos", "-s 

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kimi无悔-618
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