根据本人自身的需求，周末写了个excel行列转换代码，可处理一定量的数据。
package com.lfn.excel;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

import jxl.Cell;
import jxl.Sheet;
import jxl.Workbook;
import jxl.read.biff.BiffException;
import jxl.write.WritableSheet;
import jxl.write.WritableWorkbook;
import jxl.write.WriteException;
import jxl.write.biff.RowsExceededException;

/**
 * 此类只能用于excel 2003的读取
 * @author Administrator
 *
 */
public class ChangeRowConlum {
/** 
 * @param l,表示截断excel的多少列为一行
 *
 *
 */
   
    public static void rowcolumn(int l , String inputfilename , String outputfilename)
    {
        Workbook wb = null;
        WritableSheet ws = null;
        jxl.write.Label lable = null ;
        WritableWorkbook wwb = null;
        //大的第二行的插入行的起始位置
        int starth = 0;
        int  c = 0;
        try {
            wb = Workbook.getWorkbook(new File(inputfilename));
        } catch (BiffException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        } catch (IOException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        }
        if(wb == null)
        {
            return;
        }
        Sheet[] sheet = wb.getSheets();//获取工作簿表对象
        if(sheet!=null && sheet.length > 0)
        {
            //创建一个工作簿对象
            try {
                 wwb = Workbook.createWorkbook(new File(outputfilename));
                if(wwb != null)
                {
                    //创建一个可写入的表，第一个是工作簿表名，第二个是工作簿的位置
                     ws = wwb.createSheet("sheet1", 0);
                }
            } catch (IOException e) {
                // TODO Auto-generated catch block
                e.printStackTrace();
            }
            for(int i = 0 ; i < sheet.length ; i++)//这里一般是只有一张sheet
            {
                int rownum = sheet[i].getRows();//工作簿对象的行数
                int column = sheet[i].getColumns();
                for(int r = 0; r < rownum ; r++)
                {
                    //得到当前行的所有单元格
                    Cell[] cell = sheet[i].getRow(r);
                    if(cell != null && cell.length > 0)
                    {
                            //写入excel文件的行数
                            int hang = (r+1)*(((column-1)/8)+1);
                            //插入位置应该接着上次插入的最后一行的下一行开始
                            for(int h = starth ; h < hang ; h ++)
                            {
                                //写入文件的行数
                                for(int ll = 0 ; ll < l ; ll++)
                                {
                                    if(ll == 0)
                                    {
                                         lable = new jxl.write.Label(ll, h,cell[0].getContents());
                                       
                                    }else{
                                            c++;
//                                            System.out.println("----"+c);
//                                            System.out.println("===="+cell.length);
                                            if(c>=cell.length)
                                            {
//                                                continue;
                                                 lable = new jxl.write.Label(ll, h,"0");
                                                 c=0;
                                               
                                                 
                                            }else{
                                                 lable = new jxl.write.Label(ll, h,cell[c].getContents());
                                                 System.out.println("----"+cell[c].getContents());
                                            }
                                       
                                         
                                    }       
                                    try {
                                        ws.addCell(lable); //添加到excel
                                    } catch (RowsExceededException e) {
                                        // TODO Auto-generated catch block
                                        e.printStackTrace();
                                    } catch (WriteException e) {
                                        // TODO Auto-generated catch block
                                        e.printStackTrace();
                                    }   
                                }
                            }
                        starth = hang;//把最后一行行号赋给第二个大行的插入位置
                        System.out.println("starh***"+starth);
                    }
                }
               
            }   
           
        }
        try {
            wwb.write();//写入excel文件
            wwb.close();
        }
        catch (WriteException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        }
        catch (IOException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        }
    }

}

测试类：
package com.lfn.excel;

import java.io.File;

public class ReadExcelFileTest {

    /**
     * @param args
     */
    public static void main(String[] args) {

        ChangeRowConlum.rowcolumn(9, "f:\\111.xls", "f:\\26.xls");
    }

}