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计算机辅助药物设计-北京大学医学部课程中心

实验四 应用量子化学计算方法进行分子结构优化以及异构化反应研究 Study on Molecular Structure Optimization and Isomerization Reaction by Using Quantum Chemistry Method

4.1 目的要求 Purpose

4.2 背景介绍 Background Information

量子化学(quantum chemistry)以量子力学为理论基础，以计算机为工具，主要通过计算来阐述物质(化合物、晶体、离子、过渡态、反应中间体等)的结构、性质、反应性能及反应机理，研究物质的微观结构与宏观性质的关系，揭示物质和化学反应所具有的特性的内在本质及其规律性[1-4]。随着量子化学计算方法不断发展，计算量以及计算速度不断提高，所计算的体系越来越复杂，现在可以计算有机分子甚至较大分子量的生物分子。

目前常用的量子化学计算软件有Gaussian()、GAMESS(/GAMESS)、Spartan()和Molpro()等。Gaussian软件是使用最为广泛的量子化学计算软件，支持几乎所有的量子化学计算方法，可以计算得到分子的几乎一切性质，如稳定结构、能量、振动频率、红外和拉曼光谱、NMR化学位移、轨道能级、静电势、极化率、电离能、电子亲和力、电子密度分布、过渡态和反应途径等。可以模拟在气相和溶液中的体系，模拟基态和激发态等问题。它最早的版本是1970年的Gaussian 70，最新的版本是Gaussian 09。本实验使用的版本为Gaussian 03。

4.3 实验原理 Experimental Principle

4.3.1 量子化学计算方法和特点

多体理论是量子化学的核心问题。n个粒子构成的量子体系的性质原则上可通过求解n粒子体系的薛定谔Schr?dinger)方程得到体系的波函数来描述。 (式4-1)

量子化学是通过求解Schr?dinger方程4-1)，得到分子中电子的运动状态。原则上，对Schr?dinger方程的求解可以获得对分子这样的多电子体系中电子结构和相互作用的全部描述。但是由于该方程包含核与电子的双重坐标，并且二者很难进行变量分离，一般性地精确求解Schr?dinger方程是相当困难的。因此，在实践中总希望发展和运用量子力学的近似方法, 从而无需进行很繁杂的计算就可以说明复杂原子体系的主要特性, 这就必须在原始量子化学方程中引进一些重要的简化, 以便得到一定程度的近似解。量子化学发展到现在, 根据为解薛定谔方程而引入近似程度的不同, 大致可分为以下几种方法:

密度泛函理论(Density Functional Theory，DFT)

1964年，Kohn 提出了密度泛函理论[6-14]，其以Hohenberg-Kohn定理为基础，指出电子密度决定分子的一切性质，体系的能量是电子密度的泛函。各种密度泛函理论差别在于选择交换泛函和相关泛函的不同，例如：纯密度泛函包含一个相关泛函和一个交换泛函，如BDW、BLYP 等；而杂密度泛函则包含一个相关泛函和多个交换泛函，例如B3LYP、BHandHLYP 等。

由于密度泛函计算结果精确，计算速度快，DFT以无可比拟的优越性成为当前国际研究的主流方向，与分子动力学结合的分子模拟，更是当前理论化学研究反映动态过程的有利工具，成为计算材料科学的重要基础和核心技术。但DFT也并不是适合所有的体系，研究表明，其对共价键体系计算结果精确，氢键体系次之键体系再次之。

从头算方法(Ab Initio Method)

在量子化学中，从头算法是指基于Born-Oppenheimer、独立电子(Hartree)和非相对论三大近似，利用电子质量常数和电量三个基本物理量及原子系数，对分子的全部积分严格进行计算，不借助任何经验参数来求解薛定谔方程的计算方法[5, 15-1]。不同的从头算法考虑了不同的相关能项，如：HF 方法只考虑了同电子自旋的相关(交换相关)问题，而没有考虑相反自旋的电子相关问题和瞬时电子相关的问题；MPn 方法给体系考虑了微扰项，而更为精确的计算应包含更多的相关能相，如组态相互作用方法(CIS，CISD)和耦合簇方法(CASSCF)等。

由于从头算法在理论上严格性和计算结果的精确性可靠性，从小分子体系到大分子体系，从静态性质到动态性质，各方面都有从头算法的应用。对过渡金属配合物，金属原子簇合物等大分子化合物的研究也迅速增加。但基于计算精度和计算资源的矛盾的考虑，从头算法主要应用于小分子体系的高精度计算对中等大小体系进行定量计算对大分子体系的定性计算三个方面。

半经验方法(Semi-mpirical Method)

从头算法虽然有严谨的理论支持，能得到较好的计算结果，但是当遇到诸如酶、聚合物